بررسی شبکه ژنی تحت کنترل miR-204-5p و miR-211-5p در سلول های رنگدانه دار شبکیه طی تبدیل از حالت اپیتلیالی به مزانشیمی از طریق آنالیز ادغامی miRNA-mRNA

سلول های اپی تلیالی رنگدانه دار شبکیه (RPE) در حفظ سلامت و عملکرد شبکیه نقش مهمی ایفا می کنند، به طوری که نقص در عملکرد یا سلامت این سلول ها علت بیش از 200 نوع بیماری دژنراسیون شبکیه است. یافتن مسیرهای پیام رسانی و زیستی مربوط به تمایز RPE می تواند در تولید این سلول ها مفید واقع شده و امکان کاربرد کلینیکی خواهد داشت.

در مطالعه حاضر در مرحله اول با استفاده از انتخاب مجموعه ژن های هدف از اشتراک سه پایگاه داده پیش بینی کننده ژن های هدف microRNA و اجتماع مجموعه حاصل با پایگاه داده تجربی ژن های هدف microRNA، ژن های هدف با ضریب اطمینان بالاتری انتخاب شدند. در مرحله بعدی با انطباق ژن های هدف با ژن های دارای افزایش بیان در همان شرایط سلولی سعی شد تا عامل وابستگی اثر microRNA به شرایط ترانسکریپتوم در نظر گرفته شود. در ادامه از اشتراک نتایج چندین پایگاه داده مسیریابی مختلف در کنار هم استفاده شد تا آنالیز دقیق تر و جامع تری از مکانیزم اثرگذاری microRNAهای مورد مطالعه ارایه شود.

در این مطالعه سعی شده است تا شبکه ژنی تحت کنترل miR-204-5p و miR-211-5p، دو microRNA موثر در سلول های RPE، را تا حد زیادی شبیه سازی کرده و فرآیندهای زیستی و مسیرهای پیام رسانی درگیر را مورد بررسی قرار دهیم.

نتایج این مطالعه نشان داد این دو microRNA در سلول های RPE در تنظیم زیرساخت های ترشحی، اتصالات و اسکلت سلولی و مسیرهای درگیر در التهاب و پاسخ زخمی به طور خاص در مسیر TGF-β1 نقش ایفا می کنند.