copula function
در نشریات گروه پزشکی-
مقدمه
معمولا هنگامی که توزیع متغیر وابسته از خاصیت نرمال بودن پیروی نمی کند، می توان از نوع رگرسیون ناپارامتری استفاده کرد. در این مطالعه هم با توجه به ویژگی متغیرها، از الگوی رگرسیون مفصل دومتغیره برای تشخیص عوامل تاثیرگذار بر آنزیم های کبدی ALT و AST و همچنین برای ارتباط هر دو آنزیم استفاده شده است. این نوع رگرسیون هنگامی مناسب است که متغیرهای پاسخ، چولگی و وابستگی نسبتا بالایی باهم داشته باشند.
مواد و روش هادر این مطالعه مقطعی، نمونه ای به حجم 2000 نفر از افراد شرکت کننده در مطالعه هم گروهی شهرکرد به تصادف انتخاب شد. برای رسیدن به الگوی رگرسیون مفصل، توزیع حاشیه ای گوسین معکوس و تابع مفصل گامبل با توجه به معیار آکاییک انتخاب گردید و از پکیج های آماری Gamlss،Copula ،Ggrm در نرم افزار R استفاده شد.
یافته هابا توجه به یافته ها، برخی از متغیرها از طریق مولفه های توزیع حاشیه ای و تابع مفصل بر غلظت آنزیم های ALT و AST به عنوان عوامل موثر شناسایی گردیدند. متغیرهای اوره خون، تری گلیسرید، GGT، ALP و BMI تاثیر غیرخطی و معنا داری بر میانگین غلظت آنزیم ALT داشتند. متغیرهای BMI، GGT، ALP، LDL و HDL به صورت غیرخطی و همچنین اوره خون به صورت خطی، بر میانگین غلظت آنزیم AST به طور معنی دار موثر بودند. درنهایت، متغیرهای BMI، تری گلیسرید، GGT و ALP بر ارتباط میان سطح غلظت آنزیم های کبدی ALT و AST تاثیر می گذارند.
بحث و نتیجه گیریپا استفاده از این الگو می توان علاوه بر شناسایی برخی عوامل موثر، به تشخیص روابط خطی و غیرخطی میان متغیرهای مستقل با وابسته پی برد.
کلید واژگان: رگرسیون مفصل، تابع مفصل، آنزیم های کبدی ALT و ASTIntroductionNonparametric regression can usually be used when the distribution of the dependent variable does not follow the property of normality. In this study, due to the nature of the variables, a bivariate Capula regression model was used to identify the factors affecting the liver enzymes (ALT and AST) and the relationship between these enzymes. This type of regression is suitable when the response variables have a relatively high degree of skewness and interdependence.
Material & MethodsIn this cross-sectional study, a sample of 2000 participants in the Shahrekord cohort study were randomly selected. To achieve the Capula regression model, the inverse Gaussian margin distribution and the Gumble joint function were selected according to the Akaike criterion. Gamlss, Copula, and Ggrm statistical packages were used in the R software.
(Ethic code: 3316)FindingsAccording to the findings, some variables were identified as effective factors on the concentration of ALT and AST enzymes through marginal distribution parameters and Capula function. Blood urea, triglyceride, GGT, ALP, and BMI had a nonlinear and significant effect on the mean concentration of the ALT enzyme. The BMI, GGT, ALP, LDL, and HDL (nonlinearly), as well as blood urea (linearly), had a significant effect on the mean concentration of AST enzyme. Finally, the variables of BMI, triglycerides, GGT, and ALP affect the relationship between the concentration levels of the liver enzymes (ALT and AST).
Discussion & ConclusionUsing this model, in addition to identifying the effective factors, it is possible to distinguish between linear and nonlinear relationships between independent and dependent variables.
