ارزیابی بیوانفورماتیک و خصوصیات زیر واحد بزرگ روبیسکو در برخی از ژنوتیپ های کاهو

کاهو یکی از قدیمی ترین سبزی های دنیاست که منشا آن در هندوستان و آسیای مرکزی است. در این تحقیق تنوع ژنتیکی 15 ژنوتیپ کاهو با استفاده از توالی ژن rbcl مورد بررسی قرار گرفت.

توالی 15 ژنوتیپ کاهو ابتدا با روش PCR جداسازی و سپس توالی یابی شد. کیفیت توالی ها با استفاده از نرم افزار Chromas 2.1.1 بررسی و سپس با روش ClustalW توسط نرم افزار MegAlign 5 هم ردیف سازی شده و دندروگرام روابط تبار زایی و ماتریس تفاوت و تشابه توالی ها ترسیم گردیدند. همچنین برای مدل سازی و اعتبار سنجی پروتئین rbcl از SWISS-MODEL و QMEAN و ارزیابی ساختار و کیفیت شیمیایی پروتئین از نقشه های راماچاندران و سرور Pro-SA استفاده شد.

بررسی شبکه های متقابل پروتئین- پروتئین با استفاده از نرم افزار STRING نشان داد اکثر پروتئین های کد شده با ژن های matK، psb-tranH با پروتئین rbcl اثر متقابل دارند. نتایج حاصل از تجزیه خوشه ای، ماتریس تشابه و واریانس مولکولی و همچنین 1< dN/dS، همگی حاکی از وجود شباهت و حفاظت شدگی بالای توالی rbcl بین ژنوتیپ های مورد مطالعه بود.

نتایج نشان داد که برای بررسی روابط فیلوژنتیکی در سطح گونه توالی rbcl چندان مفید نیست لذا می توان گفت که یکی از علل عدم موفقیت این ناحیه در تفکیک گونه ها، تغییرپذیری کم آن در بین گونه ها است.