آذربایجان در میان سیاست های ایران در منطقه قفقاز حائز نقش مرکزی و تعیین کننده است. هرچند ایران و آذربایجان دارای پیوندهای تاریخی، فرهنگی و مذهبی مشترکی هستند، اما روابط تهران و باکو در اغلب موارد زیر تاثیر رابطه استراتژیک آذربایجان با ترکیه و غرب (ایالات متحده آمریکا) و اختلافات دو کشور در زمینه رژیم حقوقی دریای خزر بوده و همین امر مانع گسترش روابط شده است. هویت لائیک نظام سیاسی آذربایجان و گرایش آن به ملی گرایی، به همراه سیاست های خارجی آن نیز در مواردی موجب نگرانی ایران شده است. از دیدگاه ایران، جایگاه مهم غرب در سیاست خارجی آذربایجان، بخصوص روابط باکو با آمریکا و اسرائیل، موجبات تشویش خاطر ایران را فراهم می آورد. همچنین دیدگاه ایران نسبت به مسائل حوزه خزر و خطوط انرژی آن با دیدگاه های آذربایجان متفاوت است.