رشد سریع اقتصادی در دهه 1340 که از آن به «انقلاب صنعتی کوچک» یاد می شود و برخی پیامدهای اجتماعی آن نظیر گسترش حاشیه نشینی، نمودیافتن نابرابری های اقتصادی و اجتماعی و... موجب شد تا در نیمه دوم دهه 1340 و در دوران اجرای برنامه چهارم عمرانی (1346-1351) به تدریج توجه به عوامل غیراقتصادی توسعه در بین کارشناسان و صاحب نظران سازمان برنامه و بودجه شکل بگیرد. تحولات نفتی اوایل دهه 1350 نیز این رویکرد را تقویت کرد. حضور جامعه شناسانی نظیر شاپور راسخ، احمد اشرف و سیروس آرین پور در کنار اقتصاددانانی نظیر الکساندر مژلومیان و بهمن آبادیان در مدیریت های عالی سازمان برنامه و بودجه در آن سال ها نیز توجه به ابعاد اجتماعی را در سازمان برنامه و بودجه وقت برجسته کرده بود. این سازمان به دلیل نقشی که در نظام بخشی به سازوکار توزیع و تخصیص منابع و امکانات و تولید کالاهای عمومی و حاکمیتی داشت، در تعامل با نهادهای بین المللی تاسیس یک اتاق فکر توسعه ای را مدنظر قرار داد. از سال 1352 در «مرکز آموزش و پژوهش در برنامه ریزی منطقه ای» وابسته به سازمان مطالعاتی برای تاسیس «موسسه برنامه ریزی ایران» به عنوان نهادی برای طراحی استراتژی ملی بلندمدت، توسط کارشناسان داخلی و بین المللی انجام شد. این موسسه در ابتدا بنا بود در راستای همکاری های مشترک سازمان برنامه و بودجه با سازمان ملل متحد در حوزه های عمرانی و توسعه تاسیس شود. از این رو، در فاصله سال های 1352 تا 1354 کارگروه های مشترکی برای تاسیس موسسه ایجاد شد و در این فاصله سه اساسنامه طراحی شد. رویه غالب این بود که متن اولیه اساسنامه از سوی مشاوران یا نهاد وابسته به سازمان ملل تدوین می شد و سپس مورد نقد و بررسی قرار می گرفت. گزارش هری ریچاردسون (آپریل 1974)، گزارش هیئت گوردون (اکتبر 1974) و گزارش هیئت وان هوک (مارچ 1975) سه گزارش اصلی برای طراحی موسسه ای در این راستا بودند. «مرکز عمران بین المللی ایران»، «موسسه ملی توسعه» و «موسسه برنامه ریزی ایران» عنوان های متفاوتی است که در این گزارش ها برای این نهاد وابسته به سازمان برنامه و بودجه پیشنهاد شده بود. هر سه این گزارش ها سه ماموریت اصلی را برای این نهاد پیش بینی کرده اند: 1. آموزشی، 2. پژوهشی و 3. رایزنی. ساختار موسسه نیز متناسب با این ماموریت ها طراحی شده بود. برخی برنامه ها و عملیاتی که ذیل این ماموریت ها تعریف شده، عبارت بود از:

- آموزش تخصصی و حرفه ای کوتاه مدت و در مرحله اول در زمینه برنامه ریزی منطقه ای

- ارائه خدمات رایزنی برای سازمان برنامه و بودجه و سایر وزارتخانه ها

- اقدام به پژوهش در زمینه برنامه ریزی

- مبادله افکار و نظرات بین استادان دانشگاه ها، اعضای موسسه، برنامه ریزان سازمان برنامه و بودجه و استان ها و مقامات سایر وزارتخانه ها از طریق سمینار و سایر فعالیت ها

- ارائه تسهیلات جهت استفاده از خدمات کارشناسان غیرایرانی که برای کمک به امور برنامه ریزی به ایران اعزام می شوند.

- سازمان دادن کنفرانس های باز در مورد مسائل و مطالب مربوط به برنامه ریزی

- کمک به جمع آوری اطلاعات آماری به منظور برنامه ریزی و ارزیابی اطلاعات جمع آوری شده و احتمالا جمع آوری بعضی از اطلاعات به طور مستقل

- ایجاد هماهنگی بین فعالیت های مربوط به کمک های فنی خارجی در قلمرو برنامه ریزی

- تهیه جزوات و گزارش های پژوهشی به منظور توزیع در سراسر ایران جهت افزایش آگاهی برنامه ریزان درخصوص تکنیک ها و متدلوژی های جدید و بهبود نوشته های مربوط به برنامه ریزی به زبان فارسی

- گذراندن فرصت مطالعاتی برنامه ریزان استان ها در این مرکز در راستای افزایش دانش تخصصی

- اداره برنامه بورس های اعطایی به برنامه ریزان ایرانی و اعزام آنها به بهترین و مناسب ترین موسسات خارج از کشور

- سازمان دادن مسافرت های مطالعاتی برای برنامه ریزان به خصوص برنامه ریزان استان ها

- اعزام اعضای برجسته موسسه به عنوان نماینده ایران در کنفرانس های علمی و تخصصی خارج از کشور

- کمک به پیشرفت و بهبود آموزش برای برنامه ریزی در موسسات عالی آموزشی ایران.

