در ذی الحجه 1216 ه .ق که اوایل حکومت فتحعلی شاه محسوب می‏شود، فرقه انحرافی وهابی در حمله ‏ای وحشیانه به عتبات عالیات در عراق، قتل و غارت وسیعی انجام دادند و به ویژه به حرم مطهر امام حسین(ع) و حضرت علی(ع) صدمه فراوان رسید و بسیاری از مجاوران و زائران آن اماکن مقدس کشته شدند. وقتی این خبر هولناک به دربار ایران رسید، فتحعلی شاه به عنوان حاکم شیعه مذهب که علایق مذهبی شدیدی هم از خود نشان می‏داد، اسماعیل بیگ بیات را به نزد سلیمان پاشا، والی بغداد فرستاد و از وی تنبیه وهابیان را خواستار شد. شاه قاجار حیدرخان شیرازی را در 1235 ق. به سفارت مصر اعزام نمود و طی نامه ای از محمدعلی پاشا والی آنجا خواستار تنبیه وهابیان شد و در آن تهدید کرده بود که اگر به خواسته‏ اش ترتیب اثر داده نشود، خود اقدام می‏کند.

فتحعلی شاه برای تعمیر و بازسازی مرقدهای شریف عراق اقداماتی انجام داد. از جمله بعد از خرابی وهابی ها دستور داد طلاهایی که عمویش آقامحمدخان وقف کرده بود، برای طلاکاری حرم امام حسین(ع) روانه کربلا شود. این کار توسط محمدعلی خان رئیس دیوان به همراهی 2000 نفر از بلوچ ها انجام شد. این گروه وقتی به کربلا رسیدند، آن شهر را فاقد حصار و دیوار دفاعی یافتند که در مقابل تهاجم دشمنان بی‏حفاظ می نمود. در نتیجه با همکاری سیدعلی طباطبایی، صاحب ریاض حصاری بر دور شهر کشیدند. در این حصار که به همت کارگران و معماران بلوچ ساخته شد، شش دروازه تعبیه شده بود.

علاوه بر این به دستور فتحعلی شاه صندوق حرم مطهر امام حسین(ع) که در حمله وهابی ‏ها صدمه دیده بود، تعمیر شد و ایوان روضه مقدسه در سال 1232ق. به دستور یکی از همسران شاه طلاکاری شد. در همین سال طلاهای گنبد امام حسین(ع) که به علت عدم کیفیت جلای خود را از دست داده بود، به دستور فتحعلی شاه با طلاهای مرغوب از خزانه شاهی تعویض شد و با طلاهای قبلی، مراقد شریف کاظمین تذهیب شد.

ارادت فتحعلی شاه به فرزندانش نیز منتقل شده است. ام سلمه دختر فتحعلی شاه که به «گلین خانم» نیز شهرت دارد، دعای پرفضیلت صباح امیرالمومنین علی (ع) را به خط نسخ خفی و شیوه رنگه نویسی در سال 1255 قمری کتابت کرده است. این اثر هم اکنون در موزه ملی ملک نگهداری می شود.