خالص سازی و تعیین ترادف نوکلئوتیدی ژنوم کامل ویروس موزائیک زرد کدو- جدایه فارس

ویروس موزائیک زرد کدو (Zucchini yellow mosaic virus) از نمونه های کدوی دارای علایم موزائیک، تاولی شدن و بدشکلی برگ و میوه و کاهش رشد از مزارع منطقه کفترک شیراز به کمک آزمون الیزا، جداسازی و یک نمونه به عنوان جدایه فارس این ویروس ((ZYMV-F به منظور انجام مراحل بعدی تحقیق بررسی شد. ZYMV-F در شرایط گلخانه در کدو تکثیر و از بافت های آلوده برای خالص سازی فیزیکی ویروس استفاده شد. از آنتی سرم به دست آمده از آموده خالص ویروس، در آزمون های سرولوژیکی استفاده شد. با بهره گیری از روش به دام اندازی آر ان ای پیک و آغازگرهای اختصاصی طراحی شده، واکنش ترانویسی معکوس و زنجیره ای پلی مراز (RT-PCR) انجام شد و دی ان ای های تکثیر شده، همسانه سازی و تعیین ترادف شدند. با تجمیع ترادف های به دست آمده، ترادف کامل ژنوم ZYMV-F شامل 9591 نوکلئوتید (رس شمار JN183062 در بانک ژن) به دست آمد. آنالیزهای فیلوژنتیکی براساس ترادف نوکلئوتیدی و آمینو اسیدی ژنوم کامل و هر کدام از ژن ها به طور انفرادی نشان داد که ZYMV-F بیشترین شباهت را به جدایه های اسرائیل و اسلواکی ZYMV دارد. هم چنین بر اساس ترادف قسمتی از ژن پروتئین پوششی، مشخص شد که جدایه های ویروس در ایران در سطح نوکلئوتیدی و آمینواسیدی شباهت زیادی به هم دارند و جدایه فارس و کرج در یک گروه قرار می گیرند. این اولین گزارش از تعیین ترادف کامل ژنوم ZYMV در ایران و دومین گزارش از منطقه خاور میانه و نزدیک است.