سازمان جنگل ها، مراتع و آبخیزداری کشور مرجع مخالفت و موافقت با صدور مجوز برای فعالیت های معدنی نیست. ادارت کل منابع طبیعی استان ها این مسئولیت را به عهده دارند. درباره جزئیات پرونده معدن شاهوار، اطلاعات کافی در اختیار نیست، اما مشخص نیست آیا اداره کل منابع طبیعی سمنان، با فعالیت معدنی در این منطقه موافقت کرده است یا خیر. علاوه براین باید مشخص شود موافقت نامه برای چه مساحتی صادر شده و سازمان صنایع استان در چه سطحی مجوز فعالیت معدن کاوی برای متقاضی این معدن صادر کرده است.

اگر تشکل های زیست محیطی یا افراد دیگری به این پرونده معدنی اعتراض دارند؛ می توان از استان خواست درباره روال صدور مجوز توضیحاتی ارائه کند.

به این ترتیب روال صدور مجوزها بررسی خواهد شد و در صورت بروز تخلف، این مساله کاملا قابل پیگیری است. اگر مجوزی بدون نظر منابع طبیعی صادر شده باشد، برای عرصه معدنی که فعال شده است، برنامه وجود دارد که به چه شکلی مدیریت شود تا خسارات منابع طبیعی به حداقل برسد.

قواعد کلی صدور پروانه به منظور انجام فعالیت معدن کاوی نیز بر اساس ویژگی های هر منطقه است. یعنی در زمان صدور پروانه بهره برداری به ارتفاع از سطح دریای یک معدن توجه نمی شود، بلکه ویژگی منابع طبیعی اعم از آب، خاک، وضعیت کلی توپوگرافی، پوشش گیاهی شامل جنگل و مرتع و سایر شرایط منطقه را کنار هم می گذارند.

در واقع به این شکل توان اکولوژیکی سنجیده شده و در نهایت با توجه به ممنوعیت های قانونی و محدودیت فنی، مجوز معدن را به صورت موافقت یا مخالفت با یک مساحت، مشخص اعلام می کنند.

در منطقه شاهوار اگر درختان ارس وجود داشته است، به دلیل این که این گونه ممنوع القطع است، نباید مجوز فعالیت معدنی صادر شود. اگر مجوزی از سوی اداره منابع طبیعی صادر شده است هم قاعدتا باید جلوی آن گرفته شود. اما اگر مجوزی از ناحیه ما صادر نشده باشد و سازمان صنعت استان، بدون نظر منابع طبیعی مجوزی صادر کرده باشد، این سازمان باید پاسخگو باشد که چرا بدون نظر منابع طبیعی، مجوزی صادر کرده است. اداره منابع طبیعی نیز باید در حد توان با این پدیده برخورد قانونی انجام دهد.