کنکاش ساختار، جزایر CPG، متیله شدن DNA و پروتئین حاصل از ژن های کاندیدای موثر بر ورم پستان در گاو شیری

 متیلاسیون DNA اساسا در دی‏نوکلئوتیدهای CpG اتفاق می افتد و در تنظیم بیان ژنی درگیر می‏باشد. در پستانداران، مشخص شده است که بیش‎متیلاسون در جزایر CpG با پیری و بیماری‎های مختلف در دام مرتبط است. میزان نیمرخ متیلاسیون ژن ها می تواند به متخصص اصلاح نژاد کمک کند که برای مدیریت بیماریی که این ژن ها در آن درگیر هستند از روش های ژنتیک یا وراژنتیک استفاده کند. کنکاش غیر مستقیم متیلاسیون DNA در سطح ژن های کاندیدای موثر در ورم پستان گاوشیری]ژن های اینترلوکین 1 تا 13 (به جز اینترلوکین 8 و 9)، ژن TNF و ژن اینترفرون گاما (در کل 13 ژن کاندید)[و پروتئین حاصل از این ژن ها هدف اصلی پژوهش حاضر است. امید بر آن که بتوان ژن های درگیر در این بیماری را از نظر میزان متیلاسیون گروه بندی کرد و به اهمیت پدیده ژنتیکی متیلاسیون ژن ها در مدیریت بیماری ورم پستان در گاو شیری پی برد. ویژگی هایی مثل مکان ژن، تعداد اگزون، طول کلی اکسون پیرایش یافته و حاشیه‎نویسی شده، درصد گوانین، تعداد گوانین، درصد سیتوزین، تعداد سیتوزین و طول ژن ها استخراج شدند. برای استخراج ویژگی های وراژنتیک ژن های مورد بررسی در این پژوهش، از ترکیبی از انواع نرم افزارهای برخط DBCAT ، SMS و Geneinfinity و یک نرم افزار متکی به ++ C استفاده شد. بعد از استخراج ویژگی‏های ژنی، مشاهده گردید که ژن های مورد بررسی از نظر اندازه، تعداد آکسون و درصد GC تفاوت زیادی با هم دارند. با توجه به نوع الگوریتم استفاده شده برای شناسایی جزایر CpG، تعداد و طول جزایر CpG یافت شده متفاوت بود. CpGهای پیش‏بینی شده به عنوان معیاری غیر مستقیم برای بررسی میزان متیلاسیون در سطح DNA ژن ها به کار رفت. نتایج نشان داد که به طور میانگین کمتر از 50 درصد جزایر CpG در ناحیه راه انداز ژن ها قرار داشتند و جزایر CpG متیله شده بیشتر در نواحی بین ژنی توزیع شده بودند. بیشترین میزان متیلاسیون در اینترلوکین های 1، 2 و ژن TNF مشاهده شد که از مهم‏ترین ژن های سرکوب ورم پستان به شمار می روند. درجه متیلاسیون در پروتئین های حاصل از ژن های مورد بررسی، با نتایج متیلاسیون رخ داده در سطح دی‏ان‏ایی (DNA) این ژن ها همخوانی و مطابقت نداشت. پروتئین حاصله از اینترلوکین 11 در قسمت های زیادی از ساختار اولیه خود دچار متیلاسیون می شود. در سطح DNA نیز این ژن، بیشترین تعداد CpG را در قسمت راه انداز خود داشت. ژن اینترلوکین 11 می تواند از کاندید های مناسب برای انجام آزمایش های دمتیلاسیون، تهیه داروهای زیستی و بررسی اثر آن بر سرکوب عفونت ورم پستان باشد.