Keywords: ALT, AST liver enzymes, Copula function, Copula regression -
مقدمهتنوع علل مرگ در جوامع سالمندی بالاست. برای بررسی و تحلیل زمان تا مرگ سالمندان می توان از الگوهای مخاطرات رقابتی استفاده کرد. هدف از این مطالعه، شناسایی برخی عوامل موثر بر بقاء سالمندان مقیم سرای سالمند با استفاده از الگوی مفصل مخاطرات رقابتی با رویکرد بیزی می باشد.مواد و روش هادر این مطالعه توصیفی-طولی، اطلاعات مندرج در پرونده 510 سالمند پذیرش شده در مجتمع سالمندان گلابچی کاشان استخراج شد. برای شناسایی عوامل موثر بر زمان تا مرگ سالمندان، تشخیص های پزشکی مندرج در پرونده سالمندان مدنظر قرار گرفت. سپس الگوی مخاطرات رقابتی با استفاده از تابع مفصل کلایتون تحت رویکرد بیزی بر داده ها برازش شد و فواصل اطمینان بیزی (باورمند) برآورد گردید. از نرم افزار WinBugs برای تجزیه و تحلیل داده ها استفاده شد.یافته هادر بررسی الگوی تک متغیره با توجه به فواصل اطمینان بدست آمده، عوامل سن در آغاز پذیرش، فشار خون بالا، وجود سابقه بیماری قلبی در فامیل، سابقه سکته قلبی و سابقه سکته مغزی بر زمان تا مرگ سالمندان به علت بیماری های قلبی عروقی دارای اثری معنادار بودند. در الگوی چندگانه متغیرهای قرار داشتن در گروه سنی بین 75-90 سال در آغاز پذیرش ((HR=2.1; CI 95%= (1.26، 3.67) و سابقه سکته مغزی((HR=2; CI 95%= (1.28، 3.32) بر زمان تا مرگ سالمندان به علت بیماری های قلبی عروقی دارای اثری معنادار بودند.نتیجه گیرییکی از محاسن الگو سازی آماری، قابلیت تعمیم نتایج بدست آمده می باشد. با توجه به یافته های به دست آمده عوامل مهمی که زمان وقوع مرگ در سالمندان را تسریع می بخشند شناسایی شدند. لذا توصیه می شود در اقدامات درمانی و پیشگیرانه به منظور افزایش زمان بقا برای سالمندان عوامل مذکور نیز مدنظر قرار گیرند.
کلید واژگان: سالمندی، بیماری قلبی عروقی، مخاطرات رقابتی، تابع مفصل، رویکرد بیزیIntroductionWide verity of causes of death exist in ageing societies. It is suitable to apply competing risk models in order to investigate and analyze time to death in the target population. The aim of this study was to identify some factors effective on survival of the elderly living in nursing home using Copula Competing Risk Model with Bayesian approach.Materials and MethodsIn a descriptive-longitudinal study، data were collected from 510 elderly’s medical documents in Kashan Golabchi elderly nursing home. To identify effective factors associated with time to death of the elderly، medical diagnosis of cause of death cited in elderly’s documents were considered. Later، Competing Risk Model using Clayton Copula Function based on Bayesian approach was fitted and Credible intervals were estimated. To analyze the data WinBugs Software was used.FindingsIn univariate analysis، being in the age at the beginning of reception، hypertension، family history of cardiovascular diseases، history of myocardial infarction، history of stroke were significant for time to death due to cardiovascular diseases in the elderly. In multivariate analysis، age group 75 to 90 years at the beginning of the reception (HR=2. 1; CI 95%= (1. 26، 3. 67)) and history of stroke (HR=2; CI 95%= (1. 28، 3. 32)) were significant for time to death due to cardiovascular diseases in the elderly.ConclusionOne of the benefits of statistical modeling is the ability to generalize its results. According to the results، some crucial factors accelerating the time of death in elderly were identified. Therefore، it is highly recommended that، in therapeutic and preventive actions in order to increase the survival time for the elderly the significant studied factors should be considered.Keywords: Ageing, Cardiovascular diseases, Competing Risks, Copula Function, Bayesian approach -
