ارزیابی تنوع ژنتیکی جمعیت های آژیلوپس واجد ژنوم D با استفاده از نشانگرهای SCoT و TRAP

اهداف اصلی این مطالعه ارزیابی تنوع ژنتیکی موجود در 53 توده آژیلوپس متعلق به سه گونه Aegilops tauschii، Ae. cylindrica و Ae. crassa و همچنین مقایسه کارایی دو نشانگر مولکولی SCoT (Start codon targeted) و (Target Region Amplification Polymorphism) TRAP بود. در مجموع 15 آغازگر SCoT و شش جفت آغازگر TRAP به ترتیب 165 و 201 قطعه چند شکل تکثیر کردند. متوسط شاخص های تعداد قطعات چندشکل تکثیری، شاخص نشانگری و قدرت تمایز آغازگر برای آغازگرهای TRAP بیشتر از SCoT بود. با این حال متوسط شاخص محتوای اطلاعات چندشکل در آغازگرهای SCoT بیشتر از TRAP بود. نتایج حاصل از تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) انجام شده بر اساس هر یک از سیستم های نشانگری متفاوت از هم بود به طوری که بر اساس داده های SCoT بیشترین سهم تنوع ژنتیکی مربوط به تنوع درون گونه ای بود و بر عکس داده های TRAP بیشترین میزان تنوع ژنتیکی را در بین گونه ها نشان دادند. آغازگرهای SCoT نسبت به TRAP مقادیر بالاتری برای کلیه پارامترهای ژنتیکی نشان دادند و بر اساس آغازگرهای SCoT و TRAP بیشترین مقادیر پارامترهای ژنتیکی به ترتیب در گونه Ae. cylindrica وAe. tauschii مشاهده شد. تجزیه خوشه ای بر اساس هر یک از سیستم های نشانگری و هم چنین ترکیب داد های حاصل از هر دو نشانگر کلیه توده های مورد بررسی را درسه گروه اصلی تفکیک نمود. الگوی گروه بندی به وجود آمده بر اساس آغازگرهای SCoT نسبت به TRAP واضح تر بود. از این رو استفاده از نشانگرهای SCoT در بررسی ساختار جمعیت و گروه بندی توده های مختلف و استفاده از نشانگرهای TRAP در اشباع نقشه های ژنتیکی توصیه می شود.