به جمع مشترکان مگیران بپیوندید!

تنها با پرداخت 70 هزارتومان حق اشتراک سالانه به متن مقالات دسترسی داشته باشید و 100 مقاله را بدون هزینه دیگری دریافت کنید.

برای پرداخت حق اشتراک اگر عضو هستید وارد شوید در غیر این صورت حساب کاربری جدید ایجاد کنید

عضویت
جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه

bayesian inference

در نشریات گروه کشاورزی
تکرار جستجوی کلیدواژه bayesian inference در مقالات مجلات علمی
  • فاطمه کوهپیما، عبدالنبی باقری*، مجید فلاح زاده، مجید عسکری سیاهویی، یعقوب فتحی پور، ابوفاضل دوستی
    Fatemeh Koohpayma, Abdoolnabi Bagheri*, Majid Fallahzadeh, Majeed Askari Seyahooei, Yaghoub Fathipour, Abu Fazel Dousti

    Habrobracon hebetor Say (Hymenoptera: Braconidae) is an ectoparasitoid wasp in the family Braconidae and is widely used in biological pest control. Little information is available on the genetic diversity of geographically isolated populations of H. hebetor. In the present study, we assess the genetic structure and diversity of geographically distinct populations of H. hebetor collected from different regions of Iran. To this end, 19 populations of H. hebetor (Dehloran, Hamadan, Minab, Rudan, Ahvaz, Sari, Semnan, Bandar Lengeh, Haji Abbad, Jiroft, Shiraz, Sarpol-e Zahab, Gorgan, Isfahan, Urmia, Kahurestan, Taziyan, Isin, and Sarkhun) were collected from natural niches. For each population, we sequenced a ~660 base pair fragment of Cytochrome Oxidase subunit I (COI) successfully. Analysis of molecular variance revealed sharp differentiation among H. hebetor populations. Populations from Ahvaz, Dehloran, Jiroft and Minab were the most genetically diverged. A Mantel test showed significant positive correlation between genetic and geographic distances (r = 0.47, P < 0.001). The phylogenetic analysis clustered the populations into two major groups (A and B) (100); the major part was assigned to group A. Group B mainly included the populations from southern Iran. Based on these results, we conclude that H. hebetor in Iran is comprised of many diverse populations. These may be successfully applied in innundative release programs.

    Keywords: Genetic structure, various regions, Haplotype diversity, Bayesian inference
  • پرویز صفری، سیده فاطمه دانیالی، مهدی رحیمی*، احمد مهدوی

    خشکی مهم ترین تنش غیرزیستی است که تولید و کیفیت محصول گندم را در ایران تحت تاثیر قرار می دهد. اطلاعات درباره کنترل ژنتیکی توارث تحمل به تنش خشکی عملکرد دانه برای تعیین نوع برنامه اصلاحی و تولید ارقام متحمل ضروری است. این امر اصلاح گران را قادر می سازد تا مناسب ترین راه کار را برای اصلاح صفت انتخاب کنند. در این مطالعه، استنباط بیزی با به کارگیری روش گزینش متغیر گیبز (GVS) برای شناسایی مهم ترین اثرات ژنتیکی مرتبط با تحمل به خشکی و شرایط عادی در چارچوب روش تجزیه میانگین نسل ها مورد استفاده قرار گرفت. به همین منظور آزمایش هایی شامل دو جفت تلاقی با ارقام حساس و متحمل (هامون × دریا و سپاهان × مروارید) و نسل های حاصل از تلاقی آنها برای دو سال به صورت کرت های خرد شده در دو شرایط آبیاری مطلوب و قطع آبیاری از زمان گرده افشانی بر پایه طرح بلوک های کامل تصادفی با سه تکرار اجرا شدند. برای مطالعه توارث صفت در تجزیه میانگین نسل ها از آزمون مقیاس مشترک استفاده می شود. محدود بودن درجات آزادی به تعداد پارامترهای موجود در مدل و امکان برآورد بیش از حد یا کمتر از حد اثرات اصلی و اپیستازی از معایب این روش هستند. یک روش جایگزین برای رفع این محدودیت ها استفاده از استنباط بیزی و روش های گزینش مدل مثل GVS است. GVS با برآورد احتمالات پسین در بر گرفتن پارامترهای مدل، شناسایی اثرات برخوردار از بیشترین قدرت تمایز در مدل را امکان پذیر  می سازد. نتایج نشان دهنده کنترل توارث عملکرد دانه در شرایط تنش و غیرتنش توسط عمل ژنی افزایشی، غالبیت و اپیستازی بودند. بنابراین استفاده از روش هایی مانند گزینش دوره ای و به دنبال آن روش شجره ای که تمام اثرهای ژنی را در بردارند می تواند روشی سودمند برای بهبود تحمل به تنش خشکی باشد. از آن جایی که عمل ژنی افزایشی، غالبیت و اپیستازی در توارث عملکرد دانه موثر بودند، روش هایی که از تمام اثرهای ژنی استفاده می کنند مثل تولید بذر هیبرید ممکن است در بهبود عملکرد گندم در شرایط مختلف موثر باشد.

