در دوران مدیریت منوچهر اقبال بر شرکت نفت سال 1344 اتفاقاتی در معاملات نفتی افتاد که اعضای کنسرسیوم را عصبانی کرد. در این زمان، آلمان غربی برای اولین بار در امور نفتی ایران قرارداد مشارکت بست و پس از آن، فروش نفت به آرژانتین و رومانی نیز عملی شد و از همه مهم تر حضور فعال شوروی در ایران با انعقاد قرارداد ساخت ذوب آهن و انتقال نفت گاز و گاز به آن کشور، کنسرسیوم را به واکنش واداشت.

امیرعباس هویدا که با کنسرسیوم از گذشته های دور، آشنایی و رابطه داشت، وارد عمل شد و تلاش کرد تا منوچهر اقبال را از شرکت نفت برکنار کند.این موضوع در کلام پرویز گرجی، سردبیر مجله تهران مصور به شرح زیر، تبیین شده است:«چون در جریان گران شدن قیمت بنزین و نفت در زمان نخست وزیری مرحوم منصور که آقای هویدا وزیر دارایی او بود، دکتر اقبال با این عمل آنها شدیدا مخالف بود و همین مخالفت ها موجب تحریک افکار عمومی علیه منصور و بالاخره مرگ او شد. اکنون هم هویدا در پشت پرده مذاکرات نفت، بین نمایندگان کنسرسیوم و دکتر اقبال در افزایش میزان تولید و بالارفتن درآمد ایران، به طور موذیانه، اخلال و کارشکنی می کند و در اثر دوستی و ارتباط چند ساله که با اعضای کنسرسیوم داشته، می خواهد به دست آنها، موجبات شکست دکتر اقبال را در مذاکرات نفت فراهم سازد... با مطالعات دقیقی که ما کردیم به این نتیجه رسیده ایم که هویدا در پشت پرده، یکی از بازیگران مهم نفت به شمار می رود و نقش حساس و مهمی در پشت پرده، از طرف کارتل های بزرگ نفتی جهان بر عهده او واگذار شده است.»

اقتدار شاه از نوع اقتدار جبری (Coercive Authority) بود. شاه دارای یک صدراعظم و تعدادی وزیر بود. ایالات هریک توسط یک حکمران و حدود 300 ابواب جمعی او اداره می شد (محیط طباطبایی: 1350، 241222). از زمان محمدشاه به بعد مناصب دولتی به فروش گذاشته می شد و حکمرانان منصب خویش را از شاه می خریدند. برای تصاحب یک ایالت پرداخت هایی به صدراعظم و وزرا نیز صورت می گرفت. پس از استقرار در ایالت، مردم بودند که از طریق پرداخت باج و خراج پرداخت های حکمرانان را جبران می کردند (محیط طباطبایی: 1350، 241222).

به قول سیدجمال در نامه ای که برای ملکه ویکتوریا می نویسد هیچ قانونی شاه و درباریان را محدود نمی کرد و آنان هرگونه که می خواستند با رعایا رفتار می کردند (محیط طباطبایی: 1350، 241216). مردم برای دریافت هر نوع خدمتی از جانب حکومت مبلغی پرداخت می کردند. تنها سربازان بودند که حقوق می گرفتند. پرداخت به آنان نیز کم بود و اغلب با تاخیر انجام می گرفت. آنان هم هر کجا دستشان می رسید از مردم مبالغی دریافت می کردند (محیط طباطبایی: 1350، 241222). ناصرالدین شاه در سال 1313 ه.ق (1275 ه.ش) توسط میرزا رضای کرمانی به قتل رسید. میرزا رضای کرمانی به عنوان خدمتگزار، با پاسپورت شیخ ابوالقاسم برادر شیخ احمد روحی داماد صبح ازل جانشین علی محمد باب و رهبر گروهی از بابیان از ترکیه وارد ایران شده بود (کرمانی: 1362، 14). با توجه به سابقه سوء قصد قبلی بابیان به جان ناصرالدین شاه، دامادان صبح ازل (میرزا آقاخان کرمانی و شیخ احمد روحی) و خبیرالملک از ترکیه به ایران آورده شده در تبریز به قتل رسیدند. در 18 خرداد 1313 ه.ق مظفرالدین شاه وارد پایتخت شد و با گرفتن یک وام از بانک شاهنشاهی که هزینه تاج گذاری او را تامین کرد به تخت نشست (امین الدوله: 1354، 222). حکومت به علت ولخرجی های ناصرالدین شاه و سوءمدیریت نخست وزیرش، امین السلطان، از ضعف مالی رنج می برد.

