polymorphism information content
در نشریات گروه باغبانی-
International Journal of Horticultural Science and Technology, Volume:9 Issue: 2, Spring 2022, PP 151 -163Black cumin (Nigella sativa L.) is one of the most important plants in terms of medicine and economics in the world. Breeding of black cumin genotypes by using biotechnology and phytochemistry has always been an important area of different studies. In this study, 24 ISSR molecular markers were used to evaluate the genetic diversity and population structure of Iranian black cumin genotypes. The primers produced a total number of 223 bands, of which 155 were polymorphic bands (indicating 69% polymorphism). By analyzing the similarity matrix based on the simple matching similarity coefficient, the similarity ranged from 0.46 to 0.84. The genotypes were classified into three main groups in the phylogenetic dendrogram, which was based on the similarity matrix and UPGMA algorithm. The average of Polymorphism Information Content, Marker Index, Resolving power, and Observed number of alleles, Effective number of alleles, Nei’s gene diversity, and Shannon's information index were 0.26, 1.56, 3.07, 15.79, 13.72, 0.26, and 0.38, respectively. In analyzing the population structure, when the K value was adjusted to range from 2 to 10, two subpopulations were revealed. However, there was a degree of inconsistency when comparing the results of the phylogenetic dendrogram with those of the population structure. The results of this study can expand future inquiries into the assessments of germplasms and provide opportunities for breeding black cumin genotypes.Keywords: Breeding, germplasm, Polymorphism Information Content, similarity matrix, Subpopulation
-
یکی از پیشرفت های بزرگ در زمینه ی تشخیص نشانگر ها، شناسایی نشانگر های پیوسته با صفات زراعی مفید، است و همچنین ارزش نشانگر ها در آنالیز وراثت صفات در گیاهان زراعی، مشخص شده است. در این تحقیق ارتباط بین صفات زراعی و نشانگر مولکولیISSR درژنوتیپ های مختلف سویا مورد بررسی قرار گرفت. تنوع ژنتیکی ارقام مختلف سویا با استفاده از10آغازگر ISSRنشان داد که ازتعداد 68 قطعه ای که در کل ارقام تولید شد34 قطعه چند شکل بودند. مقدارPIC بین 147/0 تا 058/0 در آغازگرهامتغیر بود. بیشترین میزان شاخص نشانگری مربوط به آغازگر PRl-6با مقدار 39/8 به دست آمد که نشان دهنده قدرت تفکیک بالاتر این آغازگر نسبت به سایر آغازگر ها است. تجزیه ارتباط با استفاده از ماتریس ساختار جمعیت و با مدل های آماریGLM،MLM وبا استفاده از نرم افزارTASSELبرای 21 متغیر انجام شد. مدل MLMدرسطح احتمال 5 درصد 6 نشانگر را مرتبط با صفات ارزیابی شده شناسایی نمود. مطابق نتایج تجزیه ارتباط بالاترین ضریب تبیین به نشانگرISSR9-2با توجیه 21/0 درصد از تغییرات تعداد شاخه اصلی اختصاص داشت. در مجموع با توجه به بالا بودن آماره های تنوع ژنتیکی برای نشانگر هایISSR10-1،ISSR2-3و ISSR2-4می توان از آن ها در برنامه های اصلاحی دیگر استفاده کرد.
کلید واژگان: شاخص نشاگری، صریب تبیین، محتوای اطلاعات چند شکلی، قدرت تفکیک بالاتر، برنامه های اصلاحی.One of the big advances in identifying markers is the identification of continuous markers with agronomic traits, as well as the value of markers in the analysis of heritability of traits in crops is specified. In this study was assessed, the relationship between agronomic traits and molecular marker ISSR in different genotypes of soybean. The genetic diversity different genotypes of soybean by using the 10 ISSR primer showed that Among 68 amplified fragment of cultivars were generated, 34 fragments were ploy morphic. PIC values varied between 0.147 to 0.058 for primers. Maximum level of marker index obtained for primer PRI-6 with value of 8.39 which indicating a higher resolution of this primer than the other. Association analysis was performed using structure matrix and statistical models of GLM and MLM by using TASSEL software for 21 variables. The MLM model in 5 percent probability level identified 6 markers related to evaluated traits. According to the results of Association analysis the highest of coefficient determination was for ISSR9-2 with 0.21 percent explanation of variation of number main branch. A total of, due to the high genetic diversity statistics, the ISSR10-1, ISSR2-3 and ISSR2-4 markers can be used to other breeding programs.