    کلید واژگان: آزمون مقیاس مشترک، استنباط بیزی، تجزیه میانگین نسل ها
    Parviz Safari, Mehdi Rahimi*, Seyyedeh Fatemeh Danyali, Ahmad Mahdavi

    Drought is the main abiotic stress seriously influencing wheat production and quality in Iran. Information about genetic controlling drought tolerance inheritance for grain yield is necessary to determine the type of breeding program as well as develop tolerant cultivars, enabling breeders to choose the most appropriate strategy to breeding trait of interest. In this study, Bayesian inference using Gibbs variable selection (GVS) approach used to identify the most important gene effects related to drought tolerance in context generation mean analysis. For this purpose, field experiments consist of two pairs of crosses with non-tolerant and tolerant cultivars and generations derived from them were carried out across two years as split plot designs based on RCBD with three replications in which main plots assigned to irrigation treatment consist of two levels (well watered and cessation of irrigation at pollination stage) and sub-plots given to the generations. To study the inheritance of any trait in generation mean analysis, joint scaling test is applied. Restrictions of degrees of freedom to number of parameters of model and over- or underestimation of the main and epistatic effects are disadvantages of this method. An alternative approach to obviate these limitations is to perform Bayesian inference and model selection strategies like GVS. GVS using estimation of posterior inclusion probabilities of effects identifies the most discriminant effects in the model. Since the additive, dominance and epistatic gene actions involved in drought tolerance inheritance, methods which utilize all type of gene effects, like recurrent selection followed by pedigree method may be useful for drought tolerance stress improvement. Also hybrid seed production, which utilizes all types of gene effects, may be useful in improving yield in wheat.

    Keywords: Bayesian inference, Generation mean analysis, Joint scaling test
  • پرویز صفری، محمد مقدم واحد *، سیامک علوی کیا، مجید نوروزی

    خشکی تنش غیرزیستی اصلی است که به طور جدی بر تولید و کیفیت گندم در جهان تاثیر می گذارد. اطلاعات مربوط به وراثت تحمل به خشکی برای تعیین نوع برنامه اصلاحی و تکوین ارقام متحمل ضروری است. در این مطالعه، استنباط بیزی برای بررسی ماهیت و میزان اثرهای ژنی کنترل کننده عملکرد و اجزای آن در شرایط کمبود آب و شرایط عادی با استفاده از ارزیابی ارقام گندم نان (بم و آرتا) و نسل های مشتق شده از آن ها مورد استفاده قرار گرفت. استنباط بیزی با استفاده از روش گزینش متغیر گیبز (GVS) و معیار اطلاعات انحراف (DIC) برای شناسایی مهم ترین اثرهای ژنی و مقایسه مدل هایی با اثرهای ژنی مختلف مورد استفاده قرار گرفت. GVS و DIC روشی کارآمد برای انجام تجزیه و تحلیل و معرفی مدل های مناسب ارایه کردند. می توان نتیجه گرفت که تجزیه و تحلیل بیزی استنباط قوی از ساختار ژنتیکی عملکرد و اجزای عملکرد در گندم ارایه می دهد. از آن جا که اثرهای افزایشی، غالبیت و اپیستازی در وراثت صفات زراعی درگیر بودند، روش هایی که از همه انواع اثرهای ژنی استفاده می کنند مانند اصلاح ارقام هیبرید، در صورت رفع موانع تولید این ارقام، می تواند در بهبود عملکرد و پایداری آن در گندم سودمند باشد.

    کلید واژگان: استنباط بیزی، روش های زنجیر-مونت کارلو، کمبود آب، گزینش متغیر گیبز، گندم، معیار اطلاعات انحراف
    Parviz Safari, Mohammad Moghaddam Vahed *, Siamak Alavikia, Majid Norouzi, Babak Rabiei

    Drought is the main abiotic stress seriously influencing wheat production and quality in the world. Information about the inheritance of drought tolerance is necessary to determine the type of breeding program and to develop tolerant cultivars. In this study, Bayesian inference was used to explore the nature and amount of gene effects controlling yield and its components under water deficit and normal conditions by assessment of contrasting bread wheat parents (Bam and Arta) and derived generations from them. Bayesian inference using the Gibbs Variable Selection (GVS) approach and the Deviance Information Criterion (DIC) were applied to identify the most important gene effects and to compare models including different gene effects. The GVS and DIC provided an efficient way to perform the analysis and to introduce the more appropriate models. It can be inferred from the results that the Bayesian analysis provides a robust inference of genetic architecture of yield and yield components in wheat. Since the additive, dominance and epistatic gene actions involved in the inheritance of agronomic characters under both water stress and normal conditions, methods which utilize all types of gene effects, such as hybrid seed production, may be useful in improving yield and its stability in wheat.