در این نقد و بررسی ها برخی هم پیشنهاد تاسیس «مرکز عمران بین المللی ایران» را داشتند و چنین مرکزی را برای تسریع در تمرکززدایی اداری و کوشش های جدی تر برای برنامه ریزی منطقه ای، جبران ضعف سازمان های غیرمرکزی برای برعهده گرفتن مسئولیت، تقویت سازمان های منطقه ای و تامین بودجه از طریق مرکز عمران بین المللی ایران ضروری می دانستند. در نهایت، ویرایش دوم گزارش هیئت تحت راهبری وان هوک که پیشنهاد تاسیس «موسسه ملی توسعه» را داشت، در جلسه ای با حضور محمدباقر نمازی (معاون سازمان برنامه و بودجه)، فیروز توفیق (معاون سازمان و رئیس مرکز آمار و رئیس پیشین مرکز آموزش و پژوهش در برنامه ریزی منطقه ای)، امیرپرویز خزیمه علم (سرپرست مرکز آموزش و پژوهش در برنامه ریزی منطقه ای)، فیروز وکیل (رئیس دفتر برنامه سنجی سازمان)، احمد اشرف (رئیس دفتر برنامه ریزی اجتماعی سازمان) و فریدون مبشری (از مهندسین مشاور یکم) مورد تحلیل، بررسی و اصلاح قرار گرفت و «موسسه برنامه ریزی ایران» بنا بر مجوز شورای گسترش آموزش عالی در شهریور 1354 تاسیس شد و امیرپرویز خزیمه علم به عنوان اولین رئیس موسسه تعیین شد. الکساندر مژلومیان، مجید تهرانیان، سیروس آرین پور، احمد اشرف، محمد فاضل، محمدسعید نوری نایینی، حسین عظیمی، ناصر پاکدامن، فیروز توفیق، محمد طلایی و بهمن آبادیان ازجمله کارشناسان و پژوهشگرانی هستند که در آن دوره با موسسه برنامه ریزی ایران همکاری داشته اند یا در استخدام این موسسه بوده اند. موسسه تا سال 1358 فعالیت می کند، اما به تدریج رو به انحلال می رود. درباره انحلال موسسه دو روایت وجود دارد. روایت اول، انحلال موسسه را به انقلاب فرهنگی در سال 1359 نسبت می دهد. اما در روایت دیگر، در سال 1358 به استناد تبصره 18 قانون بودجه مبنی بر اجازه دولت به هر نوع حذف، ادغام و تبدیل شکل حقوقی در دستگاه های اجرائی، اعم از مرکزی و محلی، تجدیدنظر در ساختار موسسه برنامه ریزی ایران و ادغام آن در سازمان برنامه و بودجه به بحث گذاشته می شود. در این راستا، کمیسیونی در نخست وزیری ایجاد می شود با عنوان «کمیسیون مامور رسیدگی به تبصره 18». طبق نامه ای که سیروس آرین پور (از مدیران موسسه) در آبان 1358 خطاب به عزت الله سحابی (وزیر مشاور و رئیس سازمان برنامه و بودجه) نوشته است، کمیسیون مذکور با ذکر دو دلیل در نهایت به این تصمیم رسیده است که «موسسه باید در سازمان برنامه و بودجه ادغام و از هزینه های زائد اداری و معطل نگه داشتن یک ساختمان بزرگ جلوگیری شود». این دو دلیل عبارت اند از:

- وظایف موسسه مزبور جملگی دومرتبه کاری با وظایف سازمان برنامه و بودجه است.

- اصولا این موسسه برای اجرای چند طرح مطالعاتی مشترک دولت ایران با سازمان ملل متحد تشکیل شده بود که طرح های مذکور پس از انقلاب غیرضرور تشخیص داده شده و از بودجه کل کشور حذف شده است.

