سال 1536 میلادی در چنین روزی از ماه ژوئن بود که اسپانیایی ها زیر نام کلیسای کاتولیک، شعبه ای از دادگاه تفتیش عقاید را در مکزیک برپا کردند. در باور آنان حراست از آموزه های رسمی کلیسا و دفاع از راست دینی، محدودیت جغرافیایی نمی شناخت و بدعت گذاران و مشرکان و مرتدان، هر جا که بودند باید شناسایی و -به زور شکنجه و زندان- مجبور به توبه و اصلاح می شدند. ماموران این دادگاه زیر سایه کلیسا، به خودشان اجازه می دادند در شخصی ترین و خصوصی ترین امور زندگی مردم عادی دست درازی کنند و نه فقط سخنانی را که مردم به زبان می آوردند که افکاری را که در ذهن و باوری را که در قلب داشتند به پرسش بکشند. دبورا بکراش در کتاب «تفتیش عقاید» می نویسد؛ تفتیش عقاید «صرفا نوعی بازجویی، نوعی دادگاه یا اتاق شکنجه نبود، هر چند غالبا تمام این عناصر را در خود داشت. تفتیش عقاید، به بیان دقیق تر عبارت بود از هیات های داوری بسیار مجهز که کلیسای کاتولیک می کوشید از طریق آنها به یکپارچگی اندیشه و عمل دینی دست یابد و آن را حفظ کند. برای این منظور، کلیسا به کارگزاران خود که ماموران تفتیش عقاید نامیده می شدند، اختیار داد که کسانی را که ممکن بود اعتقادات یا اعمال شان مغایر آموزه های کلیسا باشد، بیابند.» این بساط را ابتدا در اروپا، در قلمرو شاهان کاتولیک پهن کردند و بعد به هر کجا که دست شان رسید-مثل همین مکزیک- گسترش دادند. هر جا نشانه ای از دگراندیشی یا حضور فرقه های دیگر مذهبی دیده یا گزارش می شد، ماموران دادگاه تفتیش عقاید نیز آنجا بودند. بعد هم در تبانی با مردان قدرت، آن را از مسائل دینی و مذهبی فراتر بردند و همه مخالفان سیاسی و چهره های محبوب و مردمی مثل ژاندارک را که می توانست چالشی برای اعمال قدرت شان باشد، با انگ و افترا به چنین محاکمی کشاندند. درست است که تعصب دینی به اروپا و به قرون وسطی محدود نمی شود و عمری به درازی تاریخ بشر دارد، اما این اروپایی های کاتولیک بودند که نظامی چنین گسترده برای اعمال تعصب ایجاد کردند و تا چند قرن سرپا نگهش داشتند. استدلال اولیه کلیسای کاتولیک در تاسیس این نظام، دفاع از صلح و ثبات در میان مسیحیان بود. «در قرن دوازدهم اعتقاد عمومی بر این بود که تنها یکپارچگی در امور دینی می تواند صلح و امنیت را در جامعه اروپایی تضمین کند.

از این رو کلیسای کاتولیک دستگاه تفتیش عقاید را برپا کرد تا از آن به عنوان سلاحی برای مقابله با تهدیدهای فرضی نسبت به قدرت معنوی اش استفاده کند. پاپ ها متوجه این نکته نیز بودند که شک کردن در آموزه های کاتولیکی، قدرت سیاسی چشمگیر کلیسا را زایل خواهد کرد. به هر قیمتی که شده باید تهدیدهایی که متوجه قدرت سیاسی و معنوی کلیسا بود حذف یا خنثی می شد.»

هدفی هم که برای دستگاه تفتیش عقاید تعریف کرده بودند، دفاع از آموزه های سنتی درباره مسائلی مثل ایمان و اخلاق بود و «در اصل، دستگاه تفتیش عقاید می بایست وظیفه خود را از طریق اقناع فکری انجام می داد. اما سرانجام، رهبران دستگاه تفتیش عقاید برای ترساندن کسانی که گمان می کردند از آموزه های رسمی کاتولیک منحرف شده اند، به مجازات های شدید، حتی اعدام از طریق سوزاندن متوسل شدند.» داستان ژاندارک و فرجامی که برای او رقم خورد و نیز محاکمه گالیله که بحثی علمی درباره رابطه زمین و خورشید را پیش کشیده بود و بعد مجبور به عقب نشینی از آن شد، جزو مشهور ترین ماجراهای تاریخ دادگاه های تفتیش عقاید هستند. همچنین شاهکار کارلو گینزبرگ که «پنیر و کرم ها» نام دارد و به همین نام هم به فارسی ترجمه شده است، روایتی جالب و تاثیرگذار از شیوه های شناسایی مظنونان و چگونگی بازجویی و مجازات در این دادگاه ها ارایه می دهد. در بخشی از این کتاب می خوانیم؛ «رخت هایش را کندند و همان گونه که مقررات دادگاه تفتیش عقاید معین کرده بود، بدنش را وارسی کردند تا مشخص کنند آیا شکنجه را تاب می آورد یا نه.» شخصیت محوری کتاب -که آسیابانی قرن شانزدهمی است- شکنجه را تاب آورد، اما مجرم شناخته و به اعدام میان شعله های آتش محکوم شد.