شناسایی پروتئین های کلیدی درگیر در بروز سرطان معده به روش In silico

سرطان معده اولین عامل مرگ میر ناشی از سرطان در ایران است. مطالعات بسیاری در خصوص یافتن پروتئین های تاثیرگذار به جهت اهمیت بر روی سرطان معده صورت گرفته است . با استفاده از پروتئین های شناسایی شده در خصوص سرطان معده و ابزارهای محاسباتی طراحی شده برای مطالعه شبکه های پیچیده، می توان راهی ارزان و منطقی برای شناسایی کاندیدهای پروتئینی درگیر در این بیماری معرفی نمود.
در این مطالعه که به روش تحلیلی با نگرش کمی انجام شده است، به منظور بررسی شبکه میانکنشی پروتئین های شناسایی شده درگیر در سرطان معده، ابتدا پروتئین ها از مقالات استخراج شدند سپس با استفاده از نرم افزار Cytoscape و افزونه MiMI در پایگاه داده های میان کنشی پروتئین ها مورد جستجو قرار گرفتند و شبکه میان کنشی رسم شد. با استفاده از افزونه Centiscape شاخص های مرکزی (Degree، Stress، Betweenness، Closeness،) موردبررسی قرار گرفتند و گره های کلیدی تر شناسایی شدند. پس از افزودن داده های بیانی نیز مجدد این محاسبات صورت پذیرفت.
از مقالات، فهرستی مشتمل بر 72 پروتئین استخراج شد و به کمک آن ها شبکه ای متشکل از 1673 گره ایجاد گردید. ارتباطات عمل کردی بین گره های موجود در زیر شبکه ها موردبررسی قرار گرفت و مشخص شد که اکثر پروتئین ها در فرایندهای تنظیمی دخیل هستند نتیجه بررسی شاخص های مرکزی در این شبکه نشان داد که HNF4A و TAF1 به دلیل داشتن میان کنش های زیاد و ایجاد ارتباط بین بخش های مختلف شبکه به عنوان گره های کلیدی در شبکه میان کنشی پروتئین های درگیر در بروز سرطان معده هستند.
از پروتئین های معرفی شده در این مطالعه می توان به عنوان مارکرهای تشخیصی و اهداف درمانی در سرطان معده استفاده نمود. از طرفی از روند ارائه شده در این مطالعه می توان در شناسایی اهداف کلیدی در سایر بیماری های پیچیده نیز استفاده نمود.