هم ردیف سازی چندگانه و رسم درخت فیلوژنتیک به روش Neighbor-joining ژن cp ویروس موزاییک کاهو در استان گلستان

اخیرا علائم بیماری ویروسی موزاییک کاهو (Lettuce mosaic virus، LMV) در سطح وسیعی از مزارع کاهو استان گلستان شایع شده است. این ویروس از بیمارگرهای مخرب و مهم اقتصادی است که متعلق به جنسPotyvirus و خانواده Potyviridaeمی باشد. طی سال زراعی 93-1392 به منظور ردیابی ویروس LMV، 93 نمونه که دارای علائم موزاییک، پیسک، کوتولگی و عدم تولید تاج طبیعی بودند از مزارع کاهو استان گلستان جمع آوری شده و آلودگی ویروسی در نمونه ها به وسیله آزمون DAS-ELISA و آنتی سرم منوکلونال LMV بررسی شد. نتایج آزمون سرولوژیکی نشان داد که 80 نمونه از نظر آلودگی به ویروس مثبت بودند، در حالی که علائم زردی منفی بود. از نمونه های آلوده، تعدادی از آن ها به منظور ردیابی ویروس تعیین ترادف شدند.RNA کل از نمونه های مذکور استخراج شد و در آزمون RT-PCR با استفاده از آغازگر عمومی پوتی ویروس، قطعه 327 جفت بازی تکثیر شد که مربوط به ژن Cp می باشد. توالی های بدست آمده، با توالی های موجود در GenBank، مقایسه شدند. هم ردیف سازی های چندگانه و آنالیزهای تبارزایی با نرم افزارهای DNASTAR، DNAMAN، Clustal X انجام و درخت فیلوژنتیک به روش Neighbor-joining ترسیم شد. نتیجه ترادف توالی نشان داد که نمونه های استان گلستان به LMV آلوده می باشند و آنالیزهای تبارزایی تعیین کرد که جدایه گلستان شباهت 7/99 درصدی در سطح نوکلئوتیدی با جدایه فرانسه (Z78229) داشت. این اولین گزارش از آلودگیLMV و تعیین توالی Cp ژنوم این ویروس در استان گلستان می باشد.