آیت الله جنتی می گوید منتقدانش بی جهت تصمیمات این شورا را صرفا به او نسبت می دهند «این ها کاسه و کوزه ها را سر من می شکنند. در شورا دوازده تن هستند و من یک دوازدهم هستم. اما با من تسویه حساب می کنند. تنها یک رای از دوازده رای شورای نگهبان را دارم». اما علی مطهری نایب رئیس مجلس معتقد است: «عنصر تصمیم گیر در شورا آقای جنتی هستند و بقیه معمولا به احترام ایشان اظهارنظر نمی کنند. مثلا چند تن از اعضای شورای نگهبان به خود من گفتند که ما با تصمیم آقای جنتی درباره موضوع خانم مینو خالقی مخالف بودیم، ولی به خاطر حفظ احترام ایشان مخالفت نکردیم.» مطهری حتی رد صلاحیت آیت الله هاشمی رفسنجانی را هم برای انتخابات سال 92 کار جنتی می داند.

او در مصاحبه با موسسه سوره سینمای مهر، می گوید: در موضوع بررسی صلاحیت ها، افراد حر و آزاده و منتقد نظام را رد صلاحیت می کنند و در مقابل، برخی افراد فرصت طلب را تایید صلاحیت می کنند و این امر باعث کاهش سطح کیفیت مجلس و نیز پدیده ریا و تظاهر شده است. مطهری گفته ایرادش به شورای نگهبان ناظر به نظارت استصوابی است و افزوده که «اگر خود نظارت استصوابی را هم درست بدانیم نحوه اجرای آن غلط است، چون نظارت استصوابی هم اکنون به این صورت درآمده که غیر از استعلامات چهارگانه که گاهی به آن ها هم توجه نمی شود، افرادی از نهادهای دیگر تحقیقات محلی می کنند و در زندگی خصوصی مردم تجسس می کنند. روشن است که در این رویه امکان بروز فساد و دخالت خصومت های شخصی و سیاسی زیاد است.» نایب رئیس مجلس در باره شخصیت و سابقه آیت الله جنتی هم گفت: ایشان سعی می کنند متشرع و متقی باشند، ولی گاهی اظهارنظرهایشان از شرع و تقوا خارج است. سوابق مبارزاتی و علمی در حد متوسط به بالا دارند و ظاهرا درس شهید مطهری را هم درک کرده اند. با ایشان روبه رو شده ام، اما انتقادی را مطرح نکرده ام. شنیدم در انتخابات مجلس دهم که من از طرف هیات نظارت رد صلاحیت شدم، ایشان در شورای نگهبان به من رای مثبت داده بودند.