single nucleotide polymorphism (snp) array
در نشریات گروه علوم دام-
پژوهش گران حوزه ژنوم در بخش طیور انواع گسترده ای از فناوری ها را برای جمع آوری اطلاعات ژنتیکی در اختیار دارند. این فناوری ها که عبارت از آرایه های چندشکلی تک نوکلئوتیدی مرغ و تعیین ژنوتیپ مبتنی بر توالی یابی هستند، بسته به اهداف مطالعه می تواند استفاده های مختلفی داشته باشند. هدف از مطالعه حاضر، مقایسه ی نتایج حاصل از توالی یابی یک جمعیت F2 حاصل از تلاقی دو طرفه پرنده های بومی ارومیه و یک لاین تجاری گوشتی آرین با استفاده از فن آوری های توالی یابی و آرایه K60 بود. در فن آوری توالی یابی، 882918 نشان گر شناسایی شد که 815613 آن ها (40/92 درصد) مربوط به کروموزوم های 1 تا 28 بودند. در این فن آوری، کروموزوم 1 بیشترین و کروموزوم W کم ترین تعداد نشان گر را داشتند. در فن آوری آرایه، تعداد 51347 نشان گر بر روی کروموزوم های 1 تا 28 پراکنده بودند و کروموزوم 1 بیشترین و کروموزوم 16 کم ترین تعداد نشان گر را نشان داد. داده های حاصل از فن آوری توالی یابی، تعداد نشان گر و بلوک های هاپلوتایپی بیشتری نسبت به آرایه ی 60 کیلوبازی شناسایی کرد. میزان عدم تعادل پیوستگی در فواصل فیزیکی 10 کیلوباز، 100 کیلوباز و 1000 کیلوباز در فن آوری توالی یابی نسبت به آرایه ی 60 کیلوباز کم تر بود. تنوع زیاد نشان گرها در داده های ژنوتیپ کردن از طریق توالی یابی موجب شد ساختارهای جمعیتی و خویشاوندی یکنواختی ایجاد شود. همچنین، علاوه بر عملکرد بالا در شناسایی نشان گرها، فن آوری ژنوتیپ کردن از طریق توالی یابی، هزینه های تعیین ژنوتیپ به ازای هر نمونه را نیز کاهش داد، بنابراین، به نظر می رسد استفاده از فن آوری ژنوتیپ کردن از طریق توالی یابی بتواند جایگزین مناسبی برای فن آوری آرایه ی K60 در مطالعات پویش ژنوم در جمعیت های مرغ شود.
کلید واژگان: ژنوتیپ کردن از طریق توالییابی، چند شکلی تک نوکلئوتیدی، مرغهای جمعیت F2For researches, there is a wide variety of available technologies to collect molecular information in the field of chicken genomics. These technologies, which consist of single-nucleotide polymorphism (SNP) arrays and genotyping by sequencing (GBS), depending on the goals of the study, can have different applications. The aim of this study was to compare the results of markers genotyped by two technologies, namely, 60 K SNP BeadChip and genotyping by sequencing, using data collected on F2 chicken population resulting from a reciprocal crosses between a native bird of Urmia and a fast-growing commercial Arian line. In genotyping by GBS, 882,918 SNPs were identified, of which 815,613 SNPs (92.40%) were located on chromosomes 1 to 28. In 60 K SNP array, the number of SNPs for each sample were 51347, which were distributed on chromosomes 1 to 28. The GBS data identified more markers and haplotype blocks than the 60 K SNP array. The rate of linkage disequilibrium (LD) in the physical distances of 10, 100 and 1000 kbp in GBS was less than that of SNP array. The large variety of SNPs in the GBS resulted in a uniform population structures and kinship. Also, in addition to the high performance for identifying single nucleotide polymorphisms, the technology of GBS also reduced the costs of the genotyping for each sample, therefore, it seems that the use of genotyping by sequencing technology could be a suitable alternative method to the 60 K SNP BeadChip array technology for genome-wide association studies in chicken population.
Keywords: Genotyping By Sequencing (GBS), Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Array, F2 Chicken Population
- نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شدهاند.
- کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شدهاست. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
- در صورتی که میخواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.