شناسایی و گروه بندی ‏خانواده عوامل رونویسی WRKY در برنج ژاپونیکا

خانواده ی ژنی WRKY رمزکننده گروه بزرگی از عوامل رونویسی هستند که در تنظیم ژن های پاسخ دهنده به تنش های زیستی و غیرزیستی دخیل می باشند. برای گردآوری اعضاء این خانواده ژنی در برنج ژاپونیکا (Oryza sativa ssp. Japonica)، جستجوی چندگانه در پایگاه‏های اطلاعاتی مختلف مرتبط انجام شد. به منظور شناسایی اعضای جدید،tblastn بر اساس توالی‏های حفاظت‏شده‏ی خانواده ژنیWRKY برنج در پایگاه اطلاعاتی NCBI و جستجو بر اساس مدل مخفی مارکوف صورت گرفت. همردیف سازی توالی های پروتئینی با استفاده از نرم افزار ClustalW و آنالیز درخت فیلوژنتیکی با استفاده از نرم‏افزار MEGA10 انجام گردید. براساس نتایج به‏دست آمده، 165 عضو از خانواده‏ی ژنی WRKY در برنج یافت شد که 63 عضو جدید بودند. توالی های موجود بر مبنای تعداد دمین های WRKY و ساختار انگشت روی در سه گروه اصلی دسته بندی شدند. بر این اساس 21 پروتئین در گروه I، 53 پروتئین با ساختار انگشت روی Cx7Cx23HxC در گروه III و 82 پروتئین با ساختار انگشت روی Cx4-5Cx22-23HxH در گروه II قرار گرفتند. مکان هر ژن روی کروموزوم مشخص شد. گروه های مختلف خانواده ژنی WRKY بر روی کروموزوم های مختلف برنج توزیع شده اند. بیشترین تعداد ژن OsWRKY روی کروموزوم یک (32 عضو) قرار داشتند. به دنبال بررسی های تکمیلی و تعیین ژن های کاندید امیدبخش دخیل در تحمل به هر یک از تنش ها، می توان از آنها در راستای افزایش تحمل به تنش های مورد نظر و تامین امنیت غذایی با استفاده از راهکارهای مهندسی ژنتیک یا اصلاح مولکولی بهره برد.