محاصره هرات 10 ماه طول کشید. به قول مهدی قلی هدایت «ایران و افغان با توپ و تفنگ می جنگیدند، روس و انگلیس با سیاست.» شورشیان، شهر را در دست داشتند و به تحریک انگلیسی ها، به برپایی حکومتی مستقل از ایران فکر می کردند. محمدشاه که خودش سپاه را فرماندهی می کرد - و روس ها را هم پشت سرش می دید- به چیزی کمتر از تسلیم بی قید و شرط شورشیان و گرفتن خراج و غرامت راضی نمی شد. مصمم بود کاری را که در هفته های منتهی به مرگ عباس میرزا ناتمام گذاشته بود، این بار برای همیشه یکسره کند و مناطق شمالی افغانستان را به اطاعت بکشد. مساله فقط بازگشت به مرزهای دوره صفوی و سرکوب چند خان شورشی نبود. به نظرش می رسید که امنیت به شرق کشور برنمی گردد، مگر اینکه اقتدار حکومت مرکزی در سراسر مرزهای سیستان و خراسان تثبیت شود (برای دوره ای طولانی، تقریبا از زمان قتل نادرشاه، سرکردگان افغان، هر بار که فرصتی برای شان پیش می آمد به سیستان و خراسان می ریختند و شماری از مردم را به اسارت می بردند و در بازارهای ترکستان به بردگی می فروختند). تصمیمش جدی بود. آنقدر جدی که خودش تا هرات رفت. اما انگلیسی ها سد راهش شدند. به نوشته استفانی کرونین، آنان «از هر راه ممکن وارد شدند تا محمدشاه را ترغیب کنند که فکر افغانستان را از سرش بیرون کند و قید هرات را بزند، زیرا به چشم آنها هرات سرپل کابل بود و کابل به هندوستان منتهی می شد. نگرانی دیگر آنها از این بود که امیران افغان با ایران متحد شوند و حمایت روس ها را هم به دست آورند.» نامه نوشتند و سفیر فرستادند و وعده هایی دادند. تصمیم شاه تغییر نکرد. سپس، برای ایجاد ناامنی در هرجای کشور توطئه چیدند و همزمان، چند مستشار نظامی برای کمک به شورشیان به هرات فرستادند. اما، از این کوشش ها نیز به آنچه می خواستند نرسیدند. سپاه ایران، بی منازع به هرات رسید و شهر را محاصره کرد. شورشیان تقریبا از همان هفته های نخست محاصره، شاید حتی از زمانی که خبر پیشروی سپاه ایران را شنیدند به فکر تسلیم و راهی برای نجات خودشان بودند و امکان مصالحه با شاه ایران را سبک سنگین می کردند. احتمالا تسلیم می شدند و شروط محمدشاه را می پذیرفتند. اما انگلیسی ها نگذاشتند. حتی وزیرمختار انگلیس- جان مک نایل - که خودش را به اردوی شاه رسانده بود، به بهانه وساطت میان دوطرف درگیر، به شهر رفت و با وعده و وعید، شورشیان را به ادامه مقاومت تحریک کرد. به آن مستشاران انگلیسی هم که در هرات بودند - و او از مدتی قبل با آنان ارتباط و مکاتبه داشت - گفت فکر تسلیم را از سرشان بیرون کنند. بعد به اردوی شاه برگشت. البته دستش رو شد. محمدشاه که احساس می کرد فریب خورده است، دستور به اخراجش داد. تنش ها بالا گرفت و روابط دو کشور، با قهر انگلیسی ها قطع شد (اواخر بهار 1217 خورشیدی) . محمدشاه به تردید افتاد، اما تصمیمش را برای تسلط بر هرات، برای رسیدن به هدفی که برایش تا آنجا آمده و چندماه درگیرش کرده بود تغییر نداد. محاصره ادامه یافت. بعد خبر رسید که کشتی های جنگی انگلیسی به خلیج فارس رسیده اند و خارک را اشغال کرده اند. نه محمدشاه انتظار چنین واکنشی را داشت و نه وزیرمختار روسیه که همراهش بود، عملیات نظامی انگلیسی ها را پیش بینی می کرد. هر دو ترسیدند. این ترس، روند حوادث را به نفع شورشیان - که آماده تسلیم می شدند- تغییر داد. محمدشاه از همه خواسته ها و شرط هایش چشم پوشی کرد و برای آشتی با انگلیسی ها از پای دیوارهای هرات عقب نشست. شکست خورد و به تهران برگشت.