فهرست مطالب

Genetics in the Third Millennium - Volume:12 Issue: 3, 2014

Genetics in the Third Millennium
Volume:12 Issue: 3, 2014

  • تاریخ انتشار: 1393/09/26
  • تعداد عناوین: 12
|
  • خدیجه عنصری، مصطفی بختیاری طجر، زهرا حاجی، مهدی نوری صفحات 3612-3621
    آنزیمهای C YPA انسانی در مقایسه با هر انزیم متابولیزه کننده دیگر نقش مهمی در متابولیسم و حذف بسیاری از داروها دارند. نشان داده شده است که متابولیسم حدود 50% داروها توسط آنزیم CYP3A4 صورت می گیرد. سوبسترای این آنزیم شام داروها و مواد اندوژنوس می باشند. بنابراین، هر گونه تغییر نوکلئوتیدی در ناحیه کد کننده این ژن باعث افزایش خطر ابتلا به سرطان می گردد. مهمترین تغییر نوکلئوتیدی که باعث جابجائی A به G و ایجاد آلل موتانت این ژن یعنی CYP3A4*1B می گردد که نقش مهمی در سرطانزائی ایفا می کند. بنابراین مشاهدات حاکی از آن است که پلی مورفیسم در ژن CYP3A4 ممکن است در ابتلا افراد به سرطان مثانه نقش داشته باشد. برای این منظور، در این مطالعه، تعداد 113 بیمار مبتلا به سرطان مثانه و همان تعداد افراد سالم به عنوان کنترل مورد مطالعه قرار گرفتند. از خون و یا بافت افراد مورد مطالعه استخراج DNA صورت گرفته و سپس توسط PCR-RFLP مورد بررسی قرار گرفت. سپس آنالیز اطلاعات توسط نرم افزار SPSS (version 19) صورت گرفت. نتایج حاصله نشاندهنده این است که وجود پلی مورفیسم در ژن CYP3A4 رابطه معنا داری با ابتلا افراد به سرطان مثانه ندارد. (OR=1.83، 95% CI=0.97- 3.46، P= 0.62).
    کلیدواژگان: سیتوکروم P450 CYP3A5 انسانی، سرطان مثانه، پلی مورفیسم، ژنتیکی
  • فهیمه خوشحال رهدار، حکیمه سعادتی، عبدالمجید محمدیان نسب، محمدرضا رنگچی، سامان مهذب ترابی، مهدی خبازخوب صفحات 3622-3631
    ناهنجاری های مادرزادی از اهمیت خاصی برای خانواده های و نظام سلامت برخوردار هستند و یکی از مهمترین اقدامات در خصوص این مشکلات تعیین شیوع آنها در نقاط مختلف میباشد تا در راستای کاهش و مدیریت آنها بتوان برنامه ریزی کرد، بدین دلیل هدف از ارائه این مطالعه تعیین شیوع ناهنجاری های مادرزادی در شهر دزفول در سال 1392 میباشد. مطالعه حاضر بصورت مقطعی صورت گرفت و تمام تولدهای 1 فروردین 92 تا اسفند 92 در این مطالعه وارد شد. در این مطالعه جمعیت هدف تولدهای زنده شهر دزفول بودند که از بیمارستان گنجویان دزفول انتخاب شدند. پس از معاینه نوزادان طی 24 ساعت اول تولد توسط متخصص اطفال؛ در صورت مشاهده ناهنجاری معاینات تکمیلی پاراکلینیکی برای هر نوزاد تجویز میشد. از 4235 تولد زنده مورد بررسی 2/49% متولدین (2083 نفر) دختر بودند. شیوع ناهنجاری های مادرزادی در مطالعه حاضر 3/21% (3/74 -2/68 CI%95) بود. شیوع ناهنجاری مادرزادی در دختران 2/56%(3/22-1/89 CI%95) و پسران 3/88%(4/71-3/06 CI%95) بود، و پسران بطور معنی داری بیشتر دارای ناهنجاری مادرزادی بودند(0/014=p). ناهنجاری های موسکلواسکلتال شایعنرین ناهنجاری با شیوع 0/97%(1/26-0/67 CI%95) بودند پس از این ناهنجاری ها، مشکلات قلبی و عروقی شایعترین ناهنجاری با شیوع 0/71%(0/96-0/46 CI%95) بودند. نادرترین ناهنجاری نیز ناهنجاری از نوع متابولیک گالاکتوزومی بود که در یک بیمار مذکر مشاهده شد، پس از آن مشکلات CNS با شیوع 0/12%(0/22-0/01 CI%95) در 5 بیمار ناهنجاری در 2 محل مشاهده شد. در مجموع ناهنجاری های مادرزادی در شهر دزفول قابل توجه میباشد، توجه به کاهش و پیشگیری از این ناهنجاری ها باید جز اولویتهای نظام سلامت دراین شهر قرار گیرد.
    کلیدواژگان: ناهنجاری مادرزادی، مطالعه مقطعی، شیوع، دزفول
  • مرتضی مهدوی، محمدرضا نصیری، مرتضی مهدوی، محمدرضا نصیری، مجتبی طهمورث پور مرتضی مهدوی، محمدرضا نصیری، مجتبی طهمورث پور صفحات 3632-3637
    هدف از انجام این مطالعه شناسایی ویژگی های نهفته در برهم کنش بین مایکرو آر ان ای (miRNA) و جایگاه های هدف آنها بر اساس نتایج تایید شده آزمایشگاهی بود. miRNA ها توالی های کوتاه از جنس RNA های غیر کد کننده می باشند که به طور گسترده ای در تعدیل و تنظیم بیان ژنها در تمامی موجودات پریاخته ای نقش دارند. مهمترین چالش پیش رو در بکارگیری این مولکولها سطح وسیع فعالیت و مکانیسم های پیچیده و ناشناخته ای است که در ضمینه تشخیص ژنهای هدف توسط آنها بکار می رود. به منظور شناسایی این مکانیسم ها اقدام به بررسی ویژگی های موجود در برهم کنش بین توالی miRNA و mRNA شد. بدین منظور miRNA ها و جایگاه های هدف آنها از پایگاه های مرتبط گردآوری و پالایش شدند. ویژگی های مختلف از جمله معنی داری آماری حضور miRNA در توالی 3''UTR، ارتباط جایگاه هدف با موتیف های AREs، ویژگی های موقعیتی جایگاه هدف در 3''UTRو ترکیب نوکلئوتیدی، ماهیت و وضعیت نوکلئوتیدها نسبت به یکدیگر در بخش های مختلف برهم کنش مورد بررسی قرار گرفت. یافته های ما نتایج ارائه شده قبلی را تایید می کند. بعلاوه برخی ویژگی های جدید مانند ارتباط بین عناصر AREs و جایگاه هدف و همچنین برخی ویژگی های ساختاری و بافتی که نشان دهنده اهمیت موقعیت و وضعیت نوکلئوتیدها در برهم کنش miRNA-mRNA می باشد را ارائه می نماید.
    کلیدواژگان: MicroRNAs، تنظیم بیان ژن، تداخل RNA، جایگاه اتصال، پیش بینی جایگاه
  • حامد عبدالهی، لیلا کهن*، الناز مستقیمی صفحه 3638

