بررسی پایداری بیان برخی ژن های مرجع به روش Real-Time PCR تحت تنش زیستی در گیاه برنج

در پژوهش های بیان ژن با استفاده از Real-time PCR که ابزار قدرتمندی برای تجزیه و تحلیل سازوکارهای مقاومت به تنش های زیستی در گیاهان است، انتخاب و اعتبارسنجی ژن های مرجع به منظور بهینه کردن بیان ژن ها بسیار مهم می باشد.
این تحقیق با هدف بررسی کارایی و انتخاب ژن های مرجع مناسب برای بهینه سازی اطلاعات حاصل از PCR زمان واقعی در گیاه برنج تحت تنش زیستی انجام شد.

بدین منظور، هشت ژن کنترل داخلی شاملUBQ5 ،eIF4A ، Actin11، Actin1، UBC، Cylophilin، 18SrRNA و GAPDH بررسی شد. تنش زیستی در بافت برگی گیاهچه های 28 روزه رقم فجر و در حضور عامل بیماری قارچی Rhizoctonia solani RBL1، سیلیکات پتاسیم به عنوان القاء کننده مقاومت، جدایه هایPseudomonas با خاصیت آنتاگونیستی و القاء کنندگی و در سه دوره زمانی (6، 24 و 72 ساعت) اعمال شد.

 بررسی پایداری بیان ژن های مرجع با استفاده از نرم افزار BestKeeper نشان داد؛ که ژن UBC از پایداری بیان بیشتری نسبت به سایر ژن های مورد بررسی در شرایط تنش زیستی در نمونه بافت برگی گیاه برنج برخوردار بوده و بر اساس آماره توصیفی ژن های UBC و Actin11 دارای بیشترین همبستگی (97/0) با شاخص BestKeeper بودند. همچنین، ژن های UBC و Actin11 دارای بیشترین پایداری (کمترین ضریب تغییرات) بودند. بر اساس تجزیه و تحلیل داده ها با استفاده از نرم افزار NormFinder نیز ژن های Actin11 و eIF4a (به ترتیب 356/0 و 567/0) بیشترین میزان پایداری را نشان دادند.

بررسی بیان ژن های مرجع با استفاده از میانگین هندسی ژن های UBC و Actin11 در مقایسه با ژن Actin1 نشان دهنده ضرورت انتخاب مناسب ژن مرجع می باشد. نتایج این تحقیق نشان می دهد که ژن های UBC و Actin11 ژن های مرجع مناسبی برای بهینه سازی داده های بیان ژن به وسیله تجزیه و تحلیل Real-Time PCR در گیاه برنج می باشند.