مقایسه کارایی نشانگر RAPD و Modified RAPD در تعیین تنوع ژنتیکی و فیتوشیمیایی بین جمعیت های مختلف گیاه رازیانه (Foeniculum vulgar)

گیاه دارویی رازیانه (Foeniculum vulgar) متعلق به خانواده چتریان است که دارای کاربردهای فراوانی در صنایع دارویی و غذایی می باشد.
در این مطالعه، تاثیر هضم آنزیمی محصول RAPD - PCR به منظور افزایش کارایی نشانگر RAPD در ارزیابی تنوعات ژنومی مورد بررسی قرار گرفت.
پس از تکثیر DNA ژنومی 15 جمعیت رازیانه با استفاده از 9 آغازگر RAPD، بخشی از محصول PCR توسط دو آنزیم برشی MseI و EcoRI مورد هضم قرار گرفت. سپس محصول PCR هضم شده و بدون هضم، با استفاده از الکتروفورز ژل آگارز تفکیک شد. برای تعیین کارآیی نشانگرها در تفکیک ژنوتیپ های مورد مطالعه، از معیار میزان اطلاعات چند شکلی (PIC) و برای گروه بندی نمونه ها از تجزیه خوشه ایاستفاده شد. همچنین درصد اسانس و اجزای تشکیل دهنده آن در جمعیت های فوق با استفاده از دستگاه کروماتوگرافی گازی متصل به طیف سنج جرمی تعیین شد.
مقایسه الگوی باندی محصول PCR هضم شده و هضم نشده نشان داد که استفاده از یک آنزیم چهاربازبر مانند MseI برای هضم قطعات حاصل از تکثیر RAPD-PCR می تواند تا حد قابل توجهی میزان چندشکلی را نسبت به روش RAPD استاندارد افزایش دهد. همچنین تجزیه کلاستر بر اساس داده های حاصل از روش RAPD تغییریافته، جمعیت ها را به صورت مناسب تری گروه بندی نمود.
به عنوان یک نتیجه کلی، هضم آنزیمی مناسب محصول PCR می تواند کارایی نشانگر مولکولی RAPD را تا حد قابل توجهی در بررسی تنوعات در سطح ژنوم بهبود بخشد. از سوی دیگر نتایج نشان داد که میان عملکرد اسانس و تنوع ژنتیکی موجود همبستگی وجود ندارد.