Keywords: . Marker Index, coefficient of determination, Polymorphism information content, higher resolution, breeding programs -
به منظور شناسایی نشانگرهای مرتبط با شاخص های تحمل به خشکی در گندم نان (Triticum aestivum)، از نشانگرهای ISSR استفاده شد. 18 نشانگر مورد استفاده، 92 مکان در 20 ژنوتیپ گندم نان تولید کرد. میزان اطلاعات چند شکل (PIC) از 46/0 (UBC-857، UPC-864، UBC-867 و is9) تا 21/0 (is7) متغیر بود. درصد چندشکلی کل 75/95 درصد برآورد گردید و از بین نشانگرهای مورد استفاده نشانگر UBC-867 با 100 درصد چندشکلی، تعداد بالای شاخص های محتوای چندشکلی، شاخص نشانگر، شاخص نسبت چند شکلی موثر و شاخص قدرت تفکیک و با توجه به تکثیر بالای نوارها و تولید بیشترین نوارهای چندشکل به عنوان مناسب ترین نشانگر برای گندم در مطالعات بعدی معرفی شد. برای شناسایی نشانگرهای مرتبط با شاخص های تحمل به خشکی، تجزیه رگرسیون گام به گام بین داده های ملکولی به عنوان متغیرهای مستقل و شاخص های تحمل به خشکی به عنوان متغیرهای وابسته انجام گرفت. ارتفاع، طول پایه سنبله، طول میانگره آخر و سرعت فعالیت آنزیم پراکسیداز توسط نشانگرهای بیشتری تبیین شدند. نشانگرهای UBC-867، is9، s11، is15 و is5 بیشترین ارتباط را با شاخص های تحمل به خشکی مورد بررسی نشان دادند. با توجه به این که همه نشانگرهای ISSR به کار برده شده روی صفات مورد مطالعه موثر بودند، بنابراین احتمال دارد بتوان از این نشانگرها همراه با اطلاعات مربوط به شاخص های تحمل به خشکی جهت شناسایی والدین مناسب برای تهیه جمعیت های در حال تفرق و تولید ارقام هیبرید در اصلاح گندم مقاوم به خشکی استفاده کرد.کلید واژگان: آنالیز رگرسیونی، تحمل به خشکی، گندم نان، میزان اطلاعات چند شکل، نشانگرهای مرتبطIntersimple sequence repeat(ISSR) markers were evaluated in order to identify informative markers associated with drought tolerance indices in bread wheat (Triticum aestivum L.) genotypes . Eighteen ISSR primers amplified 92 loci among 20 bread wheat genotypes. Polymorphic information content (PIC) ranged from 0.46 (UBC-857, UBC-864, UBC-867, is9) to 0.21 (is7), with an average of 2.05. Stepwise regression analysis between molecular data as independent variables, and drought tolerance indices as dependent variables was performed to identify informative markers associated with the studied traits. Plant Hight, Peduncle Length, Xteragen Length and Peroxidase Activity were explained by more primers. ISSR markers, UBC-867, is9, is11, is15 and is5 showed the most association with drought tolerance indices. Since all the used ISSR loci showed significant association with the studied traits, therefore, it is possible to use these markers along with drought tolerance indices in drought tolerance wheat breeding programs for identification of suitable parents to parents to produce mapping populations and hybrid varieties.Keywords: Analysis regression, bread wheat, drought tolerance, informative markers, Polymorphism Information Content
- نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شدهاند.
- کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شدهاست. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
- در صورتی که میخواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.