استخراج مستقیم و خالص سازی DNA کل از جامعه میکروبی خاک و ردیابی مولکولی فرم های اختصاصی بیمارگر خاکزاد Fusarium oxysporum عامل پژمردگی آوندی گوجه فرنگی

دستیابی به اطلاعات مولکولی و ژنتیکی توانسته است بسیاری از چالش های علوم زیستی را در جنبه های مختلف حل کند. روش های کاربردی بسیاری جهت استخراج DNA از بافت های جانوری و گیاهی و سایر موجودات زنده شناسایی و معرفی شده است.، در بسیاری مطالعات ژنتیکی در جوامع میکروبی، اغلب نیاز به استخراج مستقیم DNA از خاک است. در این تحقیق پس از مطالعه دقیق روش های مختلف پیشنهادی، سه روش (شیمیایی- آنزیمی)، (شیمیایی- مکانیکی) و (شیمیایی- آنزیمی- مکانیکی)، جهت استخراج DNA ازجامعه میکروبی خاک، جداگانه طرح و مورد مطالعه و بررسی قرار گرفت تا مناسب ترین روش، شناسایی و معرفی شود. مقایسه بین روش های مختلف در شرایط برابر و 5 تکرار برای هر روش، در محصول DNA اختلاف مشخصی را از میانگین غلظت32/2 تا 1/6 نانوگرم بر میکرولیتر DNA رقیق شده، نشان داد و همچنین بر اساس اطلاعات بدست آمده از دستگاه نانودراپ و الکتروفورز و بررسی نسبت DNA به پروتئین در محصول استخراج DNA، روش (شیمیایی- آنزیمی-مکانیکی) با کارایی بهتر در غلظت بیشتر، حذف هیومیک اسید، پروتئین و سایر آلودگی ها به سایر روش ها برتری داشت. در این تحقیق همچنین ردیابی مولکولی بیمارگر ها به عنوان یکی از کاربردهای مهم استخراج مطرح و فرم اختصاصی Fusarium oxysporum f. sp lycopersici و Fusarium oxysporum f. sp. radicis lycopersici عامل پژمردگی آوندی در گوجهفرنگی از جامعه میکروبی خاک به وسیله تکنیک های مولکولی با آغازگر اختصاصی uni شناسایی شد. نتایج ردیابی مولکولی، حضور فرم های اختصاصی این بیمارگر را در نمونه خاک S1 با 5 تکرار تائید می نماید.