طراحی پروتئین نوترکیب حاوی اپی توپ های محافظت شده آنتی ژن هماگلوتینین ویروس آنفولانزای سویه های H1N1 و H5N1 با استفاده از روش های بیوانفورماتیک

درسال های اخیر و با توجه به پیشرفت های انجام شده درحوزه بیوانفورماتیک، طراحی واکسن آنفولانزا دستخوش پیشرفت های قابل ملاحظه ای شده است. هدف از این مطالعه طراحی یک پروتئین نوترکیب چندظرفیتی برمبنای اپی توپ  بسیار محافظت شده پروتئین هماگلوتینین سویه های H1N1 و H5N1 است که در طی زمان دچار تغییر و موتاسیون نمی شوند.

برای این منظور و با توجه به مطالعات میدانی قبلی توالی سویه های مورد نظر بررسی شد و اپی توپ هایی از این سویه ها انتخاب شدند.پس از بررسی خصوصیات ایمنی زایی و شیمیایی اپی توپ های انتخاب شده توسط سرور های مناسب، ساختاراولیه پروتئین نوترکیب تعیین شد و متعاقب ترجمه معکوس توالی فوق ، بهینه سازی کدون انجام شد و در نهایت توالی بهینه شده در درون وکتور PET32a+ و دربین دو ناحیه آنزیمی  BamHI/XhoI قرارداده شد.

نتایج بدست آمده نشان داد که پروتئین نوترکیب حاصله دراین مطالعه دارای وزن ملکولی 22451.72 g/mol با 214 اسید آمینه می باشد. pH ایزوالکتریک پروتئین فوق 25/7 و میزان حلالیت آن درسیستم پروکاریوتی 100 درصد است. ضریب خاموشی ساختار فوق نیز به میزان  M-1cm-1 60170 تعیین شد. در نهایت و پس ازبهینه سازی کدون، شاخص انطباق کدون (CAI) پروتئین نیز به میزان 95/0محاسبه گردید.

 در نهایت وباتوجه به داده های فوق پیش بینی می شود که ساختار چند اپی توپی طراحی شده دراین مطالعه که دارای خصوصیات ایمونولوژیکی منحصر بفرد و قابل قبولی است را می توان با موفقیت و به میزان قابل قبولی درسیستم پروکاریوتی بیان نمود و جهت مطالعات ایمنی زایی برعلیه ویروس آنفولانزای A مورداستفاده قرار داد.