    افراد مبتلا به عارضه چاقی در معرض ابتلا به بسیاری از بیماری ها بوده که این امر موجب افزایش مرگ و میر آنها می گردد. رزیستین هورمونی مترشحه از بافت چربی است که افزایش سطح سرمی آن با چاقی و مقاومت به انسولین در ارتباط است. بنابراین ژن رزیستین کاندیدای بالقوه ای برای شناخت اتیولوژی چاقی و مقاومت به انسولین محسوب می شود. در مطالعه حاضر، به بررسی ارتباط احتمالی پلی مورفیسم C/G 420- در ژن رزیستین با استعداد چاقی در جمعیت ایرانی پرداخته شده است. این مطالعه مورد-شاهدی بر روی 289 فرد انجام شد که افراد بر اساس شاخص توده بدن (BMI) به دو گروه کنترل (25> BMI) و چاق (BMI<25) تقسیم شدند. ژنوتیپ های پلی مورفیسم C/G 420- ژن رزیستین با استفاده از تکنیک PCR-RFLP تعیین گردید. فراوانی ژنوتیپ GG در گروه کنترل و چاق به ترتیب برابر 15%و 85% بود. ارتباط معنی داری بین ژنوتیپ GG و استعداد ابتلا به چاقی، بعد از تعدیل اثر سن و جنس مشاهده شد (OR: 3.9، 95%CI: 1.7-8.7، P: 0.001). در نتیجه، پلی مورفیسم C/G 420- در ژن رزیستین ارتباط معنی داری با چاقی در جمعیت ایرانی دارد.

