فراوانی و تعیین ترادف سه جدایه ویروس وای سیب زمینی از مزارع توتون و مقایسه فیلوژنتیکی با سایر جدایه های دنیا

برای تعیین فراوانی ویروس وای سیب زمینی (Potato virus Y، PVY) در تابستان 1389 تعداد 182 نمونه دارای علایم از مزارع توتون استان گلستان جمع آوری و با آزمون DAS-ELISA با آنتی سرم چند همسانه ای مورد بررسی قرار گرفت. تعداد 90 نمونه آلوده به PVY تشخیص داده شدند. آر ان ای سه جدایه ویروس با استفاده از کیت RNX-Plus استخراج و با یک جفت آغازگر اختصاصی PVY مربوط به ناحیه CP، در واکنش RT-PCR تکثیر شد. نمونه های آلوده به PVY پس از الکتروفورز در ژل آگاروز در محدوده bp1000 مورد انتظار، ایجاد باند نمودند. محصول PCR به طور مستقیم ترادف یابی شد و ترادف های به دست آمده به طول850 نوکلئوتید همراه با 30 ترادف انتخاب شده از GenBank مقایسه شدند. همردیف سازی چندگانه و آنالیز فیلوژنتیک با ClustalX و BLAST در نرم افزار BioEdit انجام و درخت فیلوژنتیکی به روش maximum parsimony ترسیم گردید. آنالیز فیلوژنتیک نشان داد که جدایه های علی آباد و فاضل آباد از ایران همراه با جدایه های اسپانیا، ایتالیا و بوشهر در یک گروه و جدایه مینودشت همراه با جدایه های هلند، بریتانیا و تایوان در گروه دیگر قرار می گیرند.