مهاجرانی پس از استعفا، رئیس مرکز گفت وگوی تمدن ها شد. مرداد سال 1383 بود که در رسانه ها، خبر دستگیری مهاجرانی به دلیل شکایت زنی که ادعای همسری مهاجرانی را می کرد منتشر شد! او به خاطر عدم پرداخت نفقه حدود یک میلیارد تومانی، بازداشت گردید. او با گذاشتن وثیقه از زندان آزاد و از کشور خارج شد. بعدا مشخص شد وی با چندین زن دیگر غیر از همسرش، جمیله کدیور (از روشنفکران هم جهت خود) ازدواج کرده است! نزدیک زمان انتخابات دوره دهم ریاست جمهوری بود که او در خارج از کشور مجددا به عنوان یکی از حامیان میرحسین موسوی، ظاهر می شود. او در گروهی پنج نفره با محسن کدیور،