تعداد مدارس وابسته به حوزه های علمیه به صد مدرسه در کشور رسیده و سهم حوزه های علمیه در مدیریت مدارس کشور رو به افزایش است. از وزارت آموزش و پرورش خبر می رسد، این وزارتخانه در فاز جدید همکاری های مشترک با حوزه های علمیه قصد دارد سازمان مستقلی تحت عنوان «سازمان مدارس وابسته به حوزه های علمیه در آموزش و پرورش» را تاسیس کند. افزایش مشارکت و نقش حوزه های علمیه در آموزش ابتدایی و متوسطه کشور در شرایطی است که پیش از این و در دولت نهم مسوولان وزارت آموزش و پرورش امضا تفاهم نامه ای برای واگذاری مدارس به حوزه های علمیه را به شدت تکذیب کردند اما با آغاز دولت دهم و ورود حاجی بابایی به وزارت آموزش و پرورش این مساله رنگ وبوی جدی تری به خود گرفت.