مراجع عظام و بزرگان حوزه، دولت نهم را دارای صبغه دینی و اهداف الهی می دانند و موید و پشتیبان این دولت هستند و دولت نیز به تذکرات ناصحانه علما و روحانیت عنایت ویژه دارد.ناصر سقای بی ریا مشاور امور روحانیت رئیس جمهور که در خصوص روابط دولت نهم با روحانیت و حوزه های علمیه و سفر اخیر رئیس جمهور به قم با فارس گفتگو می کرد، با بیان این مطلب اظهار داشت: استقبال بی نظیر از رئیس جمهور در مدرسه فیضیه و حضور نماینده مقام معظم رهبری و بزرگان حوزه و جامعه مدرسین در این جلسه، برای کسانی که روابط دولت و روحانیت را تحلیل می کنند، کفایت می کند. سقای بی ریا تصریح کرد: دفتر امور روحانیت نهاد ریاست جمهوری به صورت مستمر با مراجع عظام و بزرگان حوزه در ارتباط است و دیدگاه های آنها را به دولت منتقل می کند. وی در پایان با پر محتوا و صمیمانه توصیف کردن جلسه دیدار رئیس جمهور با مبلغان دین از پیگیری مقدمات سفری به قم در آینده خبر داد که در آن محمود احمدی نژاد با مراجع تقلید و سران جامعه مدرسین حوزه علمیه این شهر مقدس دیدار خواهد کرد.