در هر سازوکار سیاسی وجود اختلاف قطعی است و اساسا وجود صرف اختلاف پیرامون موضوعات مختلف به نفع نظام است، چون ابعاد گوناگون هر موضوعی از مناظر مختلف مورد توجه قرار می گیرد اما در عین حال باید به این نکته نیز توجه داشت که باقی ماندن اختلاف مضر است، چون کشور در حالت بی تصمیمی باقی خواهد ماند و اختلاف به یک ضد ارزش تبدیل می شود.

این نکته هم قابل تامل است که وجود سازوکاری برای رفع اختلاف نیز از جنبه های قوی و مثبت هر نظامی است. برابر با قانون اساسی، مجلس شورای اسلامی محلی برای قانونگذاری است و زمانی که قانونی از سوی مجلس مصوب می شود و برای تصمیم گیری به شورای نگهبان می رود حقوقدانان و فقهای محترم این شورا درباره تطابق آن با شرع و قانون تصمیم گیری می کنند.

اگر مصوبه مجلس مورد تائید قرار گرفت، قانون حالت اجرایی پیدا می کند. اما در عین حال ممکن است که مصوبه مورد نظر برابر از نظر اعضای شورای نگهبان مطابق با موازین شرع و قانون تشیخص داده نشود که در آن صورت آن مصوبه به مجلس عودت داده می شود تا در این زمینه دوباره تصمیم گیری شود.

در این مرحله مجلس ممکن است براساس مصلحت اجرایی شدن آن مصوبه را ضروری تشخیص دهد و بر نظر قبلی خود اصرار ورزد. در این مرحله است که مصوبه برای رفع اختلاف میان مجلس و شورای نگهبان به مجمع تشخیص مصلحت ارائه می شود.

بنابراین وجود مجمع تشیخص مصلحت به عنوان نهادی بالا دست برای رفع اختلاف اهمیت بسزایی دارد. طبعا برای رفع اختلاف موجود حضور نهادی با شرکت عناصر مجرب، کارکشته، متخصص و کارشناس الزامی است و اعضای مجمع با توجه به این که تخصص های مختلفی دارند می توانند از جوانب مختلف قضیه را مورد بررسی قرار دهند و در نهایت تصمیم می گیرند که یا به نظر شورای نگهبان یا به مصلحت سنجی مجلس صحه بگذارند.

با توجه به اهمیت زیاد مجمع تشخیص مصلحت نظام باید به این نکته اشاره کرد که حضور این نهاد تاثیر بسیار مهمی در رفع اختلافات میان نهادهای تصمیم گیر و تصمیم ساز نظام جمهوری اسلامی ایران دارد و سرعت عمل این نهاد باعث می شود اختلافات موجود در بین دستگاه ها هر چه سریع تر رفع شود.