شایعه رفتن مدیرمسوول جمهوری اسلامی از این روزنامه تکذیب شد. به گزارش ایلنا، در پی انتشار خبری مبنی بر اینکه مسیح مهاجری از روزنامه جمهوری اسلامی می رود خبرنگار ایلنا طی تماسی با دفتر مسیح مهاجری مطلع شد، خبر برکناری مهاجری از مدیرمسوولی روزنامه جمهوری اسلامی کذب است. گفتنی است انتشار روزنامه جمهوری اسلامی از ابتدای پیروزی انقلاب و تاسیس حزب جمهوری اسلامی به صاحب امتیازی حضرت آیت الله خامنه یی غرهبر معظم انقلاب و مدیرمسوولی میرحسین موسوی آغاز شد که انتشار آن تاکنون و به رغم تعلیق فعالیت های حزب جمهوری اسلامی، به مدیرمسوولی مسیح مهاجری ادامه دارد. وی در دولت های آیت الله هاشمی رفسنجانی و سیدمحمد خاتمی در سمت مشاورت ریاست جمهوری نیز حضور داشت. روزنامه جمهوری اسلامی از ابتدای ریاست جمهوری محمود احمدی نژاد همواره نسبت به وی و دولت نهم انتقادات جدی داشته است، به طوری که هر از چند گاهی مورد عتاب برخی رسانه ها و شخصیت های حامی دولت قرار می گیرد و حتی فاطمه رجبی نیز یک بار طی یادداشتی این روزنامه را «جمهوری اسرائیل» نامید و حملات تندی را به مواضع آن و مدیرمسوولش در قبال دولت که معمولا در سرمقاله ها منعکس می شد، انجام داد.