ارزیابی مدل های شبکه ارتجاعی در پیش بینی تغییرات ساختاری پروتئین ها
نویسنده:
چکیده:
تغییرات ساختاری پروتئین ها که در هنگام اتصال به لیگاند یا پروتئین های دیگر صورت می گیرد، نقش حیاتی در پدیده های بیولوژیکی ایفا می نماید. این گونه حرکات به صورت تجمعی و با فرکانس پایین بوده و آنالیز مود نرمال روش متداول جهت یافتن فرکانس ها و شکل مود ها می باشد. مطالعات گسترده ای جهت پیش بینی این حرکات با استفاده از مدل های مختلف پروتئین صورت گرفته است. از این میان، مدل های شبکه ارتجاعی با توجه به عدم نیاز به کمینه سازی انرژی پتانسیل و ساده بودن از مطلوبیت بالایی برخوردار است. با این وجود، تا کنون مطالعه جامعی در خصوص بررسی تاثیر پارامتر های مختلف این مدل ها در پیش بینی تغییرات ساختاری صورت نگرفته است. در این مطالعه تعداد 20 پروتئین با تغییرات ساختاری مشخص انتخاب شده و با ایجاد مدل های مختلف شبکه ارتجاعی، میزان موفقیت و اعتبار هریک در پیش بینی ساختار نهایی مورد بررسی قرار گرفته است. بر اساس نتایج این مطالعه سه مود اول هر مدل اغلب بیشترین نقش را در پیش بینی تغییرات ساختاری پروتئین ها ایفا می کنند. علاوه بر این، انتخاب شعاع حدی مناسب تاثیر بیشتری نسبت به تابع پتانسیل در مدل شبکه ارتجاعی دارد. همچنین نتایج حاصله نشان می دهد از میان مدل های مختلف در نظر گرفته شده، مدلهای غیر نمایی با شعاع حدی 10 آنگستروم با وجود محاسبات مقرون به صرفه تر از دقت بیشتری در پیش بینی تغییرات ساختاری برخوردار می باشند.
کلیدواژگان:
زبان:
فارسی
صفحات:
81 تا 88
لینک کوتاه:
magiran.com/p1509413
دانلود و مطالعه متن این مقاله با یکی از روشهای زیر امکان پذیر است:
اشتراک شخصی
با عضویت و پرداخت آنلاین حق اشتراک یکساله به مبلغ 1,390,000ريال میتوانید 70 عنوان مطلب دانلود کنید!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی نامحدود همه کاربران به متن مطالب تهیه نمایند!
توجه!
- حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران میشود.
- پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانههای چاپی و دیجیتال را به کاربر نمیدهد.
In order to view content subscription is required
Personal subscription
Subscribe magiran.com for 70 € euros via PayPal and download 70 articles during a year.
Organization subscription
Please contact us to subscribe your university or library for unlimited access!