    کلیدواژگان: چاقی، پلی مورفیسم ژنتیکی، رزیستین، شاخص توده بدن
  • حمیدرضا ایزدنیا، مجتبی طهمورث پور *، محمدرضا نصیری صفحات 3646-3655

    به دلیل سرعت بالای تکامل ژنوم هسته ای، مطالعات تکاملی بر روی ژنوم میتوکندریایی صورت می گیرد. از سوی دیگر تغییرات نوکلئوتیدی (جهش) در ژنوم میتوکندریایی یکی از مهمترین دلایل در ایجاد بیماری در مهره داران است. هدف از این پژوهش شناسایی، جداسازی و همسانه سازی ژن ND1 از ژنوم مرغ بومی خراسان و مقایسه آن با سایر توالی های ژنومی و پروتئینی این ژن به منظور بررسی جهش های احتمالی است. بدین منظور، از نمونه خون مرغ بومی خراسان، استخراج شده و پس از طراحی آغازگرهای اختصاصی این ژن با استفاده از توالی نوکلئوتیدی مرجع و انجام واکنش زنجیره ای پلیمراز جهت تکثیر ژن، محصول واکنش بر روی ژل آگارز الکتروفورز گردید. باندهای حاصل با استفاده از ناقل خطی pTZ57R/T در باکتریE. coli همسانه سازی و توالی یابی شد. مقایسه نوکلئوتیدی قطعه توالی یابی شده با ژنوم مرجع، سه جهش را نشان داد و شباهت 99% در 100% طول خود با توالی کامل ژنوم میتوکندری Gallus gallus در توالی های ثبت شده میتوکندری طیور با شماره دسترسی X52392.1 (ژنوم مرجع) GU261719.1، GU261715.1، GU261712.1، AP003318.1، KF826490.1 و HQ857210.1 نشان داد. مقایسه پروتئینی نشان دهنده شباهت توالی حاصل با توالی های پروتئینی مربوط به ژن ND1 میتوکندری طیور در بانک اطلاعاتی بود به گونه ای که بیشترین شباهت، 100% در 100% طول خود متعلق به ژن ND1 در Gallus gallus spadiceus با شماره دسترسی NP 006515.1 و کمترین شباهت متعلق به جنس ها و گونه های Criniferpiscator، Nyctiousgrandis، Cursorius Temminckii و Aceroswaldeni با 78% شباهت در 100% طول خود بود، همچنین مقایسه توالی با ژنوم مرجع 99% در 100% طول شباهت دارد. مقاسیه نوکلئوتیدی نشان دهنده جهش در سه جایگاه بود که دو جهش ابتدایی آن در ناحیه tRNA اتفاق افتاده بود و در ترجمه ژن ND1 وارد نشده اند. پس از تبدیل توالی نوکلئوتیدی بدست آمده به توالی اسید آمینه ای، با توالی پروتئینی مرجع مقایسه شد. نتیجه این مقایسه تفاوت در قرارگیری یک اسیدآمینه را نشان داد. در اسیدآمینه 173 آلانین که اسیدآمینه ای قطبی است به اسیدآمینه قطبی ترئونین تبدیل شد.

    کلیدواژگان: همسانه سازی، Mt، Nd1، ژن میتوکندریایی، مرغ
  • حسین هنری، امیر حسین احمدی، محمد ابراهیم مینایی، محمد علی عارف پور، حسین پورحکاک صفحات 3656-3663
    سیاه زخم (آنتراکس) یک بیماری مشترک بین انسان و دام است. عامل ایجاد کننده بیماری، باکتری باسیلوس آنتراسیس می باشد و آنتی بادی دومن a-1 آنتی ژن حفاظت کننده 62 (PA) درصد از آنتی ژن های مربوط به آنتی ژن حفاظت کننده (PA) را شناسایی می کند و بالاترین حضور اولیگو پپتیدهای آن در واکسن های AVP مشاهده شده است. در این مطالعه تجربی، توالی مورد نظر از پلاسمید pXOI با جایگاه های آنزیمی BamHI و XhoI تکثیر و در وکتور، همسانه سازی گردید و بعد از جداسازی به وکتور pET28a(+) زیرهمسانه سازی و به باکتری E. coli سویه (BL21(DE3 تراریخت (ترانسفورم) شد. بیان ژن دومن (a-1 (PA تحت القای IPTG انجام و بعد از تخلیص پروتئین با استفاده از کروماتوگرافی تمایلی، آنتی ژن حاصل در چهار نوبت به موش های سوری تزریق شد. آنتی بادی پلی کلونال تولید شده در سرم موش ها اندازه گیری گردید. دومن (a-1 (PA کلون شده در وکتور بیانی pET28a(+) به وسیله PCR، آنالیز آنزیمی و توالی یابی تایید گردید. همچنین پروتئین نوترکیب تولید شده به وسیله SDS-PAGE و لکه گذاری وسترن تایید شد. سپس آنتی بادی تولید شده از سرم موش جداسازی و توسط تست الایزا تایید گردید. هدف این مطالعه تولید آنتی ژن دومن a-1 آنتی ژن حفاظتی باسیلوس آنتراسیس در باکتری E. coli می باشد. با توجه به شناسایی آنتی ژن (PA) بوسیله آنتی بادی دومن a-1 و پایداری و حضور اولیگو پپتیدهای آن تا هفت سال و یا بیشتر در واکسن های AVP، می توان از آن به صورت مجزا، ترکیبی با سایر دومن های (PA)، و یا اجوان ها در طراحی واکسن برای بیماری سیاه-زخم استفاده نمود.
    کلیدواژگان: سیاه زخم، باسیلوس آنتراسیس، دومن a، 1 (PA)، پروتئین نوترکیب
  • لیلا صاحبی، سعید دستگیری، خلیل انصارین، سید ابوالقاسم محمدی، رویا صاحبی صفحات 3664-3677