BackgroundIn survival studies when the event times are dependent, performing of the analysis by using of methods based on independent assumption, leads to biased. In this paper, using copula function and considering the dependence structure between the event times, a parametric joint distribution has made fitting to the events, and the effective factors on each of these events would be determined.MethodsThis retrospective cohort study was conducted from March 2003 to March 2007. The data collected from 256 patients with gastric cancer who underwent surgery and that the event time of the two outcomes of death and recurrence for them was recorded. Akaike Information Criterion (AIC) was used to determine of suitable parametric models. Moreover, applying copula function with regard to the relationships between the events, the effect of the risk factors of each of the two outcomes was determined. The data analysis was done using R2.12.1 software.ResultsAccording to the AIC criterion, the Weibull distribution had the best fitting in both of the event times. The median times for recurrence and survival of the patients were estimated 20.2 and 28.1 months respectively. Furthermore, with a fitting of Weibull distribution to the two event times using Clayton copula function, the variables of gender, tumor size and tumor pathological stage on survival, and tumor size and tumor pathological stage on recurrence were significant (P<0.001).ConclusionsApplying copula function for determining specific risk factors of the semi-competing events produces suitable results opposite the common methods which are based on independent assumption of the events.Keywords: Parametric survival model, Recurrence time, Gastric cancer, Semi, competing risk, Dependent event, Copula function
-
در مدل رایج خطرهای متناسب کاکس یکی از فرضیات اساسی برقراری فرض استقلال میان زمان سانسور و زمان پیشامد می باشد. در مطالعات بالینی زمانی که سانسور به دلایلی همچون خروج فرد از مطالعه یا خطر رقابتی رخ می دهد همواره نگرانی در خصوص اعتبار نتایج مبتنی بر فرض استقلال سانسورها وجود دارد. ارائه راهکاری جهت بررسی فرض استقلال و نیز تعمیم مدل خطرهای متناسب کاکس در حالت عدم برقراری فرض استقلال مفید می باشد.
برای رسیدن به این هدف به معرفی تعمیمی از مدل خطرهای متناسب کاکس با استفاده از تابع مفصل می پردازیم. این مدل امکان انجام آنالیز حساسیت، جهت بررسی فرض استقلال را فراهم می نماید. تعمیم تابع درستنمایی و برآورد پارامترها با یک روش عددی با استفاده از نرم افزار R انجام شد. در ادامه با استفاده از این مدل، برقراری فرض استقلال زمان سانسور و پیشامد در مجموعه داده های مربوط به بیماران دارای سرطان پستان که طی سال های 1380 تا 1388جهت درمان به بخش آنکولوژی بیمارستان های قائم (عج) و امید مراجعه نموده بودند مورد بررسی قرار گرفت.
با استفاده از شبیه سازی ابتدا مناسب بودن مدل ارائه شده اثبات گردید سپس تاثیرات عدم برقراری فرض استقلال بین زمان سانسور و پیشامد بر روی برآورد پارامترها بررسی گردید. در مجموعه داده های واقعی برقراری فرض استقلال مورد تایید قرار گرفت.
عدم برقراری فرض استقلال می تواند باعث نتایج اریب در مدل خطرهای متناسب کاکس گردد که میزان اریبی با میزان وابستگی میان سانسور و پیشامد ارتباط مستقیم دارد. در مجموعه داده های مربوط به بیماران دارای سرطان پستان مشخص گردید که تشخیص بیماری در مراحل اولیه نقش مهمی در موفقیت درمان و عدم عود بیماری دارد.کلید واژگان: مدل خطرهای متناسب کاکس، آنالیز حساسیت، تابع مفصل، خطرات رقابتی، سرطان پستانBackground and ObjectivesIn the common Cox proportional hazards model one of the basic assumptions is independence between censoring time and event time. In clinical studies, when censoring is caused by competing risks or patient withdrawal, there is always a concern about the validity of treatment effect estimates that are obtained under the assumption of independent censoring. Introduction a solution for checking the assumption of independent and extending the Cox model for dependent censoring is useful.
