ردیابی و تکثیر ژن های اثرگذار حامل دومین LysMدر ژنوم قارچ F. oxysporum f. sp. lycopersici

قارچ (FOL) Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici در طی کلونیزه کردن آوند گیاه گوجه فرنگی پروتئین های کوچک اثرگذاری را به درون آوند گیاه ترشح می کند که دستگاه مقاومتی گیاه را مهار یا مختل می کند و سبب بروز بیماری می شود. تاکنون 14 پروتئین اثرگذار در این بیمارگر شناسایی شده است که هیچ یک دومین مشخصی در توالی پروتئینی خود ندارند. در دیگر قارچ های بیمارگر پروتئین های اثرگذار حامل دومین LysM جهت اتصال به کیتین و تجزیه آن شناسایی شده است. با توجه به کارکرد مهم این دومین در برهم کنش قارچ و گیاه، در مطالعه حاضر جست جو برای شناسایی ژن های اثرگذار حامل دومین LysM در قارچ FOL انجام شد. در ابتدا جست جوی دومین LysM در ژنوم Fol به کمک پایگاه اطلاعاتی Pfam به شناسایی 17 پروتئین منتج شد که در این بین، با توجه به وزن مولکولی پایین پروتئین های اثرگذار و ترشح آنها در فضای بین سلولی، دو پروتئین فرضی به نام های Fol-LysM1 و Fol-LysM3 جهت مطالعات تکمیلی انتخاب شدند. پیش بینی ساختار ژنی مفروض با FGENESH+صورت گرفت؛ سپس، حضور ساختارهای دومینی و خصوصیات پروتئین های افکتوری مانند مناطق سیگنال پپتیدی، تعداد و موقعیت اسیدآمینه سیستیین و باندهای دی سولفیدی و وزن مولکولی در Fol-LysM1 و Fol-LysM3 پیش بینی شد. در ادامه توالی کدکننده دو پروتئین مزبور در ژنوم FOLتکثیر و تعیین توالی شد و با بقیه پروتئین های اثرگذار دارای دومین LysM ازنظر فیلوژنتیکی و سازماندهی دومین ها مقایسه شد. این اولین گزارش از ردیابی ژن های اثرگذار دارای دومین LysM در FOL است که توالی Fol-LysM1 با شماره دستیابی KU522305 در بانک ژن ثبت شد.