شناسایی فیلوژنتیکی ریزجلبک ایزوله شده از سواحل جنوبی دریای خزر

 ریزجلبک ها از جمله منابع غنی از متابولیت های فعال بوده، که امروزه علاوه بر مصارف دارویی و غذایی به عنوان منابع مهم سوخت های زیستی مطرح هستند. در این تحقیق از نشانگرهای ریبوزمی به جهت تعیین جایگاه فیلوژنتیکی گونه ریزجلبکی برداشت شده از سواحل جنوبی دریای خزر استفاده شد. 

برای مطالعات مولکولی، ریزجلبک های رشد یافته در محیط کشت سوسپانسیونی با به کارگیری محلول کلریدآهن (III) رسوب داده شدند. پس از استخراج DNA ژنومی به روش ذوب و یخ، نواحی ژنی کد کننده زیرواحدهای ریبوزمی (16srDNA) با استفاده از 36 جفت آغازگر با واکنش زنجیره ای پلیمر از (PCR) تکثیر و سپس با تکنیک TA Cloning در ناقل pTZ57R/T نوترکیب شده و پس از تراریختگی در سویه باکتریایی Dh5α با خالص سازی پلاسمید های بدست آمده از روی ژل، توالی یابی شدند.

تعداد 14 جفت آغازگر تکثیر قابل قبولی از نواحی ژنی مورد هدف در ژنوم ریزجلبک نشان دادند. توالی های به دست آمده با استفاده از نرم افزار Vector NTi ver. 11 ویرایش و سپس در پایگاه ژنتیکی (NCBI) بلاست گردیدند. توالی های با تشابه  بالاتر از 90%  انتخاب و مقایسه فاصله مولکولی داده ها با استفاده از نرم افزار MEGA 6 و تحلیل های فیلوژنتیک با محاسبه درخت های مولکولی میانبرترین (Maximum Parsimony, MP) برای توالی ژن های مورد مطالعه انجام، و سپس برای آزمون میزان صحت گره ها ازشاخص بوت استرپ 1000 برای تحلیل ها استفاده گردید.

نتایج حاصل از رسم درخت فیلوژنی و ماتریس تشابه با روش Maximum Parsimony برای هر 14 ناحیه ژنی نشان داد که گونه مورد مطالعه کمترین فاصله ژنتیکی را با سویه جلبکی Spirulina laxissima دارد.