    اپیدمیولوژی ژنتیک به عنوان یک علم نسبتا جدید، در جستجوی نقش مستقل عوامل مرتبط ژنتیکی- محیطی در وقوع و سیر بیماری ها می باشد. مطالعات اپیدمیولوژی ژنتیکی بر حسب هدف از مقدماتی ترین بررسی ها از جمله جستجوی شواهد سابقه فامیلی در وقوع بیماری های خاص تا پیشرفته ترین آنها شامل تبیین استراتژی های خاص با استفاده از طرحهای کارآزمایی بالینی در پیشگیری از بیماری های ژنتیکی را در بر میگیرد. اهداف مختلف در مطالعات اپیدمیولوژی ژنتیک متدها و مطالعات ویژه ای را می طلبد. در مطالعه حاضر طرحهای عمده از جمله مجموعه خانواده ای، وراثت پذیری، تفرق، پیوستگی، ارتباط، مورد بررسی قرارگرفته است علاوه بر این نوع آزمونهای مورد استفاده و هدف از انجام هر نوع مطالعه به اختصار بحث شده است. آشنایی و استفاده از طرح های مطالعات و آزمون های ویژه بر حسب اهداف تحلیلی ضمن اینکه از مباحث اصلی و ضروری در اجرای هر چه دقیق تر مطالعات می باشد می تواند به عنوان یک نقشه راهنما کوتاهترین مسیر ممکن را در رسیدن به اهداف نشان دهد.

