یکی از چالش های مهم سیاست های تجاری کشور، عدم نگاه راهبردی و بلند مدت به سیاستگذاری های کلان تجاری و نیز فقدان فرآیند مدون و دقیق برای تدوین سیاست های تجاری کشور است، این روند نهایتا منجر به عدم انسجام نهادی و نبود متولی واحد سیاستگذاری و اجرایی در این حوزه شده است.

 در حال حاضر علاوه بر سازمان توسعه تجارت که نهاد اصلی سیاستگذار در حوزه تجارت خارجی است، ستادهاو شوراهای متعددی نظیر شورای عالی صادرات، دستگاه های متولی کمیسیون های مشترک، شورای اقتصاد، ستاد هماهنگی روابط اقتصادی خارجی و... نیز در تصمیم گیری و مدیریت بخش سیاست های تجاری کشور سهیم هستند.