سرهم بندی نوپدید ترنسکریپتوم و شناسایی ریز RNAهای محافظت شده Kelussia odoratissima Mozaff.

گیاه دارویی کلوس یا کرفس کوهی (Kelussia odoratissima Mozaff.) منبعی غنی از مواد فعال دارویی با اثرات درمانی است که به صورت انحصاری در رشته کوه های زاگرس مرکزی ایران یافت می شود. با وجود خطر انقراض این گونه گیاهی، اطلاعاتی درباره ژنوم / ترنسکریپتوم و بیوسنتز ترکیبات ارزشمند این گیاه وجود ندارد. در بین مولکول های حیاتی، اگرچه مولکول های microRNA (miRNAs) نقش مهمی در فرآیندهای مختلف زیستی به ویژه در بیوسنتز متابولیت های ثانویه در گیاهان دارویی دارند، در حال حاضر، هیچ گزارشی از وضعیت miRNAها در گیاه کلوس منتشر نشده است. مطالعه حاضر به منظور شناسایی miRNAهای محافظت شده و ژن های هدف آن ها در ترنسکریپتوم برگ کلوس انجام شد. پس از توالی یابی RNA با پلتفرم Illumina HiSeq 2500، خوانش های کوتاه پردازش شده سرهم بندی شدند. در این مطالعه، تعداد 4658 یونی ژن حاوی توالی miRNAهای بالقوه شناسایی شدند. پس از پالایه کردن دقیق، پنج توالی miRNA (miR156-3P، miR408، miR169، miR171 و miR398) از میان توالی های نامزد شناسایی و ژن های هدف آن ها مشخص شدند. نتایج این مطالعه نشان داد که miRNAها در مسیرهای متابولیکی مختلفی از جمله متابولیسم بوتانوات، متابولیسم گلیکوزیلات و دی کربوکسیلات، متابولیسم نشاسته و ساکارز، تثبیت کربن در اندامک های فتوسنتزی، تخریب پراکسی زوم و تخریب اسیدهای چرب درگیر بودند. miR408 با تنظیم ژن های شش مسیر متابولیکی، به عنوان تاثیرگذارترین miRNA محافظت شده در پروفایل بیانی کلوس شناخته شد. به طور کلی، با توجه به نقش تنظیمی miRNAهای شناسایی شده بر روی طیف گسترده ای از شبکه های ژنی و فرآیندهای بیولوژیکی گیاه کلوس در مطالعه حاضر، می توان از این miRNAها به عنوان ژن های نامزد برای بهبود صفات کمی و کیفی این گیاه استفاده کرد.