جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه

computational methods

در نشریات گروه زیست شناسی

تکرار جستجوی کلیدواژه computational methods در نشریات گروه علوم پایه

تکرار جستجوی کلیدواژه computational methods در مقالات مجلات علمی

انتخاب همه

پیش بینی شبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین در گیاه جو براساس روش اینترولوگ

ژاله حکمتی، علی اعلمی، جواد ظهیری*

نشریه زیست فناوری دانشگاه تربیت مدرس، سال دهم شماره 4 (پیاپی 23، پاییز 1398)، صص 557 -564

جو (Hordeum vulgare) گیاهی یک ساله از خانواده Poaceae است. این گیاه از غلات مهم مورد استفاده انسان بوده و در بسیاری از موارد جایگزین گندم شده است. محدودیت های مربوط به روش های آزمایشگاهی شناسایی برهمکنش های پروتئینی را با مشکل روبه رو کرده است. در سال های اخیر روش های محاسباتی گام موثری در پرکردن خلا موجود برداشته و نقش مهمی در زمینه پیش بینی و شناسایی برهمکنش های پروتئینی ایفا کرده است. در این مطالعه به منظور ساخت شبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین گیاه جو از اطلاعات برهمکنش های پروتئین- پروتئین مربوط به شش ارگانیزم مدل شامل ساکارومایسس سروزیه (Saccharomyces cerevisiae)، سینورابتیدیس الگانس یا نماتد (Caenorhabditis elegans)، دروزوفیلا ملانوگاستر یا مگس میوه (Drosophila melanogaster)، انسان (Homo sapiens)، برنج (Oryza sativa) و آرابیدوپسیس تالیانا (Arabidopsis thaliana) استخراج شده از پایگاه داده Intact استفاده شد و استخراج اطلاعات ارتولوگ های گیاه جو با ارگانیزم های مدل با استفاده از Inparanoid صورت گرفت. روش اینترولوگ که در این مطالعه مورد استفاده قرار گرفته است، از منطبق کردن برهمکنش های پروتئینی ارگانیزم های مدل بر ارتولوگ های گیاه جو استفاده کرده و منجر به پیش بینی 247745 برهمکنش پروتئین- پروتئین شد که پس از حذف برهمکنش های تکراری 235966 برهمکنش غیرتکراری بین 7350 پروتئین به دست آمد. مطالعه صورت گرفته اولین گزارش ارایه شده در زمینه پیش بینی شبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین گیاه جو است.

کلید واژگان: ارگانیزم های مدل، اینترولوگ، برهمکنش پروتئین- پروتئین، روش های محاسباتی

چکیده مشاهده متن مقاله پژوهشی/اصیل زبان: فارسی

Constructing Hordeum vulgare Protein- Protein Interaction Network Based on Interolog Method

J. Hekmati, A. Alami, J. Zahiri*

Modares Journal of Biotechnology, Volume:10 Issue: 4, 2019, PP 557 -564

Hordeum vulgare is a one-year-old herb of the Poaceae family. It is an important cereal used by humans which has been applied in many cases instead of wheat. The limitation of experimental methods is one of the important problems for identifying protein-protein interactions. So, in recent years, computational methods have played an important role in predicting and identifying protein-protein interactions. In this study, for constructing protein-protein interaction (PPI) network, the experimental PPI information of six model organisms includes Saccharomyces cerevisiae, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Homo sapiens, Oryza sativa, and Arabidopsis thalian were extracted from the Intact database. Inparanoid was used for identifying barley orthologous proteins with model organisms. The Interolog method which was used in this study can predict protein-protein interactions by mapping protein interactions of the model organisms on orthologous proteins. After removing repetitive interactions, the final predicted barley PPI network contained 235966 interactions between 7350 proteins. This study is the first report presented on protein-protein interaction prediction in barley.

Keywords: Computational Methods, Interolog, Model Organisms, Protein-Protein Interaction

Abstract View Paper Research/Original Article Original: Persian

نکته

نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شده‌اند.
کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شده‌است. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
در صورتی که می‌خواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.

به جمع مشترکان مگیران بپیوندید!

computational methods