Material &MethodsTo achieve this goal, we use copula function and extend the Cox model. This model can also perform a sensitivity analysis for checking the assumption of independent. We generalize the likelihood function in R software and estimate the parameters by using a iteration algorithm. We apply the proposed method to the data of breast cancer patients at Ghaem and Omid hospitals and check the independence assumption.ResultsWe show by Simulation that this algorithm works well and show the effect of dependent censoring on estimated parameters. We apply the proposed method to the data of breast cancer patients at Ghaem and Omid hospitals and show that the independence assumption is true.ConclusionNot assumption of independence causes bias in estimation in Cox model and the bias is dependent on the degree of association between event and censoring times. In dataset of breast cancer patients the primary diagnosis is an important role in Success in the treatment.Keywords: Cox proportional hazards model, sensitivity analysis, copula function, competing risks, breast cancer -
زمینه و هدفدر مدل رایج خطرهای متناسب کاکس یکی از فرضیات اساسی برقراری فرض استقلال میان زمان سانسور و زمان پیشامد می باشد. در مطالعات بالینی زمانی که سانسور به دلایلی همچون خروج فرد از مطالعه یا خطر رقابتی رخ می دهد همواره نگرانی در خصوص اعتبار نتایج مبتنی بر فرض استقلال سانسورها وجود دارد. ارائه راهکاری جهت بررسی فرض استقلال و نیز تعمیم مدل خطرهای متناسب کاکس در حالت عدم برقراری فرض استقلال مفید می باشد.مواد و روش کاربرای رسیدن به این هدف به معرفی تعمیمی از مدل خطرهای متناسب کاکس با استفاده از تابع مفصل می پردازیم. این مدل امکان انجام آنالیز حساسیت، جهت بررسی فرض استقلال را فراهم می نماید. تعمیم تابع درستنمایی و برآورد پارامترها با یک روش عددی با استفاده از نرم افزار R انجام شد. در ادامه با استفاده از این مدل، برقراری فرض استقلال زمان سانسور و پیشامد در مجموعه داده های مربوط به بیماران دارای سرطان پستان که طی سال های 1380 تا 1388جهت درمان به بخش آنکولوژی بیمارستان های قائم (عج) و امید مراجعه نموده بودند مورد بررسی قرار گرفت.یافته هابا استفاده از شبیه سازی ابتدا مناسب بودن مدل ارائه شده اثبات گردید سپس تاثیرات عدم برقراری فرض استقلال بین زمان سانسور و پیشامد بر روی برآورد پارامترها بررسی گردید. در مجموعه داده های واقعی برقراری فرض استقلال مورد تایید قرار گرفت.نتیجه گیریعدم برقراری فرض استقلال می تواند باعث نتایج اریب در مدل خطرهای متناسب کاکس گردد که میزان اریبی با میزان وابستگی میان سانسور و پیشامد ارتباط مستقیم دارد. در مجموعه داده های مربوط به بیماران دارای سرطان پستان مشخص گردید که تشخیص بیماری در مراحل اولیه نقش مهمی در موفقیت درمان و عدم عود بیماری دارد.
کلید واژگان: مدل خطرهای متناسب کاکس، آنالیز حساسیت، تابع مفصل، خطرات رقابتی، سرطان پستانBackground and ObjectivesIn the common Cox proportional hazards model one of the basic assumptions is independence between censoring time and event time. In clinical studies, when censoring is caused by competing risks or patient withdrawal, there is always a concern about the validity of treatment effect estimates that are obtained under the assumption of independent censoring. Introduction a solution for checking the assumption of independent and extending the Cox model for dependent censoring is useful.Material and MethodsTo achieve this goal, we use copula function and extend the Cox model. This model can also perform a sensitivity analysis for checking the assumption of independent. We generalize the likelihood function in R software and estimate the parameters by using a iteration algorithm. We apply the proposed method to the data of breast cancer patients at Ghaem and Omid hospitals and check the independence assumption.ResultsWe show by Simulation that this algorithm works well and show the effect of dependent censoring on estimated parameters. We apply the proposed method to the data of breast cancer patients at Ghaem and Omid hospitals and show that the independence assumption is true.ConclusionNot assumption of independence causes bias in estimation in Cox model and the bias is dependent on the degree of association between event and censoring times. In dataset of breast cancer patients the primary diagnosis is an important role in Success in the treatment.Keywords: Cox proportional hazards model, sensitivity analysis, copula function, competing risks, breast cancer
- نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شدهاند.
- کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شدهاست. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
- در صورتی که میخواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.