آرین پور در این نامه که به نظر می رسد به درخواست رئیس سازمان برای اقناع کمیسیون مذکور برای جلوگیری از انحلال موسسه نوشته شده است، با نقد این دلایل توضیح می دهد که وجه اساسی ادامه فعالیت موسسه، همانا «مصلحت ملی و نیاز نظام برنامه ای مملکت به بازویی است که بتواند وظایف و خدمات معینی را ارائه و به انجام برساند که به تصور ما موسسه با تغییری جزئی در برخی از وظایف و تاکیدی بیشتر بر پاره ای از جنبه های وجودی خود، من جمله وظیفه آموزش موسسه، به انجام چنین رسالت و وظیفه ای قادر خواهد بود». بخشی از توضیحات آرین پور در رد این دلایل چنین است:

- دوباره کاری در زمینه های پژوهشی و تحقیقی نه تنها نادرست نیست؛ بلکه یکی از راه های استفاده درست از همه ظرفیت های تفکر و تحقیق و پژوهش در زمینه های مختلف است. نمونه های بسیاری از این به اصطلاح «دومرتبه کاری ها» در کشورهایی که اصل تحقیق و پژوهش را به عنوان یک ضرورت مبرم پذیرفته اند، در زمینه های جامعه شناسی، فیزیک، پزشکی، اقتصاد و... دیده می شود.

- دولت ایران با سازمان ملل در چارچوب ضوابطی طرح های مطالعاتی مشترکی داشته است که پس از انقلاب همه آنها متوقف شده اند؛ اما اینکه موسسه برای اجرای این طرح های مشترک تشکیل شده است، سخن نادرستی است. موسسه برنامه ریزی با هدف های مستقل و بر طبق اساسنامه نخستین خود برای ایفای نقش معینی در نظام برنامه ریزی ایران عمدتا با هدف ارتقای سطح بینش و دانش برنامه ریزی ایجاد شده است و چشم پوشی از عملکرد موسسه برای کشور و اقتصاد ایران زیان های بزرگی در بر دارد.

- نقش موسسه و کار آن در طرح های مشترک با سازمان ملل همان قدر است که بعضی دیگر از ارگان های سازمان برنامه و بودجه و دیگر سازمان های کشور مانند وزارت کشاورزی، وزارت کار و امور اجتماعی، وزارت صنایع و... انجام داده اند. به چنین دلیلی نمی توان و نباید بر علت وجود موسسه یا دفتر یا سازمانی خط حذف کشید.

- هزینه های مربوط به محل کار و فعالیت سازمان ها و موسسات تنها درباره نتایج حاصله از فعالیت آن سازمان و موسسه یا انتظاراتی که از آن می رود، قابل طرح و بررسی است.

- نظام و تشکیلات دولتی در ایران در سال های اخیر با بحرانی بزرگ سروکار داشته که یکی از مهم ترین وجوه آن «خونریزی فنی و تخصصی» این نظام بوده است؛ یعنی که نظام دولت در سال های اخیر بهترین و زبده ترین و تواناترین عوامل فنی و تخصصی خود را از دست داده است. این خونریزی مداوم به ضعف عمومی و پایین افتادن توان و قابلیت تخصصی و فنی نظام تشکیلاتی دولت انجامیده است.

- فعالیت های دولت در اقتصاد ایران در 30 سال گذشته [منتهی به سال 1358] نزدیک به 500 برابر شده است...

اما با وجود افزایش حجم فعالیت ها و سرمایه گذاری های دولت و پیچیدگی و تنوع کارها و فعالیت ها توانایی و کیفیت کادرهای علمی و فنی و تخصصی دولت از جمله در زمینه برنامه ریزی در جهت عکس ضرورت سیر کرده و رو به ضعف و نارسایی داشته است... . دولت جمهوری اسلامی باید به این حقیقت واقف باشد که هرگونه ارتقای سطح بینش و دانش برنامه ریزی و از این طریق پایین آوردن ضریب خطای برنامه ریزان از نظر مصالح عمومی و ملی حائز چه اهمیتی است.

- هرگونه کوششی در زمینه ارتقای کیفیت کار و دقت در محاسبات از نظر «اقتصاد مسئله» نیز توجیه پذیر است. توجه به «علت وجودی» موسسه ادغام یا انحلال آن را سست و ناموجه جلوه می دهد.

- باید به این حقیقت تلخ اشاره کرد که با وجود 30 سال تجربه عملی برنامه ریزی در ایران نظام آکادمیک و دیگر مراجع آموزشی و پژوهشی در کشور ما از این نظر دچار یک فقر ریشه ای علمی هستند. مجموعه ادبیات برنامه ریزی ایران هنوز از رقم 30 الی 40 متن قدیمی و از اعتبار ساقط شده تجاوز نمی کند. علاوه بر این کادرهای برنامه ریزی در دستگاه های اجرائی و در سطح مناطق کشور از نظر علمی و تخصصی در سطوح قابل قبول قرار ندارند.

آرین پور با ارائه این توضیحات تصریح می کند که «هرگونه پیشنهادی در راستای متلاشی شدن یا توقف کار این موسسه ناموجه و در نهایت به ضرر و زیان های جبران ناشدنی ملی خواهد انجامید».

