جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه « سنبل الطیب » در نشریات گروه « بیوتکنولوژی و ژنتیک گیاهی »
تکرار جستجوی کلیدواژه «سنبل الطیب» در نشریات گروه «کشاورزی»-
گیاه دارویی سنبل الطیب منبع ترکیبات دارویی موثر برای درمان اعصاب، صرع و مشکلات خواب است. این ترکیبات عمدتا از دسته ترپن ها (سزکویی ترپنوییدها) هستند که مسیر بیوسنتزی آن ها در سنبل الطیب تا حد کمی شناخته شده است. نظر به فقدان توالی ژنومی این گیاه، مطالعات مبتنی بر مونتاژ de novo ترانس کریپتوم حایز اهمیت است. در این مطالعه، دو ابزار Trinity و rnaSPAdes برای ساخت مونتاژ de novo از روی داده های SRR موجود در این گیاه انجام شد. در ادامه و به منظور تعیین مونتاژ بهینه، ابزار کمکی شامل CAP3 و CD-HIT-EST بر روی مونتاژهای اولیه اعمال شد. با توجه به نتایج ابزار سنجش کیفیت از قبیل، rnaQUST، SeqKit statistics و BUSCO، اعمال ترکیبی دو ابزار CAP3 و CD-HIT بر روی Trinity (T-CAP-CD) از لحاظ پارامترهای مختلف منجر به تولید مونتاژ بهینه شد. در مرحله انتولوژی با ابزار گیاه-ویژه، فوق العاده سریع و جامع Hayai-Annotation Plants، 78/57 درصد از ژن های مونتاژ T-CAP-CD در سه زیر گروه (BP, MF, CC) حاشیه نویسی شد. در بررسی مرتبط با بازسازی مسیر KEGG، تعداد 30 ارتولوگ ژنی در مسیر ستون فقرات بیوسنتزی ترپنوییدها و 7 ارتولوگ ژنی نیز در مسیر بیوسنتز سزکویی ترپنوییدها شناسایی شد. بیشترین فراوانی خانواده های فاکتورهای رونویسی به ترتیب متعلق به bHLH (5/9 درصد)، NAC (3/7 درصد) و MYB (6/6 درصد) بود.
کلید واژگان: ترانس کریپتوم, سنبل الطیب, سزکوئی ترپن, فاکتور رونویسی}Journal of Genetics, Volume:18 Issue: 2, 2023, PP 111 -123The Valerian plant (Valeriana officinalis) contains compounds that can be used to treat nerve disorders, epilepsy, and sleep disorders. Terpenes (sesquiterpenoids) are the major group of compounds in this plant, whose biosynthesis pathway is poorly understood. Due to the lack of genomic sequence, studies based on de novo transcriptome assembly are important to elucidate more genes of the terpenoid biosynthetic pathway in this valuable medicinal plant. To reconstruct de novo assembly of RNA-Seq data from previously published SRR data for V. officinalis, Trinity and rnaSPAdes were used in this study. The primary assemblies were then analyzed using additional tools, such as CAP3 and CD-HIT-EST, in an attempt to determine the most effective de novo assembly. Based on the results of quality assessment tools such as rnaQUST, SeqKit statistics, and BUSCO, the combination of CAP3 and CD-HIT tools successfully produced an optimal assembly for Trinity (T-CAP-CD). A total of 57.78% of T-CAP-CD assembly genes were annotated in three subgroups (BP, MF, CC) with the highly accurate plant-specific Hayai-Annotation Plants annotation tool. The reconstruction of the KEGG pathway revealed 30 ortholog genes in the terpenoid biosynthetic backbone pathway and 8 ortholog genes in the sesquiterpenoid biosynthesis pathway. By performing homology search of T-CAP-CD transcriptome against PlantTFDB v.5, the most frequent transcription factor families were identified as bHLH (9.5 %), NAC (7.3 %), and MYB (6.6 %), respectively.
