در ساعت 13 روز 11 خردادماه 1349 ماموران ساواک به منزل سعیدی یورش بردند و ضمن دستگیری او منزل را نیز مورد بازرسی قرار دادند، لکن چیزی که بتوان از آن به عنوان سند علیه او بهره برداری کرد به دست نیاوردند و آن عالم ربانی را به اتهام پوچ و بی اساس «اقدام بر ضد امنیت داخلی مملکت»! روانه بازداشتگاه قزل قلعه کردند.

رژیم شاه بر آن بود به مجاهدان راه خدا و علمای متعهد اسلام ضرب شستی نشان دهد تا دیگر جرات اعلام پشتیبانی از مرجعیت امام را به خود ندهند و نیز خود را از خطر مبارزات پیگیر و خستگی ناپذیر سعیدی آسوده سازد، لذا طرح قتل آن عزیز مجاهد و نستوه را به مرحله اجرا درآورد و قلبی را که به عشق اسلام، امام و امت می تپید، در شام جانکاه 21 خردادماه 49 برای همیشه از کار انداخت.

در شب پنجشنبه 21 خردادماه 49 (6 ربیع الثانی 1390) برق زندان قز ل قلعه یک بار قطع شد و زندان در تاریکی فرو رفت. پس از لحظه ای چند نفر شتابان وارد سلول سعیدی شدند و فریادی از داخل سلول به گوش رسید و آن گاه سکوتی مرموز در آن محیط پرتو افکند.

زندانیانی که کنار سلول مرحوم سعیدی بودند، نتوانستند بفهمند چه جریانی روی داده است و آن چند نفر چه کسانی بودند؟ در سلول سعیدی چکار داشتند و چه کردند؟ فریادی که در سلول طنین افکند از چه کسی بود؟ دیری نپایید که برق زندان روشن شد. زندانیانی که حس کنجکاوی شان تحریک شده بود، به سلول مرحوم سعیدی سرک کشیدند و با منظره وحشتناک و فاجعه باری روبه رو شدند. سعیدی با وضعی غیرعادی در گوشه سلول افتاده بود و عمامه به دور گردن او محکم حلقه شده بود! با سروصدا و دادوفریاد زندانی ها، ماموران نگهبانی سر رسیدند و در سلول او را باز کردند و وی را بیرون آوردند و عمامه را از گردنش برداشتند، اما دیگر دیر شده بود. سعیدی، رادمردی که یک لحظه از افشاگری و روشنگری علیه شاه دم فرو نمی بست، به دست دژخیمان شاه به شهادت رسیده و روح او به ملکوت اعلی پرواز کرده بود.

بنا به گفته بعضی از زندانیان سیاسی بازداشتگاه قزل قلعه که کنار سلول شهید سعیدی بودند، چند ساعت پیش از آنکه وی را به آن صورت فجیع به شهادت برسانند، او را به بازجویی بردند و دیری نپاییده است که به سلول بازگردانده اند. گویا در بازجویی وادارش کردند وصیتنامه خود را بنویسد تا چنین وانمود کنند چون نیت خودکشی در سر داشته، وصیتنامه خود را تنظیم کرده است! و شاید آن شهید از شیوه برخورد آنان دریافته است که قصد از بین بردن او را دارند و از این رو شخصا به نوشتن وصیتنامه مبادرت کرده باشد و ممکن است در ساعت 3 بعدازظهر آن روز که او را برای بازجویی برده اند، دادگاه نمایشی و فرمایشی تشکیل داده، او را رسما به اعدام محکوم کرده باشند و به همین دلیل آن شهید اقدام به نوشتن وصیتنامه خود کرده است.