استفاده از شیشه پستانک بخصوص حاوی شیر خشک در کودکان شیرخوار اغلب با عوارض زیادی همراه است، که مهم ترین آن کاهش مکیدن شیر مادر و در نتیجه کاهش مقدار شیر مادر و در نهایت قطع شیردهی با شیر مادر قبل از 3ماهگی است. علت اصلی این امر علاوه بر تفاوت طعم شیر مادر و شیر خشک مربوط به تفاوت نحوه مکیدن پستان مادر و شیشه پستانک است که کودک پس از مدتی از خوردن شیر از سینه مادر امتناع می کند. همچنین مکیدن کمتر سینه مادر علاوه بر احتمال تجمع شیر و التهاب یا عفونت سینه مادر باعث کاهش ارضای حس مکیدن در شیرخوار می شود. به علاوه استفاده از شیشه پستانک باعث آلودگی و رشد میکروب ها و در نهایت عفونت در شیرخوار می شود، همچنین باعث بروز برفک در دهان شیرخوار و عود مکرر آن می شود. ثابت شده شیرخوارانی که از شیشه پستانک بویژه شیرخشک تغذیه می شوند، بیشتر دچار اسهال، استفراغ یا دل درد می شوند. از دیگر عفونت هایی که در صورت استفاده از شیشه شایع تر دیده می شود عفونت گوش است. مجموع این عوامل باعث افزایش مراجعات پزشکی و بستری شدن شیرخوار می شود. در نهایت وزن گیری کودک مختل می شود. شیوع بیشتر عفونت های قارچی پستان و احتمال بارداری ناخواسته از سایر عوارض مصرف شیشه در مادر است. سایر معایب استفاده از شیشه پستانک عبارت است از اختلال رویش دندان ها (جفت شدن آن ها)، احتمال اثر بر هوش کودکان یا احتمال تاثیر بر تکامل گویایی، اجتماعی و یادگیری کودک خواهد بود.