Keywords: Transcriptome, Valeriana officinalis, Sesquiterpene, Transcription Factor} -
گیاه سنبل الطیب (Valeriana officinalis L.) از خانواده Valerianaceae به عنوان گیاه دارویی ارزشمند همواره مورد توجه بوده است که از آن برای درمان بیماری های عصبی استفاده می شود. پژوهش به صورت آزمایش فاکتوریل در قالب طرح کاملا تصادفی شامل سویه های باکتری (R1000, LBA9402, C58, A4, GM, ATTCC15834)، سن ریزنمونه جهت تلقیح (10، 20 و 30 روز) و ریزنمونه های مختلف گیاه سنبل الطیب (برگ و ریشه) در سه تکرار انجام گرفت. جهت کشت باکتری ها از محیط کشت MYA جامد و جهت تهیه سوسپانسیون باکتری به منظور تلقیح از محیط MYA مایع حاوی آنتی بیوتیک ریفامپسین با غلظت 50 میلی گرم در لیتر استفاده گردید. دو روش تلقیح (روش غوطه وری و تزریق) بر درصد ریشه زایی ریز نمونه ها مورد ارزیابی قرار گرفت و روش تزریق در القای ریشه مویین بر ریزنمونه ها موثر واقع نشد. پس از مشخص شدن بهترین سویه و بهترین ریزنمونه، جهت پرآوری ریشه های مویین کلون ها در محیط کشت جامد MS ،1/2 MS و MS + 0.2 mg/L NAA کشت گردیدند، مشاهده شد که ریشه های قرار داده شده در محیط کشت MS بیشترین زیست توده را داشتند. سویه ATCC15834و A4 رشد یافته در محیط MYA روی ریز نمونه برگی 30 روزه مناسب ترین سویه ها بودند. بیشترین طول ریشه و تعداد ریشه مویین در القای با سویه A4 دیده شد. ریشه های مویین القاء شده در محیط کشت MS حاوی 3 درصد ساکارز در دمای 25 درجه سانتی گراد بیشترین میزان رشد ریشه های مویین را نشان داد. نتایج نشان داد که کاربرد سویه های ATTCC15834, R1000, LBA9402 و A4 باعث القای ریشه های مویین در گیاه سنبل الطیب شد و دو سویه دیگر در القای ریشه های مویین ناکارآمد بودند.
کلید واژگان: آگروباکتریوم رایزوژنز, سنبل الطیب, سویه, ریشه مویی}Valeriana officinalis from the valerianaceae is a precious medicinal plant has been employed for the treatment of mental ailments. The study was a factorial experiment in a CRD including bacterial strains (R1000, LBA9402, C58, A4, GM, and ATTCC15834), age of explants for inoculation (10, 20 and 30 days) and different explants of valerian (leaves and roots) in three replications. Solid Manitol Yest exteract Agar (MYA) medium was used for bacterial culture and MYA medium containing rifampicin antibiotic (50 mg/l) was used to prepare the bacterial suspension for inoculation. Two inoculation methods (floating and injection method) were evaluated on the percentage of rooting and the injection method was not effective in hairy root induction on explants. After determining the best strain and the best explants of the clones were cultured in MS, 1/2 MS and MS+0.2 mg/L NAA solid culture medium it was observed that the roots placed in MD medium were the most they had biomass. Strains of ATCC15834 and A4 on the MYA medium on 30 days old leaf explants was the best strain than others. The optimized root length and the top hairy root number were induced by A4 strain. The newly produced hairy root showed the highest growth on MS medium enriched with 3% sucrose at 25°C. Our results showed that the application of ATTCC15834, R1000, LBA9402 and A4 strains induced hairy roots in valerian and the other two strains were ineffective.
Keywords: Agrobacterium rhizogenes, Valeriana officinalis L, strain, Hairy root} -
در این آزمایش اثرات دو هورمون اکسین و سیتوکینین بر روند کالوس زایی و باززایی گیاه دارویی سنب لالطیب بررسی شد. بذرهای دو ژنوتیپ سنب لالطیب در آزمایشی به صورت فاکتوریل با سه فاکتور ژنوتیپ، ریزنمونه و محیط کشت در قالب طرح کاملا تصادفی ارزیابی شدند. در آزمایش کالو سزایی، بیشترین حجم کالوس در سطح 2-4-D ، به میزان 2 میلی گرم در لیتر برای ژنوتیپ اصفهان و مدت زمان مورد نیاز کمتر جهت کالوس دهی برای ریزنمونه های ریشه ای و مریستمی و ژنوتیپ همدان به دست آمد. با بررسی میانگین سلول های شمارش شده در هر میلی لیتر از محیط، در کشت سوسپانسیون سلولی، ریزنمونه مریستمی و ژنوتیپ اصفهان میانگین بالاتری نشان داده و هورمون های NAA و 2-4-D سهم اساسی را در این بین داشته که اثر هورمون 2-4-D بیشتر بود. با توجه به تعداد کالوس های باز زا شده در هر پتری دیش، مشخص شد که کالوس حاصل از ریزنمونه مریستمی و ژنوتیپ اصفهان باززایی بیشتری نشان دادند. نتایج پژوهش نشان داد که در کشت بافت سنبل الطیب، بهترین کالوس دهی در ریزنمونه ی ریشه ای با حضور 2-4-D ، به میزان 2 میلی گرم در لیتر ، بیشترین باززایی جهت ساق هدهی از ترکیب هورمونی NAA به مقدار نی ممیلی گرم در لیتر، BAP به مقدار 2 میلی گرم در لیتر و نیز ریشه دهی مناسب در واکشت های متوالی در محیط پایه ی MS فاقد تنظیم کننده ی رشدی و همچنین میانگین بالای تعداد سلول های شمارش شده مربوط به سلو لهای ریزنمونه های مریستمی، با حضور هورمون 2-4-D به مقدار 2 میلی گرم در لیتر بوده است.
کلید واژگان: باززایی, سنبل الطیب, کالوس زایی}
- نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شده‌اند.
- کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شده‌است. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
- در صورتی که می‌خواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.
©2000-2024 magiran.com All Rights Reserved.