اثرات پارامترهای مختلف بر روی کیفیت نتایج حاصل از تکنیک cDNA-AFLP در مطالعه ترانسکریپتوم سیب زمینی

آنالیز های ترانسکریپتوم در ایجاد اطلاعات و درک کافی از سیستم های واکنشی گیاهان در برابر عوامل زیستی و غیر زیستی بسیار کارآمد هستند. cDNA-AFLP به عنوان روشی مناسب علاوه بر تکرار پذیری بالا، نیاز به اطلاعات اولیه در مورد توالی ژن ها ندارد. البته عوامل متعددی در حساسیت، دقت و تکرار پذیری آن موثر هستند که توجه به این عوامل می تواند باعث افزایش کیفیت ارزیابی ها و دستیابی به اطلاعات صحیح گردد. در تحقیق حاضر cDNA-AFLP برای آنالیز واکنش گیاه سیب زمینی در برابر استرس ناشی از باکتری بیماریزای Ralstonia solanacearum در شرایط in vitro بهینه سازی گردید. در این راستا پارامترهای مختلف و اثر تعامل آنها با یکدیگر در افزایش حساسیت و تکرار پذیری این روش بررسی شد. نتایج نشان داد روش استخراج RNA و استفاده از mRNA از فاکتور های تاثیر گذار در موفقیت آزمون cDNA-AFLP است به طوری که RNA های استخراج شده با استفاده از روش مبتنی بر ستون از یکنواختی و کیفیت بالاتری برخوردار هستند و استخراج mRNA علاوه بر حذف RNA های ریبوزومی، در کاهش ممانعت کننده ها و اجرای صحیح سایر مراحل آزمون تاثیر گذار است. همچنین بهینه سازی فاکتورهایی از قبیل رقت مناسب محصول پیش تکثیر که به عنوان الگو در مرحله تکثیر انتخابی استفاده می شود، تعداد سیکل PCR در مرحله پیش تکثیر، غلظت مناسب MgCl2 و Taq DNA Polymerase در مراحل پیش تکثیر و تکثیر انتخابی، نقش تعیین کننده ای بر روی تعداد و غلظت قطعات cDNA تکثیر شده و وضوح آن بر روی ژل دارد.