    کلیدواژگان: اپیدمیولوژی مولکولی، طرح تحقیق، تجزیه ارتباط ژنتیکی گسترده، پیوستگی ژنتیک، عدم تعادل
  • محمدرضا ناظم، سید علی امامی، میر هادی سیدزاده، هاشم صادقی، بوالفضل موفق، مهدی هدایتی صفحات 3678-3691
    ساختار تلومر، موجب حفاظت و پایداری انتهای کروموزوم در برابر بازآزایی ها و صدمات ژنتیکی می شود. در سلولهای سوماتیک، بر اثر فرایند پیری و تقسیمات سلولی،DNA تلومری کوتاه می شود. سلول های سرطانی آنزیم تلومراز را که موجب حفظ تلومر در این سلولها می شود را بیان می کنند. مطالعات زیادی نشان می دهد که تلومراز یک آنزیم ضروری جهت تکثیر متوالی سلولی در سلولهای متاستاتیک می باشد. با وجود اینکه کوتاه شدن تلومر هم در سلولهای طبیعی و هم در سلولهای سرطانی اتفاق می افتد، اما کوتاه شدن تلومر با گذشت عمر می تواند منجر به آسیب های ژنتیکی شود که این آسیبها ممکن است در نهایت موجب افزایش میزان ابتلا به سرطان شود.
    کلیدواژگان: تلومر، تلومراز، مهار سرطان
  • الهه کمالی، صادق ولیان بروجنی، کامران قائدی صفحات 3692-3703
    ناباروری، اغلب به شرایطی اطلاق می شود که یک زوج پس از یک سال رابطه جنسی بدون جلوگیری قادر به باردار شدن نیستند. حدود 40-30% از موارد ناباروری مربوط به فاکتورهای اختصاصی مردانه است. در 50-40% از موارد ناباروری، فاکتورهای اختصاصی زنانه علت ناباروری محسوب می شوند، درحالیکه 30-10% از موارد باقیمانده مربوط به فاکتورهای اختصاصی هر دو جنس و یا به علت نامشخص است. عوامل متعددی در ناباروری مردان دخالت دارد که می توان آن ها را به عوامل ژنتیکی، اپی ژنتیکی و غیرژنتیکی تقسیم بندی کرد. حدود نیمی از موارد ناباروری مردان به علت اختلال در اسپرماتوژنز (SgF) است. ریزحذف های بازوی بلند کروموزوم (Y (Yq مهمترین علت شناخته شده ی SgF محسوب می شوند. بیش از 15% از موارد SgF مربوط به حذف های شناخته شده ی کروموزوم Y است. آنالیزهای گسترده ی فیزیکی، عملکردی و ژنتیکی کروموزوم Y هم اکنون منجر به شناسایی سه ناحیه ی (AZF (AZFa، AZFb و AZFc شده است که ژن های اسپرماتوژنز را کد می کنند. ریزحذف های کروموزوم Y بسته به نوع حذف، باعث از دست رفتن ژن های مسئول اسپرماتوژنز می گردند. آنالیز و بررسی ریزحذف های کروموزوم Y با استفاده از مارکرهای (STS (Sequence Tag Sites شناخته شده برای این نواحی صورت می گیرد. به علاوه اخیرا تکنیک هیبریداسیون جدیدی تحت عنوان (SAT (Suspension Array Technology نیز برای بررسی سریع و کارامد این حذف ها مورد توجه قرار گرفته است. در این مطالعه، ارتباط بین ریزحذف های کروموزوم Y با ناباروری در مردان، مکانیزم های مولکولی دخیل در ایجاد ریزحذف ها، تشخیص مولکولی ریزحذف های کروموزوم Y و برخی راهکارهای درمانی مورد بررسی قرار گرفته است.
    کلیدواژگان: ناباروری، اسپرماتوژنز، آزواسپرمی، اولیگواسپرمی، کروموزوم Y
  • مهرآنا کوهی دهکردی صفحات 3704-3713
    بهبود فعالیت آنزیم ها از طریق تکامل مستقیم (Directed evolution) یکی از اهداف مهم در بیوتکنولوژی است. با توجه به اینکه با گذشت سه بیلیون سال از تکامل طبیعی هنوز برخی از کاتالیزورهای پروتئینی برای اهداف خاص بهینه نشده اند. استفاده از روش های تکامل مصنوعی از جمله DNA Shuffling روشی مناسب برای مهندسی پروتئین ها می باشد. این روش از فرآیند تکامل طبیعی تقلید نموده و از سرعت بالایی برخوردار است. در روش DNA شافلینگ، که تحت عنوان اصلاح مولکولی نیز شناخته می شود، قطعات DNA والدینی (ژن های مشابه از یک گونه و یا گونه های مختلف) از طریق تیمار با آنزیم اندونوکلئاز (عموما DNaseI) هضم می شوند و برای تکثیر در دستگاه PCR بدون آغازگر قرار می گیرند. هر قطعه بر اساس شباهت خود با رشته دیگر به عنوان آغازگر برای آن رشته عمل کرده و تکثیر صورت می گیرد. پس از تکرار این مراحل قطعه ژنی ایجاد می شود که حالت شیمری نسبت به والدین خود دارد. توالی های ایجاد شده در داخل ناقل های مناسب همسانه می شوند و فعالیت آنها مورد بررسی قرار می گیرد. از بین آنها همسانه هایی که فعالیت بهتری نسبت به والدین نشان می دهند انتخاب شده و می توانند به عنوان والد برای دور بعد شافلینگ استفاده شوند. بدین ترتیب با استفاده از روش DNA شافلینگ می توان کتابخانه ای از توالی های جدید تهیه نمود که این توالی ها می توانند پروتئین هایی با خصوصیات مورد نظر ایجاد نمایند. این روش در شرایط آزمایشگاهی به طور موفقیت آمیزی برای بهبود فعالیت بسیاری از آنزیم ها مورد استفاده قرار گرفته و هم اکنون نیز گزارشاتی مبتنی بر استفاده از این روش در شرایط in vivo منتشر شده است. در این مقاله سعی شده است به مراحل انجام این روش و برخی کاربردهای موفقیت آمیز آن پرداخته شود
    کلیدواژگان: DNA شافلینگ، مهندسی آنزیم، تکامل مصنوعی
  • مریم ملاصالحی، پریناز قدم صفحات 3714-3721
    بیان ژنی به طرق مختلف تحت کنترل قرار می گیرد. کنترل بیان ژن نقش مهمی در بلوغ اولیه اووسیت ها بازی می کند. کنترل بیان در ناحیه غیر ترجمه ای یا UTR بسیاری از mRNA ها رخ می دهد. اندازه ی طول دم پلی A روی متابولیسم mRNA که شامل انتقال آن به سیتوپلاسم، پایداری و کنترل ترجمه می باشد اثر می گذارد. مکانیسم های مختلفی برای کنترل پلی آدنیلاسیون وجود دارد که یکی از آن ها کنترل طول دم پلی A از طریق فرآیند پلی آدنیلاسیون سیتوپلاسمی است که این فرآیند اولین بار در اووسیت ها و سلول های جنینی مشاهده شد ولی در مطالعات اخیر در میتوز و انعطاف پذیری سیناپسی نیز دیده شدند. پلی آدنیلاسیون سیتوپلاسمی به دو صورت وابسته به پروتئین CPEB و مستقل از آن است. در این جا به بررسی تنظیم بیان ژن در سطح mRNA و کنترل ترجمه ی آن از طریق پلی آدنیلاسیون سیتوپلاسمی انتهای ′3 در اووسیت، اسپرماتوسیت و سلول های عصبی پرداخته ایم.
