آنالیز بیوانفورماتیک کدونی ژنوم کلروپلاست گونه های دیپلوئید و مقایسه با ژنوم دو گونه تتراپلوئید پنبه

تجزیه کاربردی کدون اهمیت ویژه ای در بهینه سازی سامانه بیان ژن ها در تولید پروتئین دارد. جنس گوسیپیوم مهمترین گیاه تولیدکننده الیاف در دنیای جدید می باشد. در این تحقیق توالی کامل ژنوم کلروپلاست دو گونه G.thurberi و G.arboreum توسط نرم افزار کدونW مورد مطالعه و تجزیه قرار گرفت. تجزیه کدون های دارای ترادف (RSCU) برای 57 ژن کدکننده پروتئین در ژنوم کلروپلاست این دو گونه به منظور دستیابی به فاکتورهای دخیل در اریبی کدون صورت پذیرفت. تمامی کدون های ترجیح داده شده دارای بازهای آلی آدنین و تیمین در انتهای کدون بودند که با عنایت به غنای ژنوم کلروپلاست در خصوص این دو باز پدیده ای طبیعی است. آنالیز تطبیقی و روش برآورد تعداد موثر کدون ها به صورت نمودار تعداد کدون به منظور تجزیه کاربرد کدون های مترادف انجام گرفت. نمودارENC Vs GC3 ، عمده ژن های آنالیز شده را معادل یا دقیقا در سمت چپ منحنی قابل انتظار GC3 گروه بندی کرد که بیانگر تاثیر محدودیت های ترکیب کدونی در تنظیم استفاده ار کدون هاست. بر اساس تجزیه تطبیقی، اریبی مشاهده شده در ژنوم کلروپلاست گونه های مورد مطالعه با طول ژن، اریبی جهش در ژن ها، سطح هیدروپاتی ژن های پروتئینی، عملکرد ژن و انتخاب یا بیان ژن بصورت ماهرانه ای در کاربرد کدون ها تاثیرگذار است. نتایج این پژوهش در فراهم آوردن زمینه برای مطالعات تکامل ملکولی قابل استفاده خواهد بود.