نوع رابطه دولت با حوزه علمیه قم و نهادهای دینی از اهمیت ویژه در هر برهه ای برخوردار است. بی شک دولت یازدهم از موقعیت مناسبی برای گسترش همکاری و تعامل با حوزه برخوردار است لذا انتظار می رود در این دوره علاوه بر ارتباط مرسوم و متعارف با مراجع، پیوند عمیق تری میان دو نهاد دولت و حوزه شکل بگیرد. به این معنا که هم دولت می تواند به عنوان عالی ترین دستگاه اجرایی، مناسبات خوبی با قم برقرار کند و هم شخص رئیس جمهوری، به صورت فردی قادر است این رابطه را مستحکم سازد. در ارزیابی موقعیت دولت جدید نسبت به حوزه علمیه می توان گفت که روحانی به چهار دلیل به قم دلبستگی کامل دارد:

1- دکتر روحانی، فرزند حوزه علمیه قم است؛ او تا مرحله اجتهاد در حوزه علمیه درس خوانده است.

2- رئیس جمهوری از مدافعان جدی اقتدار قم کنونی است و در این مسیر تلاش شایانی داشته است. دکتر روحانی از کسانی است که در طول نهضت اسلامی فعالیت گسترده داشتند؛در سراسر ایران منبر رفتند و برای پیروزی انقلاب تلاش کردند. باید توجه داشت اگر امروز قم، شکوه و عزتی دارد –که در حد اعلادارد- مرهون تلاش های روحانیون از جمله روحانی است.

3- طی سال های گذشته، به نام «دین» دست به اقدام هایی زدند که لطماتی بر روحانیت و حوزه های علمیه وارد شد. روحانی، اکنون در ترمیم آسیب ها، نقش اساسی دارد. امروز؛ دیگر اغلب علما و مراجع از رئیس دولت ناراحت نیستند، با او و مجموعه دولت، قطع رابطه نکرده اند. در سفرهای پیاپی دولتمردان به قم شاهد هستیم، مراجع عظام تقلید با روی باز از نمایندگان دولت استقبال می کنند. البته این بدان معنا نیست که از پاره ای عملکردها گلایه ای نداشته باشند، ولی به رئیس جمهوری و دولتمردان اعتماد دارند و معتقدند دولت قادر به حل اغلب مشکلات است.

4- روحانی تلاش می کند ارزش های والایی مثل صداقت، پاکی و پاکدستی را به دولت برگرداند. بنابراین دولت او از چهره هایی تشکیل شده که هم با قم و هم با مراجع در ارتباط بوده و هستند. سفر های پی در پی دولتمردان به قم و استقبال بزرگان حوزه از آنان، تاییدی بر این واقعیت و نشانی از آغاز فصل جدید تعامل حوزه و دولت است. مجموع این نکته ها، سبب می شود قم رئیس جمهوری را از خود بداند و او خود را از قم.