    Keywords: Bayesian inference, DIC, GVS, MCMC, Water Deficit, Wheat
  • کریم کریمی، علی اسماعیلی زاده کشکوییه، مسعود اسدی فوزی
    این تحقیق با هدف بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی بر اساس استفاده از نشانگرهای چندشکل تک نوکلئوتیدی انجام شد. بدین منظور تعداد 90 راس گاو از نژادهای سرابی (20)، کردی (10)، مازندرانی (10)، تالشی (10)، سیستانی (10)، کرمانی (10)، نجدی (10) و توده بومی فارس (10) مورد نمونه برداری قرار گرفتند. تعیین ژنوتیپ نمونه ها با استفاده از چیپ Illumina High density Bovine BeadChip با تراکم 777962 جایگاه انجام شد. پس از حذف جایگاه های دارای عدم تعادل پیوستگی (جفت جایگاه های دارای r2 بالاتر از 2 /0)، 64333 جایگاه SNP جهت آنالیزهای بعدی باقی ماندند. برنامه STRUCTURE جهت بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی کشور در این مجموعه داده به کار گرفته شد. تعداد جمعیت های فرض شده در هر اجرا از دو تا هشت جمعیت در نظر گرفته شد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که در اولین سطح خوشه بندی (2K=)، جمعیت های سرابی (6 /97%) و کردی (3 /94%) در خوشه مشترکی قرار گرفته اند و نژاد سیستانی (92%) نیز خوشه متمایز دیگری را به خود اختصاص داده است، در حالی که سایر نژادها آمیخته ای از این دو خوشه بودند. تعداد سه خوشه (3K=) به بهترین شکل تعداد گروه های ژنتیکی موجود در مجموعه داده ها را توجیه کرد. وجود سه خوشه (3K=) در داده ها موجب قرار گرفتن نژاد کردی در یک خوشه مستقل شد. در این مطالعه تفاوت های ژنتیکی گاوهای بومی ایران به خوبی به وسیله داده های متراکم SNP شناسایی شدند. همچنین شباهت های مربوط به توزیع جغرافیایی و خصوصیات تولیدی گاوها نیز با روابط ژنتیکی یافت شده در این مطالعه انطباق داشتند.
    کلید واژگان: استنباط بیزی، چندشکلی تک نوکلئوتیدی، ساختار ژنتیکی، گاوهای بومی ایران
    K. Karimi, A. Esmailizadeh Koshkoiyeh*, M. Asadi Fuzi
    The objective of this study was to detect genetic structure of Iranian indigenous cattle using dense single nucleotide polymorphism (SNP) markers. In total, 90 cattle individuals comprising Sarabi (n=20), Kurdi (n=10), Mazandarani (n=10), Taleshi (n=10), Sistani (n=10), Kermani (n=10), Najdi (n=10) and Fars (n=10) breeds were sampled. Genotyping was performed using Illumina High-density Bovine BeadChip designed to genotype 777,962 SNPs. After removing sites being in linkage disequilibrium (pairwise sites having r2 greater than 0.2), 64333 SNPs remained for further analyses. STRUCTURE software was used to detect genetic structure of native cattle in this data set. Number of assumed populations per run was selected between two to eight. Results of this study indicated that in the first level of clustering (K=2), Sarabi (97.6%) and Kurdi (94.3%) populations shared the same cluster and Sistani (92%) had another separate cluster while other breeds were admixed from these two clusters. Kurdi population appeared as an independent cluster at K=3. Most suitable number of genetic groups in data set was explained by three clusters (K=3). Genetic differentiation of Iranian indigenous cattle was well detected in this study. Also, similarities of geographical distribution and production characteristics were in good accordance with founded genetic relationships in this study.
    Keywords: Bayesian inference, Single nucleotide polymorphism, Genetic structure, Iranian indigenous cattle
نکته
  • نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شده‌اند.
  • کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شده‌است. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
  • در صورتی که می‌خواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.
درخواست پشتیبانی - گزارش اشکال