    کلیدواژگان: پلی آدنیلاسیون، پروتئینCPEB، mRNA
  • محمدحسن کریمی نژاد صفحات 3722-3725
    در این بخش:خصوصیات بیماری سندرم ترنر: در جنین (سقط)، نوزاد، دوران کودکی و بلوغ سندرم کلین فلتر و انواع ناهنجاری های سیتوژنتیک آنها و به خصوص سندرم سه ایکس (3X) و سندروم ایگرگ (2Y) بیان می شود. کمبود یا ازدیاد تعداد کروموزوم های جنسی و یا عیب ساختار این کروموزوم ها منجر به فنوتیپ های خاصی می گردد که شایع ترین آنها را بررسی می نماییم.
|
  • Khadijeh Onsory, Mostafa Bakhtiari Tajar, Zahra Haji, Mehdi Nouri Pages 3612-3621
    The human CYP3A subfamily plays a dominant role in the metabolic elimination of more drugs than any other biotransformation enzyme. It has been estimated that about 50% of the drugs metabolized by CYPs are metabolized by CYP3A4. The substrates for this enzyme include drugs, and endogenous substances. Therefore, allelic variants in the coding regions of CYP3A4 increase the risk of developing cancers. The most common variant, CYP3A4*1B, is an A to G transition. This individual variation in CYP3A4 may play a role in carcinogenesis. These observations prompted the hypothesis that variant CYP3A4 may be involved in bladder cancer. In this study, 113 patients with bladder cancer and the same number of normal individuals as controls were studied. For this purpose, DNA was extracted and investigated by PCR-RFLP. Data analysis was performed using software SPSS (version 19). The results indicated that there was no significant association between CYP3A4*1B gene polymorphism and bladder cancer (OR=1.83, 95% CI=0.97-3.46, P= 0.62).
    Keywords: Cytochrome P450 CYP3A5 human, Urinary Bladder Neoplasms, Polymorphism, Genetic
  • Fahimeh Khoshhal-Rahdar, Hakimeh Saadati, Majid Mohammadian, Mohammadreza Rangchi, Saman Mohazzab-Torabi, Mehdi Khabazkhoob Pages 3622-3631
    The purpose of this study was to determine the prevalence of congenital malformations in Dezful -2012. This cross-sectional study was carried out on live births as the target population in Dezful in 2012. All newborns were examined by pediatricians during the first 24 hours and supplementary paraclinical examinations were prescribed on every newborn who had congenital malformations. Out of 4235 live births، 49. 2 % (2083) were female. The total prevalence of congenital malformations was 3. 21% (95% CI 2. 68-3. 74). In each group of females and males، the prevalence of congenital malformation was 2. 56% (95% CI 1. 89-3. 22) and 3. 88% (95% CI 3. 06-4. 71) respectively and males had significantly more congenital malformations (p=0. 017). Overall، the most common congenital malformations were musculoskeletal (0. 97% (%95 CI 0. 67-1. 26))، cardiovascular (0. 71% (%95 CI 0. 46-0. 96) and CNS (0. 12% (%95 CI 0. 01-0. 22)). The prevalence of congenital malformations was considerably high in Dezful so decline and prevention of these malformations should be the priority of health system policies in this city.
    Keywords: Congenital Abnormalities, Cross, Sectional Studies, Prevalence, Dezful
  • Morteza Mahdavi, Mohammadreza Nassiri, Mojtaba Tahmoorespur Pages 3632-3637
    The objective of this study was to investigate the underlying characteristics of microRNA (miRNA) interaction and and their target sites based on highly accurate published wet lab findings. The miRNAs are a subclass of noncoding RNA with a widespread function in the majority of biological processes via their roles in regulating gene expression. A dilemma regarding the implicating of miRNAs in genetics engineering is their complicate mechanism for target detection and their extended functions. In this regard, we investigated characteristics of miRNA and mRNA interaction. After collecting validated interactions and filtering non-informatic and less accurate records, structural attributes and contextual characteristics of these interactions were investigated. The features were: statistically significant for target site observation in 3’UTR sequence, correlation with AREs elements, composition of nucleotides and their status in duplex, and some structural and positional attributes. Our findings approved previous suggested features and brought out new results such as the relationship of target sites with AREs and some structural and contextual attributions which place emphasis on the importance of positional and compositional state of nucleotide in miRNA-mRNA interaction.
    Keywords: MicroRNAs, Gene Expression Regulation, RNA Interference, Binding Sites, Forecasting
  • Hamed Abdollahi, Leila Kohan, Elnaz Mostaghim Page 3638