به عقیده آلگار این ضعف مالی ریشه اصلی ناآرامی ها در دوره مظفرالدین شاه بود (222 ,.1980 imp:Algar). سیاست شاه و دولت دریافت وام از دیگر کشورها برای برطرف کردن این ضعف بود. در مقابل این وام ها واگذاری درآمد گمرکات کشور و امتیاز هایی نظیر جاده جلفا- تبریز- قزوین- تهران (تیموری: 1363، 386)، کشور را بیش از پیش در اختیار بیگانگان قرار می داد. در سال 1318 ه.ق (1279 ه.ش) مبلغ 5/ 22 میلیون روبل از طرف روسیه به حکومت ایران وام داده شد که بهره اش 5 درصد بود و می بایست درمدت 75 سال بازپرداخت شود. این وام صرف پرداخت مبلغ500 هزار پوند غرامت لغو قرارداد توتون و تنباکو به بانک شاهنشاهی شد و بقیه پول صرف سفر شاه و همراهانش به اروپا شد (کسروی: 1357، 2524). دومین وام به مبلغ 10 میلیون روبل از روسیه به تامین هزینه دومین سفر شاه و همراهانش در تابستان سال 1320 ه.ق (1281 ه.ش) به اروپا اختصاص یافت. به این ترتیب نفوذ روسیه بر دولت رو به افزایش بود.

دولت انگلستان هم به رقابت با روسیه در تلاش بود امتیازاتی بگیرد و از نظر نفوذ بر دربار از روسیه عقب نیفتد. نهضت تنباکو نشان داد که پرقدرت ترین مخالف حکومت روحانیت است. از این رو بعد از آن دولت سعی کرد علما را در تصمیم گیری های سیاسی بیش از پیش مداخله دهد. روحانیون نیز کاملا با درگیر شدن در امور سیاسی موافق بودند. گرچه از نظر آلگار «برتری که علما در اعتراض به قرارداد تنباکو به دست آوردند به سرعت و در یک حرکت جدی برای تضعیف سلسله قاجار به کار گرفته نشد بلکه به نظر می رسد حتی نوعی همکاری بین علما و دولت به وجود آمد» (221 ,.1980 imp:Algar). با توجه به بی ثباتی نظام سیاسی، مظفرالدین شاه مجبور شد در طول مدت 7 سال 5 مرتبه نخست وزیران خویش را تعویض کند. در اولین سال سلطنت مظفرالدین شاه در 1313 ه.ق (3 آذر 1275) عبدالحسین فرمانفرما به جای امین السلطان نخست وزیر شد (امین الدوله: 1354، 228). این نخست وزیر سیاست های نخست وزیر قبلی را ادامه داد. جلسات هیات دولت با حضور نمایندگان علما تشکیل می شد. گر چه حداکثر نظراتشان در مورد عزل و نصب حکمرانان ایالات و دیگر کارکنان به کار گرفته می شد (امین الدوله: 1354، 228).

فرمانفرما بیش از یک سال دوام نیاورد. در اواخر سال 1276 (رجب 1314) امین الدوله به نخست وزیری منصوب شد (کسروی: 1357، 124). او با مداخله علما در امور سیاسی مخالف بود و برای کوتاه کردن دست آنان از امور آموزشی انجمن معارف را تشکیل داد. با تشویق او مدرسه ابتدایی رشدیه در تهران تاسیس شد (کسروی: 1357 ,124 ,224.1980 imp:Algar). امین الدوله انتشار روزنامه ها را نیز تشویق کرد و در زمان او تعداد آنها افزایش یافت. همچنین او تلاش بسیار برای اصلاح بودجه حکومت به خرج داد. در این مورد مقرری محدودی برای شاه و دیگر اعضای دربار تعیین کرد (کرمانی: 1362، 126124). استخدام سه نفر بلژیکی که در راس آنان نوز قرار داشت درسال 1316 ه.ق (1277 ه.ش) توسط او انجام گرفت. امین الدوله نوز را برای نوسازی گمرکات کشور به عنوان رئیس آنجا منصوب کرد. عوارض جدید گمرکی وضع شد. به علت فشارهای امین السلطان، نخست وزیر اسبق، بسیاری از درباریان و علما، او در 15 محرم 1316 ه.ق استعفا داد و امین السلطان به جای او منصوب شد (امین الدوله: 1354، 273).