سازوکارهای تکاملی زمینه ساز تنوع متابولیت های ثانویه سه گونه براسیکا با استفاده از تحلیل مقایسه ای این سیلیکو ژن های مرتبط

گیاه زراعی Brassica napus به عنوان یک دانه روغنی مهم، پس از هیبریداسیون بین گونه ای اجدادش تحت بازسازی گسترده ژنوم قرار گرفته است. به منظور تبیین ساز و کارهای تکاملی زمینه ساز تنوع متابولیت های ثانویه، تحلیل مقایسه ای این سیلیکو ژن های افتراقی بین سه گونه براسیکا انجام شد. بعد از هم گذاری توالی اولیه EST کتابخانه ها با استفاده از نرم افزار EGassembler، کانتیگ ها به وسیله جستجوگر بلاست X توسط نرم افزار CLC Protein Workbench در مقابل پروتیین های غیر تکراری بانک ژن واکاوی شدند. نرم افزار IDEG6 و آماره Audic-Claverie برای تعیین بیان افتراقی ژن ها استفاده شد. برای شناسایی ارتولوگ ها و پارالوگ ها، از تارنمای Ensembl Plants استفاده شد و هم ردیفی دو به دو برای هر جفت پروتیین توسط CLUSTALW انجام شد. کشف موتیف DNA یک گام اولیه در بسیاری از سیستم ها برای مطالعه عملکرد ژن است، بنابراین وب سایت MEME و وب ابزار STAMP برای کاوش موتیف اتصال به DNA و تعیین شباهت توالی های موتیف پارالوگ ها استفاده شد. نتایج، تفاوت معنی داری را بین 18 ژن درگروه های کارکردی متابولیسم ثانویه و تنظیم رونویسی نشان داد. اکثر ژن های دخیل در تنوع گلوکوزینولات ها در B. napus دارای ژن های ارتولوگ در گونه های اجدادی و آرابیدوپسیس بودند که طی فرایندهای تکاملی واگرا شده اند. درحالی که بیشتر ژن های تنظیم رونویسی شامل MYB28 و bHLH دارای ژن های پارالوگ بودند که در درون گونه B. napus و در نتیجه تکثیر و جهش، به دنبال تغییرات حاصل از آلو پلی پلوییدی تغییر عملکرد یافته اند. ژنوم اجداد B. napus، منابع ارزشمندی برای تحلیل این سیلیکو در درک پیامدهای ژنتیکی پلی پلوییدی، تکامل و اصلاح B. napus فراهم می کند.