مدیریت دانشگاه امام صادق(ع) از نگاه برخی، نوعی مدیریت خانوادگی بوده و این عده معتقدند ایجاد تغییرات همه جانبه در این مدیریت، به پویایی و بالندگی دانشگاه کمک می کند. دکتر مهدیه مهدوی کنی در پاسخ به این انتقاد می گوید: واقعیت این است که یک هیات امنای دانشگاه را اداره می کند که مسوولان شاخص کشور که از سوی رهبری منصوب هستند، در آن حضور دارند. البته از اعضای خانواده ما هم در هیات هستند. رئیس دانشگاه نیز توسط همین هیات امنا تعیین می شود. سال گذشته هیات امنا حجت الاسلام آقای دکتر سعدی که هیج نسبت خانوادگی با ما ندارند را پس از پایان دوره ریاست برادرم به ریاست دانشگاه منصوب کرد. البته بدیهی است به دلیل