فهرست مطالب نویسنده:

mohammad khoramizadeh

انتخاب همه

شناسایی گونه های آسپرژیلوس مهم بیماری زا با استفاده از پلی مورفیسم اشکال کانفورماسیونی تک رشته های DNA ژن کد کننده rRNA

کامبیز دیبا، حسین میرهندی، محمدرضا خرمی زاده، نیلوفر جلالی زند

مجله مطالعات علوم پزشکی، سال بیستم شماره 3 (پاییز1388)، ص 164

پیش زمینه و هدف
تست مولکولی SSCP [1] روشی بر پایه PCR است که به عنوان یکی از شیوه های سریع شناسایی قارچ ها مورد علاقه قرار گرفته است. این فن در گذشته برای اهدافی غیر از شناسایی میکروارگانیزم ها، از جمله در آنالیز موتاسیون ها مورد استفاده قرار گرفته است، بعدها در شناسایی و تفکیک بین گونه ای برخی اورگانیزم ها کاربرد پیدا کرد.
با توجه به قابلیت روش فوق در تعیین اختلافات بین ترادف های ژنی از طریق پلی مورفیسم تک رشته های DNA بدست آمده از محصولات PCR، در این مطالعه سعی شده است که امکان استفاده از این روش که بی نیاز از هضم با آنزیم های محدودساز می باشد در ایجاد افتراق بین گونه ها بررسی شود.
مواد و روش کار
205 ایزوله آسپرژیلوسی در این مطالعه از نمونه های بالینی و محیطی چند بیمارستان آموزشی کشور و نمونه های بالینی بیماران مراجعه کننده به مرکز قارچ شناسی بدست آمده بودند، مورد بررسی قرار گرفتند. این تعداد با توجه به شیوع یک درصدی عفونت های آسپرژیلوسی در میان عفونت های قارچی بیمارستانی انتخاب شدند. تمامی جدایه های آسپرژیلوسی، در محیط های کشت افتراقی آسپرژیلوس ها شامل: CYA، CYA20S، MEA و CZA کشت داده شده، با استفاده ازخصوصیات کلنی و جلوه های میکروسکوپی شناسایی شدند. در روش مولکولی استخراج DNA به روش دستی گلاس بید و فنل - کلروفرم، آمپلیفیکاسیون قطعه ITS2 و دناتوراسیون DNA برای تولید تک رشته انجام گرفت، سپس با استفاده از [2] G- PAGE و عکس برداری از باندها الگوهای تفکیکی مقایسه شدند.
یافته ها
در طول یک مطالعه 18 ماهه، 205 ایزوله آسپرژیلوسی شامل یازده گونه بدست آمد، منابع جداسازی گونه ها، نمونه های محیطی و بالینی بیمارستانی بودند. ایزوله های آسپرژیلوسی 25 درصد از منابع بالینی و 75 درصد از نمونه های محیطی بیمارستان ها بدست آمدند. در بررسی SSCP که نتیجه آن افتراق بین گونه های آسپرژیلوس بود. آسپرژیلوس نیدولانس، آسپرژیلوس فیشری، آسپرژیلوس کوادریسینکتا، (آسپرژیلوس فومیگاتوس و آسپرژیلوس نایجر) در یک گروه، (آسپرژیلوس فلاوس، آسپرژیلوس ترئوس، آسپرژیلوس اوکراسئوس) در گروه دیگر از هم قابل تفکیک هستند.
بحث و نتیجه گیری
SSCP به عنوان یک روش سریع، کم هزینه و آسان می تواند برای شناسایی مهم ترین گونه های آسپرژیلوس بیماریزای انسان مورد استفاده قرار گیرد، هر چند که به دلیل ویژگی پایین روش احتمالا در کاربرد وسیع آن در آزمایشگاه های روتین تردید وجود دارد.

کلید واژگان: آسپرژیلوس، شناسایی، پلی مورفیسم

چکیده مشاهده متن زبان: فارسی

IDENTIFICATION OF MOST IMPORTANT PATHOGENIC ASPERGILLUS SPECIES USING CONFORMATIONAL POLYMORPHISM OF SINGLE STRANDED PCR

Kambiz Diba *, Hossein Mirhendi, Mohammad Khoramizadeh, Nilufar Jalalizand

Journal of Medical Science Studies, Volume:20 Issue: 3, 2009, P 164

Background and Aims
Single Stranded Conformational Polymorphism as a molecular PCR based method has been significant for rapidly identification of fungal species. This method was previously used for the other aims including analysis of mutations as well as identification and discrimination between some organisms. In the present study, we tried to use the free digestion method of SSCP for discriminating Aspergilli in the species level considering polymorphism patterns between them.
Materials and Methods
Totally 205 Aspergillus strains were isolated from clinical and environmental specimens being collected in some Iranian approved hospitals and from medical mycology lab - School of Public Health, Tehran University of Medical Sciences. The sample size of this study was based on the prevalence; 1% of Aspergillus infections among total of fungal nosocomial infections. All of the Aspergillus isolates, were identified by using four Aspergilli differential media including, CZA, CYA, CYA20S and MEA, followed by macroscopic and microscopic examinations. In the molecular assay, we extracted DNA manually using Glass beads and Phenol chloroform method, followed by PCR amplification of ITS2 region and then thermal denaturizing DNA to make single stranded DNA. Finally, we compared differentiate patterns of electrophoresis bands.
Results
During an 18 month study, we obtained 205 Aspergillus isolates including 11 species, from the hospital and environmental specimens. Hospital sources included clinical (25%) and environmental (75%) isolates. Our findings of SSCP method included: A. nidulans, A. fischeri, A. quadricincta, (A.fumigatus, A. niger) as a category and (A. flavus, A. terreus, A. ochraceus) as the other category.
Conclusion
SSCP as a rapid and simple molecular method enabled us to identify most important pathogenic Aspergillus species. The above technique is not commonly used because of the low specificity.

Abstract View Paper Original: Persian

بدانید!

در این صفحه نام مورد نظر در اسامی نویسندگان مقالات جستجو می‌شود. ممکن است نتایج شامل مطالب نویسندگان هم نام و حتی در رشته‌های مختلف باشد.
همه مقالات ترجمه فارسی یا انگلیسی ندارند پس ممکن است مقالاتی باشند که نام نویسنده مورد نظر شما به صورت معادل فارسی یا انگلیسی آن درج شده باشد. در صفحه جستجوی پیشرفته می‌توانید همزمان نام فارسی و انگلیسی نویسنده را درج نمایید.
در صورتی که می‌خواهید جستجو را با شرایط متفاوت تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مطالب نشریات مراجعه کنید.

به جمع مشترکان مگیران بپیوندید!

mohammad khoramizadeh