بررسی توالی ترانس کریپتاز معکوس ویروس ها با استفاده از روش های بیوانفورماتیک

بیوانفورماتیک یک علم بین رشته ای است که از فناوری اطلاعات برای سازماندهی و تجزیه و تحلیل داده-های بیولوژیکی استفاده می کند. این علم به پژوهشگران امکان می دهد که بدون نیاز به انجام آزمایش های زمان بر و پر هزینه، مطالعات مستند و جامعی در مورد مسایل مختلف علوم زیستی انجام دهند. هدف از این مطالعه بررسی و شناسایی توالی های مربوط به (RT) Reverse transcriptase در ویروس ها با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی است. بدین منظور هشت سویه ویروس دارای توالی RT با شماره دسترسی NC_001497.2، NC_001648.1، NC_001839.2، NC_003977.2، AF053008.1، EF428979.1، NC_001802.1 از پایگاه NCBI استخراج گردید. در این مطالعه، خصوصیات ساختاری و عملکردی، دمین ها و موتیف های این پروتیین ها مورد بررسی قرار گرفت. آنالیز ها نشان داد که پروتیین های هشت سویه ویروس، متعلق به خانواده های مختلف، ویژگی های متمایزی را از خود نشان می دهند که آنها را از یکدیگر متمایز می سازد. همچنین مشخص شد این پروتیین ها در غشاء، سیتوپلاسم و پری پلاسم قرار دارند و همه آنها حاوی حداقل یک دمین مربوط به آنزیم ترانس کریپتاز معکوس هستند. بر اساس آنالیز های صورت گرفته Cauliflower mosaic virus، Cassava vein mosaic virus و Soybean chlorotic mottle virus که همگی متعلق به خانواده Caulimoviridae هستند، برای تولید آنزیم RT مناسب می باشند. توانایی این ویروس ها برای سازگاری با میزبان های مختلف گیاهی می تواند به طور بالقوه منجر به توسعه روش های کارآمدتر و مقرون به صرفه تر برای تولید آنزیم RT شود. این سازگاری همچنین می تواند فرصت های جدیدی را برای مهندسی ژنتیک و بیوتکنولوژی ایجاد کرده و امکان ایجاد آنزیم های با کارایی بیشتر را فراهم کند.