مستنداتی نیست که این توضیحات تا چه اندازه موثر بوده و همچنین روشن نیست که درنهایت کدام روایت درباره انحلال موسسه دقیق تر است؛ اما هم زمانی این دو، یعنی انقلاب فرهنگی و کمیسیون تبصره 18 درنهایت به انحلال موسسه برنامه ریزی ایران در سال 1359 منجر می شود و پس از آن اثری از آن نیست.

از سال 1365 دوباره ایده تاسیس اتاق فکر در سازمان برنامه و بودجه با رویکرد ترکیب نیروهای فکری و تجربی برای شناسایی مسائل توسعه ای و هم پیوندی حوزه های نظری و عملی مطرح شد. حسین عظیمی، مدیرکل آموزش و نیروی انسانی سازمان و عضو ستاد برنامه که خود از بدو تاسیس موسسه برنامه ریزی ایران در آن شاغل بوده، پیشینه موسسه را یادآوری می کند و با الگوگرفتن از اساسنامه و پیشینه موسسه، اساسنامه اولیه «موسسه عالی پژوهش در برنامه ریزی و توسعه» تنظیم می شود و پس از ماه ها پیگیری درنهایت اساسنامه موسسه پس از سه جلسه بحث، در شهریورماه 1367 در شورای عالی انقلاب فرهنگی به تصویب می رسد. مهم ترین دلیل مخالفت با تاسیس موسسه در این دوره این بوده که نیازهای آموزشی و پژوهشی وزارتخانه ها و سازمان ها صرفا باید از طریق دانشگاه ها و موسسات وابسته به وزارت علوم تامین شود. طراحان موسسه با توضیح اینکه این موسسه بنا است به مثابه اتاق فکر سازمان برنامه و بودجه عمل کند، در اساسنامه تضمین می دهند که «فعالیت های آموزشی موسسه منتهی به اعطای دانشنامه رسمی نخواهد شد» (تبصره ماده 2 اساسنامه). از نظر طراحان، سازمان برنامه فراتر از یک نهاد تکنوکراتیک توسعه ای، دبیرخانه نظام دادن به مناسبات سیاست، اقتصاد و جامعه از طریق مکانیسم توزیع و تخصیص منابع و امکانات است و در این راستا موسسه باید با این رویکرد علاوه بر تحقیق و توسعه، نقش واسط بین نهاد برنامه ریزی و دانشگاه را هم ایفا کند، به این معنا که مسائل حوزه اجرائی را به زبان دانش به دانشگاه منتقل کند و پژوهش های دانشگاهی را به زبان سازمان برگرداند. پس از تصویب اساسنامه، عزت الله سحابی به عنوان اولین رئیس موسسه منصوب می شود و ساختمانی (ساختمان فعلی موسسه در نیاوران) از محل اعتبارات وزارت برنامه و بودجه از کمیته امداد خریداری می شود و موسسه شروع به کار می کند؛ اما بعد از حدود چهار ماه، سحابی به این جمع بندی می رسد که تداوم حضور او در راس موسسه می تواند روند شکل گیری و فعالیت های موسسه را با اختلال و کندی مواجه کند و ازاین رو از ریاست موسسه استعفا می دهد. بعد از وقفه ای چندماهه و تغییر دولت در سال 1368، ریاست موسسه به علی نقی مشایخی سپرده می شود. موسسه برنامه ریزی ایران براساس یک نیاز تاریخی و تجربی از برنامه های عمرانی به عنوان یک اتاق فکر برای تعدیل غلبه رویکردهای فنی و مهندسی در نهاد برنامه ریزی و توجه به عوامل غیراقتصادی توسعه تعریف شده بود و ازاین رو به لحاظ نظری و عملی فضایی متکثر و چندبعدی داشت که در گزارش های پژوهشی، ترجمه ها و جزوات به جامانده از موسسه نیز نمود دارد. طراحان موسسه نیاوران نیز چنین انتظاری از موسسه داشتند؛ اما برخلاف این انتظار، فعالیت های موسسه از سال 1368 بر آموزش تکنسین های اقتصادی متمرکز شد و بیشتر به مثابه یک مرکز آموزش عالی عمل کرد که خود این مسئله به دلیل مغایرت با اساسنامه موسسه تا مدت ها چالش هایی را بین موسسه و وزارت علوم ایجاد کرد. نیروهای موسسه نیز جمعی محدود از اقتصاددانان همسو بودند که توسعه را امری جهان شمول و واحد و اقتصاد را امری فنی و منتزع از مسائل اجتماعی و تاریخی مدنظر داشتند و موسسه نیز به تدریج به مرکزی برای ترویج و تقویت یک گفتمان خاص اقتصادی تبدیل شد.