بارکد گذاری DNA برخی از گیاهان دارویی

بارکدگذاری DNA روشی ساده برای شناسایی گونه ها با استفاده از یک توالی کوتاه ژنتیکی از یک بخش استاندارد ژنوم است. این روش به منظور شناسایی هشت گیاه دارویی جمع آوری شده از استان اردبیل مورد استفاده واقع شد. استخراج DNA به روش تغییر یافته CTAB انجام گرفت و PCR با آغازگرهای طراحی شده بر اساس بارکدهای کلروپلاستی rbcL، trnH-psbA، matK و بارکد هسته ای ITS انجام شد. سپس محصولات PCR خالص سازی و تعیین توالی گردید. درصد موفقیت تکثیر و توالی یابی در نمونه ها به ترتیب 87 و 62، 75 و 37، 62 و 12، 75 و 37 به دست آمد. توالی ها با نمونه های موجود در پایگاه داده NCBI همردیف شده و تحت تجزیه بیوانفورماتیکی قرار گرفتند. در درخت خویشاوندی گونه های هم جنس بر اساس توالی های بارکد های rbcL و trnH-psbA از دیگر جنس ها تفکیک شدند. همچنین، در بارکد ITS فقط شیرین بیان با گیاهان هم جنس خود قرار گرفت. در این مطالعه، گیاه سوسن چلچراغ برای اولین بار با بارکد rbcL بارکدگذاری شد. SNP بارکدهای rbcL (کم تر از 30)، trnH-psbA (کم تر از 100)، ITS (بیشتر از 200) و matK (کمتر از 20) شمارش شد. بنابراین، بارکد rbcL به دلیل قدرت تفکیک بالا، تعداد SNP پایین و جامعیت در اکثر گونه ها، به عنوان بهترین بارکد معرفی شد. باوجوداین، بارکدهای ITS و trnH-psbA به دلیل مشکل مرتبط با توالی یابی مستقیم محصولات PCR و عدم دسترسی به توالی های با کیفیت، به عنوان بارکدهای مکمل شناسایی شدند. بارکد matK به دلیل قدرت تکثیر و توالی یابی پایین برای نمونه های مورد بررسی توصیه نمی شود.