    Obese people are at risk of a number of diseases which can lead to further morbidity and mortality. The resistin hormone is secreted from the adipose tissue and the elevated levels of this hormone have been linked to obesity and insulin resistance. Thus, the resistin gene represents a potential candidate for the etiology of insulin resistance and obesity. In this study, we analyzed the possible association of -420 C/G resistin gene polymorphisms with overweight and obesity risk in Iranian population. This case-control study was done on 289 subjects divided into control (BMI<25) and obese (BMI≥25) groups based on the body mass index. Resistin -420 C/G gene polymorphism was analyzed using the PCR-RFLP method. The GG genotype frequency was 15% and 85% in control and obese groups, respectively. There was a significant association between GG genotype and susceptibility to obesity after adjusting for sex and age (OR: 3.9, 95%CI: 1.7-8.7, P: 0.001). In conclusion, Resistin -420 C/G gene polymorphism was associated to susceptibility to obesity.

    Keywords: Obesity, Polymorphism, Genetic, Resistin, body mass index
  • Hamid Reza Izadnia, Mojtaba Tahmoorespur, Mohammad Reza Nassiry Pages 3646-3655

    This research aim was to identify, isolate, and clone ND1 gene of native chicken genome of Khorasan and compare it with other genomes and protein sequences of this gene in order to examine the possible mutations. For this purpose, genomic DNA was extracted from the blood sample of Khorasan native chickens and after designing specific primers of this gene using reference nucleotide sequence and carrying out polymerase chain reaction (PCR) for gene amplification, the product of reaction was electrophoresed on the agarose gel. The resulting bands were cloned and sequenced into E. coli using the pTZ57R/T linear vector. The comparison between the sequenced fragment of nucleotide and the reference genome revealed three mutations and a 99%/100% similarity was found in length with complete mitochondrial genome sequence of Gallus gallus in the recorded poultry mitochondria with accession number X52392.1 (reference genome), GU261719.1, GU261715.1, GU261712.1, AP003318.1, KF826490.1 and HQ857210.1. The protein comparison showed that the resulted sequence was similar to the protein sequences related to gene ND1 of the poultry mitochondriain the database so that the most similarity (100%/100%) in length belonged to gene ND1 in Gallus gallus spadiceus with accession number NP 006515.1 and the least similarity belonged to species and genera of Criniferpiscator, Nyctiousgrandis, Cursoriustemminckii and Aceroswaldeni with 78%/100% similarity. The comparison of the sequence with the reference genome was also 99%/100% similar in length. The nucleotide comparison showed mutation in three places of which two primary mutations occurred in the tRNA area which were not entered in the ND1 translation. After changing the obtained nucleotide sequences to amino acid sequences, it was compared with the reference protein sequences. The result of this comparison showed the difference in placing of one amino acid. In amino acid 173, alanine, which is a polar amino acid, changed to threonin polar amino acid.

    Keywords: Cloning, Mt, Nd1, Chickens, Genes, Mitochondrial
  • Hossein Honari, Amir Hossein Ahmadi, Mohammad Ebrahim Minaei, Mohammad Ali Arefpur, Hosein Purhakkak Pages 3656-3663
    Anthrax is a zoonotic disease in humans and animals. The disease is caused by Bacillus anthracis and the antibodies of domain a-1 protective antigen (PA) identify 62% of the antigens related to PA and most of their oligopeptides are observed in the AVP vaccines. In this experimental study, plasmid pXOI sequences with BamHI and XhoI enzymatic sites were amplified and cloned in the cloning vector and subcloned into the vector pET28a(+) and transformed into BL21(DE3) strain of E. coli after separation. The gene expression was performed by IPTG induction and after protein purification using affinity chromatography, the resulting antigen was injected into mice four times. Polyclonal antibody produced in the mouse serum was measured. Domain a-1 protective antigen cloned into the expression vector pET28a (+) was confirmed by PCR, enzyme analysis and sequencing. The produced recombinant protein was also confirmed by SDS-PAGE and western blot. Then, the produced antibodies were isolated from the mouse serum and confirmed by ELISA. The aim of this study was to generate antigen domain a-1 protective antigen of B. anthracis in E. coli. With regard to identification of antigen PA by the domain a-1 antibody and presence and stability of their oligopeptides for seven years or more in the AVP vaccines, it can be used in designing a vaccine for anthrax separately, in combination with the other domains (PA), or with adjuvants.
    Keywords: Anthrax, Bacillus anthracis, Domain a, 1 protective antigen, Recombinant proteins
  • Leyla Sahebi, Saeed Dastgiri, Khalil Ansarin, Seyed Abolghasem Mohammadi, Roya Sahebi Pages 3664-3677

    Genetic epidemiology, as a relatively new science, investigates the independent role of genetic and environmental factors in the occurrence and progression of diseases. Genetic epidemiology studies, depending on the objectives, encompass the most preliminary surveys such as looking for family history of diseases to the most advanced surveys including specific strategies in prevention of genetic diseases using clinical trials. Various goals require special methods and study designs in genetic epidemiology studies. In the present study, main designs including familial aggregation, heritability, segregation, linkage and association have been studied and the purpose of each study design and the used tests are briefly discussed. Knowledge of different study designs and related tests is the main and necessary issue in accurate implementation of the studies and is also a guide to the shortest possible ways for reaching the goals.

