رئیس سازمان دیده بان شفافیت و عدالت در نامه ای به رئیس سازمان امور اداری و استخدامی، دستورالعمل سامانه ثبت حقوق مقامات را ناقص دانست و تاکید کرد: تعیین سطح کردن برای دسترسی دستگاه های نظارتی و عموم به اطلاعات حقوقی مسئولان خلاف حکم صریح قانون گذار است. در بخشی از نامه «احمد توکلی» به «جمشید انصاری» درباره دستورالعمل سامانه ثبت حقوق و مزایا، موضوع ماده 29 قانون برنامه ششم توسعه ابلاغی هجدهم اردیبهشت 1397 آمده است: همان گونه که می دانید پس از افشای پرداخت حقوق های نامشروع در برخی دستگاه های اجرائی که نفرت و اعتراض عموم را برانگیخت، رهبر معظم انقلاب با صراحت از این آزمندی با الفاظ و عباراتی مانند «هجوم به ارزش ها»، «نامشروع»، «غیرمنصفانه»، «ظالمانه»، «گناه» و «خیانت به آرمان های انقلاب اسلامی» یاد کردند. در ادامه نامه رئیس سازمان دیده بان شفافیت و عدالت آمده است: در دستورالعمل مذکور برخلاف حکم ماده (29) برنامه ششم، نحوه دسترسی دستگاه های نظارتی و دسترسی عموم به اطلاعات مربوط به حقوق و مزایای پرداختی به مقامات، روسا و مدیران و سطوح آنها را به طی دوره آزمایشی منوط کرده است؛ در حالی که دولت به موجب این ماده مکلف بوده در سال اول برنامه نسبت به راه اندازی سامانه ثبت حقوق و مزایا و ایجاد امکان دسترسی به این سامانه برای نهادهای نظارتی و عموم مردم اقدام می کرده است، نه اینکه پس از گذشت مهلت قانونی دستورالعمل نحوه ورود اطلاعات به سامانه را ابلاغ کرده و نحوه دسترسی دستگاه های نظارتی و سطح آن را موکول به زمان موهوم پایان دوره آزمایشی کند. در این ماده هیچ گونه حکمی برای تعیین سطح دسترسی دستگاه های نظارتی و عموم به اطلاعات مربوط به حقوق و مزایای پرداختی به مقامات و روسا و مدیران در سامانه ثبت حقوق و مزایا وجود ندارد و قانون گذار به صورت مطلق حکم به دسترسی دستگاه های نظارتی و عموم به سامانه ثبت حقوق و مزایا داده است؛ در حالی که خلاف حکم صریح قانون گذار در این خصوص در دستورالعمل، ابتدا سطح دسترسی قائل شده است و بعد تعیین سطح دسترسی به سامانه در صلاحیت هیئت وزیران دانسته شده است.