مقایسه تنوع ژنتیکی جدایه های باکتری Erwinia amylovora در خوشه های ژنی ams، hrp و dsp و پلاسمید pEA29

باکتری Erwinia amylovora عامل بیماری آتشک در درختان میوه دانه دار می باشد. به منظور بررسی رابطه شدت بیماری زائی با خصوصیات ژنتیکی جدایه ها، در تحقیق حاضر، تنوع ژنتیکی سه خوشه ژنی دخیل در بیمار ی زایی شامل hrp، ams و dsp با استفاده از نشانگر PCR-RFLP مورد مقایسه قرار گرفت. علاوه بر این تنوع پلاسمید pEA29 باکتری با استفاده از جفت آغازگر PEANT بررسی شد. جدایه های مورد استفاده شامل 17 جدایه از میزبان های بومی ایران و جدایه Ea273 از آمریکا بود. پس از طراحی آغازگرهای اختصاصی بر روی خوشه های ژنی مذکور و انجام واکنش PCR، محصولات با آنزیم های AluI،BglII، HhaI، MboI،PstI، SalI و TaqI مورد هضم قرار گرفتند. به علاوه، 5 محصول PCR خوشه ژنی ams در 5 جدایه با منشا جغرافیایی مختلف توالی یابی شدند. نتایج حاصل هیچ گونه تنوعی را در محل اتصال و طول باند آغازگرهای خوشه های ژنی مختلف نشان نداد. به علاوه هضم با آنزیم های محدود کننده، در کلیه جدایه ها الگوی هضم یکنواختی را ایجاد کرد. توالی یابی محصولات PCR خوشه ژنی ams نیز به طور کامل مشابهت نشان دادند که حاکی از حفاظت شدگی بسیار بالای ژنوم در این خوشه ژنی بود. بررسی تنوع ناحیه تکثیر شده توسط آغازگرهای PEANT روی پلاسمید pEA29 موید تفاوت در طول و توالی این ناحیه در جدایه های مختلف بود. به نظر می رسد میزان حفاظت شدگی موجود در این پلاسمید بسیار پائین تر از ژنوم باکتری باشد.