    Keywords: Epidemiology, Research Design, Genome, Wide Association Study, Genetic Linkage, Linkage Disequilibrium
  • Mohammad Reza Nazem, Ali Emami, Mir Hadi Seyedzadeh, Hashem Sadeghi, Abolfazl Movafagh, Mehdi Hedayai Pages 3678-3691
    Telomeric Structure safeguards the chromosome end from genetic damages and rearrangements. During each cell division and normal human aging, somatic cells lose telomeric DNA. Cancerous cells express telomerase that maintains the telomere length in these cells. Numerous studies have shown that telomerase is a critical enzyme for the ongoing proliferation of metastatic tumor cells. Although telomere loss occurs in both normal and precancerous cells, telomere shortening with age can lead to genetic damages that may eventually contribute to increase the cancer rate.
    Keywords: Telomere, Telomerase, Cancer inhibition
  • Elahe Kamali, Sadeq Vallian, Kamran Ghaedi Pages 3692-3703
    Infertility is often defined as the condition in which a couple cannot conceive after one year of unprotected intercourse. Male specific factors account for about 30-40% of infertility. In 40–50% of infertility cases, female specific factors are the cause, while the remaining 10–30% are either attributed to both male and female specific factors or are unexplained. Several factors are involved in male infertility that can be divided into genetic, epigenetic, and non-genetic factors. Spermatogenic Failure (SgF) accounts for more than half of male infertility cases. Microdeletions of Yq chromosome are the most significant recognized cause of SgF. Up to 15% of SgF is related to known Y chromosomal deletions. Extensive physical, functional, and genetic analyses of the Y chromosome have now identified three AZF regions (AZFa, AZFb and AZFc), which encode spermatogenic genes. Y chromosome microdeletions, depending on the type of deletion, result in the loss of spermatogenic genes. The detection of Y chromosome microdeletions is performed by known STS (Sequence Tag Sites) markers for these regions. Besides, a new hybridization method (Suspension Array Technology) is recently used for rapid and efficient detection of these deletions. In the present study, the association between Y chromosome microdeletions and male infertility, molecular mechanisms involved in microdeletions, molecular detection of Y chromosome microdeletions and some treatment strategies have been reviewed.
    Keywords: Infertility, Spermatogenesis, Azoospermia, Oligospermia, Y chromosome
  • Mehrana Koohi Dehkordi Pages 3704-3713
    The engineering of enzymes with altered activity using directed evolution techniques is one of the most important goals in biotechnology. Given that some catalysts of protein for a particular purpose have not been optimized yet over three billion years of evolution, the use of artificial evolution methods such as DNA shuffling is an appropriate method for protein engineering which mimics natural evolution process. In DNA shuffling, which is also known as molecular breeding, the genes to be recombined are randomly fragmented by DNaseI and then reassembled using cycles of denaturation, annealing, and extension by a polymerase. Repetition of these cycles may create a chimeric gene which can apply for cloning and gene activity analysis to characterize the proteins with improved activity. DNA shuffling technology has been used successfully to improve the enzyme activity in vitro and there are several reports of successful application of this method in vivo. In this paper, this method and some of its successful applications are discussed.
    Keywords: DNA Shuffling, Enzyme Engineering, Artificial Evolution
  • Maryam Mollasalehi, Parinaz Ghadam Pages 3714-3721
    Gene expression can be controlled in different ways. The control of gene expression plays an important role in early maturation of oocytes. The control of gene expression occurs in untranslated region (UTR) of many mRNAs. The length of poly (A) tail affects mRNA metabolism such as transferring to cytoplasm, stability, and regulation of translation. There are different mechanisms for polyadenylation regulation. One of the mechanisms is the control of poly (A) tail length by cytoplasmic polyadenylation that was first discovered in oocytes and embryos but have also been observed in mitosis and synaptic plasticity in recent studies. Cytoplasmic polyadenylation is either CPEB protein dependent or independent. In this paper, the regulation of the gene expression on mRNA level and the control of translation regulation by cytoplasmic polyadenylation of mRNA 3′end in oocyte, spermatocyte, and nervous cells have been surveyed.
    Keywords: Polyadenylation, CPEB Protein, RNA, Messenger
  • Mohammad Hassan Kariminejad Pages 3722-3725